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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-10-18 10:46:00 | 只看该作者 Only view this author
星斗如盘 发表于 2020-10-17 20:47
虽然难以理解,但是b3pw91确实找到了所有的过渡态,所以现在想换成b3pw91,就怕审稿人问为什么不用最常用 ...

我上次说的加色散校正,你试了吗?
B3LYP加色散校正应该和B3PW91加色散校正差不多。如果不加色散校正,因为B3LYP完全不能描述色散,而B3PW91可以描述少量色散,所以会有区别。之所以大家说B3LYP和B3PW91差不多,是因为默认大家都加色散校正,在两者有明显区别的场合不加色散校正本身就是不正确的做法。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2020-10-18 11:08:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-18 06:49
去http://webbook.nist.gov/chemistry/里面查查

多谢sob老师

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发表于 Post on 2020-10-18 14:44:09 | 只看该作者 Only view this author
请问一下我在输入文件中添加scf=(conver=6)来降低收敛要求,之后打开输出文件后提示我任务非正常的结束了,这种情况接下来该怎么处理呢?
输入输出文件在附件,谢谢

1.png (21.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

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TpBD0.log

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发表于 Post on 2020-10-18 15:44:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-18 10:46
我上次说的加色散校正,你试了吗?
B3LYP加色散校正应该和B3PW91加色散校正差不多。如果不加色散校正, ...

试过,过渡态完全不能收敛了,之前找到的过渡态加上d3校正都不收敛了

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发表于 Post on 2020-10-18 18:09:16 | 只看该作者 Only view this author
星斗如盘 发表于 2020-10-18 15:44
试过,过渡态完全不能收敛了,之前找到的过渡态加上d3校正都不收敛了

可能你不加D3的过渡态结构定性错误,和真实过渡态结构相差太远,导致不收敛。应该从头找一下过渡态,而不是简单地以不加D3的结构为初始结构算。
注意过渡态收敛困难并不意味着这个计算方法有问题,我建议你加D3不是因为D3能帮助收敛,而是因为B3LYP和B3PW91有定性区别,说明色散对于你的结构的影响很大,也就是如果不加D3的话两个泛函的精度都不可靠。加D3总是能提高精度的,区别仅在于有的时候提高得很少,不是必须加,有的时候必须加,如果你加D3和不加D3优化有定性区别,那恰好说明应该加D3,哪怕加了D3收敛更困难。不要因为加D3收敛反而变困难就放弃加D3。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-19 04:09:53 | 只看该作者 Only view this author
欧阳枫 发表于 2020-10-18 14:44
请问一下我在输入文件中添加scf=(conver=6)来降低收敛要求,之后打开输出文件后提示我任务非正常的结束了, ...

任务根本都没算完。至少自己看一下输出文件末尾
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2020-10-19 09:58:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 好橡树 于 2020-10-19 09:59 编辑

各位老师和前辈们打扰了。
1.我目前用gaussian在做碳笼C20内加Pt金属原子的优化(后续金属原子可能会变为2-3个),类似文献中密度泛函选用有PBE,BP86等,哪一个更合适呢?B3LYP加D3(BJ)校正怎么样呢?
2.基组选择def2SVP可以吗?
希望老师们能帮忙解答,感谢。D:\1603072493(1).png

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发表于 Post on 2020-10-19 10:17:57 | 只看该作者 Only view this author
好橡树 发表于 2020-10-19 09:58
各位老师和前辈们打扰了。
1.我目前用gaussian在做碳笼C20内加Pt金属原子的优化(后续金属原子可能会变为2 ...

1. BP86一般比较适合涉及金属的团簇优化,个人觉得BP86合适。B3LYP几乎肯定是不准的,PBE准不准不好说。
2. 碳可以,Pt可以考虑用一个大一点的赝势基组。如果要算单点能,那么所有原子都要triple zeta起步。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-10-19 10:48:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-19 10:17
1. BP86一般比较适合涉及金属的团簇优化,个人觉得BP86合适。B3LYP几乎肯定是不准的,PBE准不准不好说。
...

非常感谢您的答复!

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发表于 Post on 2020-10-19 14:38:24 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-18 18:09
可能你不加D3的过渡态结构定性错误,和真实过渡态结构相差太远,导致不收敛。应该从头找一下过渡态,而不 ...

好的,我再加上试试,我现在也怀疑是这样

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发表于 Post on 2020-10-19 17:08:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-19 04:09
任务根本都没算完。至少自己看一下输出文件末尾

好的,谢谢sober老师

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发表于 Post on 2020-10-20 10:48:32 | 只看该作者 Only view this author
各位老师您好!我想请教一下RPBE添加DFT-D3会相互冲突吗?或者说,RPBE有没有必要像PBE那样,“加上D3是没有害处的?”我阅读了Sob老师的相关帖子后还是有一些迷惑,希望各位老师能够赐教!谢谢大家!

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发表于 Post on 2020-10-20 14:03:11 | 只看该作者 Only view this author
orangewings 发表于 2020-10-20 10:48
各位老师您好!我想请教一下RPBE添加DFT-D3会相互冲突吗?或者说,RPBE有没有必要像PBE那样,“加上D3是没 ...

所有有D3参数的泛函,加D3都是没有害处的,因为D3的参数是针对每个泛函分别优化的,如果加D3对某个泛函有害,那么开发D3参数的人一开始就不会把这个泛函的D3参数发表出来。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-10-20 17:31:30 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-20 14:03
所有有D3参数的泛函,加D3都是没有害处的,因为D3的参数是针对每个泛函分别优化的,如果加D3对某个泛函有 ...

谢谢您的指点!我还有一个问题是,对于吸附能的计算,“从bulk就加入D3,随后始终打开D3进行计算所得到的结果”与“bulk不加D3进行结构优化,随后在slab以及吸附计算中应用D3”所得的结果差距大吗?哪一种计算方法更为合理呢?(因为我发现对bulk是否加D3得到的晶胞大小还是有些差距的,感觉会对下一步切面的计算造成影响)

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发表于 Post on 2020-10-20 21:15:33 | 只看该作者 Only view this author
orangewings 发表于 2020-10-20 17:31
谢谢您的指点!我还有一个问题是,对于吸附能的计算,“从bulk就加入D3,随后始终打开D3进行计算所得到的 ...

应该始终加D3。加不加D3如果有明显区别,那么几乎总是加D3比不加D3准。

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orangewings + 2 谢谢老师!

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Zikuan Wang
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