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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-8-19 14:13:14 | 只看该作者 Only view this author
蒋小乐 发表于 2020-8-11 18:47
老师,你好,我用molclus做氧化铝的团簇,在优化两个氧化铝分子形成的团簇时,运行isomer.exe后,得到的其 ...

你用DFT了吗?这种体系即使不用DFT,最少也得用半经验方法,否则结果毫无参考价值。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2020-8-19 16:42:22 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问:vasp做分子动力学时isif=2,结果原子乱跑,这该怎么办?调整什么参数呢

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发表于 Post on 2020-8-19 21:58:49 | 只看该作者 Only view this author
请问用origin作图,怎么设置不均匀坐标,比如我0-700的纵坐标,数据主要集中在400-600,怎么将0-400折叠起来,或者是坐标间距小一点。

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发表于 Post on 2020-8-21 09:14:16 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问一下,像MnO2、V2O5、TiO2等过渡金属氧化物是否属于过渡金属团簇或者过渡金属簇合物(Transition Metal Cluster or Metal cluster compound),我在维基百科(https://en.wikipedia.org/wiki/Metal_cluster_compound)上查的结果是,Fe-S clusters是过渡金属簇合物,那么外推MnO2应该也是过渡金属簇合物吧。
两家各生子,提孩巧相如。
少长聚嬉戏,不殊同队鱼。
年至十二三,头角稍相疏。
二十渐乖张,清沟映污渠。
三十骨骼成,乃一龙一猪

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发表于 Post on 2020-8-23 08:47:56 | 只看该作者 Only view this author
老师请问,自旋多重度为1的中性分子通过UDFT得到T1结构,基于该T1结构利用optDFTw计算w时,template中自旋多重度该如何设置,仍然写1吗,谢谢。

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发表于 Post on 2020-8-26 14:04:52 | 只看该作者 Only view this author
斯卡姆 发表于 2020-8-21 09:14
老师,请问一下,像MnO2、V2O5、TiO2等过渡金属氧化物是否属于过渡金属团簇或者过渡金属簇合物(Transition ...

你讨论的是固体MnO2还是气相的孤立MnO2分子?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2020-8-26 23:26:11 | 只看该作者 Only view this author
请问,使用ms建模时,如何将晶体结构移动到盒子的中心呀?

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发表于 Post on 2020-8-27 12:46:47 | 只看该作者 Only view this author
在高斯中计算MK电荷时,可以用Dipole和AtomDipole选项拟合偶极矩和在原子中心拟合点偶极。请问同时拟合这两项对MK电荷的质量有提升吗,或者说对静电势的反映,对分子间静电作用的描述有提升吗?

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发表于 Post on 2020-8-27 12:57:25 | 只看该作者 Only view this author
请问大家,使用vasp做分子动力学,已经跑了2000步,步长为1fs,vasp作业已正常停止并已经保存为XDATCAR。可发现2000步不够,总共需要3000步,是需要再重新跑MD,将nsw设置为3000吗?还是说可以在前面计算的2000步的基础上继续算?如何算呢?

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发表于 Post on 2020-8-27 14:48:16 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我用高斯进行一个比较大的分子的CASSCF优化,SCF收敛限10 -8实在难以收敛,优化中可以将收敛限降到10-6次方不知道可以吗?我在论坛中看到您之前回答过单行列式方法SCF收敛限必须到10-8,不知道CASSCF可否稍微宽松点呢?

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发表于 Post on 2020-8-27 16:54:52 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想通过gaussian计算如图所示的反应循环,这里面的Mg单质在gaussian中应该以什么形式进行表示,第一次接触这种类型的不是很懂。
需要用VASP计算出最适合的晶型,之后在用gaussian进行编辑吗?还是需要别的办法。因为我觉得不会只是对一个镁原子进行DFT计算。
希望老师指导,谢谢老师。

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发表于 Post on 2020-8-27 20:45:11 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,之前写过赝势基组和普通基组混合情况,命令行用b3lyp/genecp,坐标最后空一行写
Ru 0
SDD
****
C H O 0
6-31G(d,p)
****

Ru 0
SDD
现在的体系只有几个Ru原子,没有其他原子,想用SDD,在命令行写b3lyp/SDD,坐标后面什么也不加,这样做对吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-28 03:22:19 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2020-8-26 23:26
请问,使用ms建模时,如何将晶体结构移动到盒子的中心呀?

此问题属于第一性原理板块的问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-28 03:22:37 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-8-27 20:45
请问老师,之前写过赝势基组和普通基组混合情况,命令行用b3lyp/genecp,坐标最后空一行写
Ru 0
SDD

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sirical 发表于 2020-8-27 16:54
sob老师,我想通过gaussian计算如图所示的反应循环,这里面的Mg单质在gaussian中应该以什么形式进行表示, ...

用个团簇
Mg的晶体结构都是现成的,用不着第一性原理程序
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