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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-9-6 15:04:44 | 只看该作者 Only view this author
屏幕提示很清楚,内存不够

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11597#
发表于 Post on 2020-9-6 15:19:17 | 只看该作者 Only view this author
(1)输入文件里用%mem指定内存;
(2)最好用g09或g16,g03老古董了;
(3)最好到linux环境下算,不一定要安装linux系统或双系统,只需安装在Windows系统里安装WSL即可(不懂的话自己搜,一会儿就会了)。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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11598#
发表于 Post on 2020-9-7 16:28:02 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,分子体系的整体自旋磁矩是成单电子数乘μB吗?说一个整体分子自旋磁矩2.15μB是不对的吧?谢谢老师!

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11599#
发表于 Post on 2020-9-7 19:40:26 | 只看该作者 Only view this author
老师请问我现在在计算两个分子,为了比较他们发光性能的差异,其中一个分子构象存在无序,需要对这个无序的分子进行构象搜索之后再进行计算吗?

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11600#
发表于 Post on 2020-9-7 21:11:45 | 只看该作者 Only view this author
用ORCA4.2.0进行freq计算,算到一半突然断电,能否继续接着算啊?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-8 09:07:53 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-9-7 21:11
用ORCA4.2.0进行freq计算,算到一半突然断电,能否继续接着算啊?

手册一搜restart便知

Numerical frequency calculations are restartable (but analytical frequency calculations are not). If the
numerical frequencies job died for one reason or another you can simply continue from where it stopped as in
the following example:
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-8 09:08:29 | 只看该作者 Only view this author
哪有这么脆弱 发表于 2020-9-7 19:40
老师请问我现在在计算两个分子,为了比较他们发光性能的差异,其中一个分子构象存在无序,需要对这个无序的 ...

计算出低能构象的Boltzmann分布比例,然后对各个构象的结构取权重平均
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-8 09:09:21 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-9-7 16:28
请问老师,分子体系的整体自旋磁矩是成单电子数乘μB吗?说一个整体分子自旋磁矩2.15μB是不对的吧?谢谢老 ...

是。

此文专门说了
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html

显然不对。
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发表于 Post on 2020-9-8 10:37:58 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-9-7 16:28
请问老师,分子体系的整体自旋磁矩是成单电子数乘μB吗?说一个整体分子自旋磁矩2.15μB是不对的吧?谢谢老 ...

不是,是sqrt(n(n+2))μB,n为成单电子数。这个维基一搜便知。
自旋磁矩2.15μB不对,因为不存在一个整数n使得sqrt(n(n+2))=2.15。磁矩相比sqrt(n(n+2))的偏离,一般是因为轨道磁矩的贡献。说自旋磁矩2.15μB的人,可能本来是想说总磁矩2.15μB。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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11605#
发表于 Post on 2020-9-8 15:23:58 | 只看该作者 Only view this author

新手求助帖,恳请各位大佬解决一下scan,TS的相关问题,内容解释和附件如下:

本人将反应物用scan的方法优化出结果后,再用TS(过渡态)的方法继续优化
得到的结果都如下:
Cartesian Forces:  Max     0.020532470 RMS     0.003045598
Leave Link  716 at Tue Sep  8 10:33:27 2020, MaxMem=  1342177280 cpu:         0.3
(Enter /public/home/msi/software/g09/l103.exe)
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GDIIS optimizer.
Bend failed for angle     2 -     1 -     9
Tors failed for dihedral     9 -     1 -     2 -     3
Tors failed for dihedral     2 -     1 -     9 -     4
Tors failed for dihedral     2 -     1 -     9 -     8
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in /public/home/msi/software/g09/l103.exe at Tue Sep  8 10:33:27 2020.
Job cpu time:       0 days  9 hours 16 minutes 51.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   1176 Int=      0 D2E=      0 Chk=     17 Scr=      1
"TS3.log" 19588L, 1255191C                     

SCAN2.gjf

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scan的方法

TS2.gjf

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TS(过渡态)方法

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喵星人

11606#
发表于 Post on 2020-9-8 15:49:40 | 只看该作者 Only view this author
很明显,几个原子共线了
解决方法是用自己建立冗余内坐标或者用笛卡尔坐标优化

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11607#
发表于 Post on 2020-9-8 16:07:08 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师啊,再打扰一下老师:笛卡尔坐标优化用在我这种TS方法的基组该如何写哇。目前懂得也不是太多,现在主要是搬砖,也在补一些基础。

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喵星人

11608#
发表于 Post on 2020-9-8 16:11:10 | 只看该作者 Only view this author
heyang242930 发表于 2020-9-8 16:07
谢谢老师啊,再打扰一下老师:笛卡尔坐标优化用在我这种TS方法的基组该如何写哇。目前懂得也不是太多,现在 ...

可以看http://sobereva.com/164
用笛卡尔坐标优化直接写Opt=Cartesian,过渡态的话Opt(TS,noeigen,calcfc,Cartesian)

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11609#
发表于 Post on 2020-9-8 18:58:34 | 只看该作者 Only view this author
好的 感谢的老师回复

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11610#
发表于 Post on 2020-9-8 21:58:58 | 只看该作者 Only view this author
老师,关于电离能的计算是不是link1的写法,计算出来的输出文件存在虚频是否是正常的?

input.gjf

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本版积分规则 Credits rule

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