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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-10-20 22:12:49 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我最近计算了一个结构的NBO电荷,但是输出文件中相应轨道的能量无法在Gaussview打开的fchk文件中找到对应的值,两个文件计算时使用的命令和基组也是一致的,希望老师能够指点一下

RE(VH9V9~@OJC%Q6)I3VYCC.png (311.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

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发表于 Post on 2020-10-21 09:24:01 | 只看该作者 Only view this author
请问下老师,我优化这样一个含过渡金属的简单阴离子体系,金属Cr-Cr间成键,初始坐标是从实验测得的晶体学参数中获得,对其进行结构优化,尝试过的泛函有BP86/B3LYP/PBE/PW91等+D3校正,基组SDD/LANL2TZ/6-311G**等,最终优化的结果金属间距离都相对于实验值变小了很多,请问下这里存在的原因有哪些?仍旧是基组泛函使用的不合理吗,还是在计算过程还有一些未考虑到的问题,新手求助。

批注 2020-10-21 090723.jpg (79.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

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发表于 Post on 2020-10-21 10:25:20 | 只看该作者 Only view this author
浮游物 发表于 2020-10-21 09:24
请问下老师,我优化这样一个含过渡金属的简单阴离子体系,金属Cr-Cr间成键,初始坐标是从实验测得的晶体学 ...

(1)晶体里有抗衡阳离子,你这里没加
(2)Cr-Cr多重键是强相关体系,可能必须用多参考态方法
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2020-10-21 10:28:04 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2020-10-20 22:12
sob老师您好,我最近计算了一个结构的NBO电荷,但是输出文件中相应轨道的能量无法在Gaussview打开的fchk文 ...

高斯显示的是正则轨道的能量,NBO软件显示的是NBO的能量(准确来说是NBO的能量的期望值),这两者本来就不可能对上,因为正则轨道和NBO是两种不同的轨道。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-21 11:55:39 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2020-10-20 22:12
sob老师您好,我最近计算了一个结构的NBO电荷,但是输出文件中相应轨道的能量无法在Gaussview打开的fchk文 ...

没有“NBO电荷”这个词,仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

要看NBO轨道应当用Multiwfn
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-21 11:58:17 | 只看该作者 Only view this author
浮游物 发表于 2020-10-21 09:24
请问下老师,我优化这样一个含过渡金属的简单阴离子体系,金属Cr-Cr间成键,初始坐标是从实验测得的晶体学 ...

杂化泛函根本甭考虑,此文明确说了此时必须用纯泛函
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html


直接把基组写成SDD根本无法接受,配体原子怎么能用SDD关键词对应的。这么点体系配体起码也用个6-311+G*

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-21 12:02:02 | 只看该作者 Only view this author
好橡树 发表于 2020-10-19 09:58
各位老师和前辈们打扰了。
1.我目前用gaussian在做碳笼C20内加Pt金属原子的优化(后续金属原子可能会变为2 ...

对含过渡金属体系用什么这里明确说了,明确不推荐B3LYP
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-21 12:06:07 | 只看该作者 Only view this author
orangewings 发表于 2020-10-20 10:48
各位老师您好!我想请教一下RPBE添加DFT-D3会相互冲突吗?或者说,RPBE有没有必要像PBE那样,“加上D3是没 ...

“冲突”显然是不可能的,冲突的话自然也不会有相应的D3参数发表

是否有好处/坏处看具体情况,对于必须加色散校正的情况,显然必须加了D3才能用;对于本来没有必须性加色散校正的情况、加D3没有道理一定能改进结果的情况,如果加了之后结果变化较大,而且你通过一些证据觉得不一定加了之后变得更好了,可以和加更理想的DFT-D4的情况进行对比。

DFT-D3并非所有情况都一定很好,毕竟在拟合参数的时候考虑的体系和问题有限,例如

此问题用DFT-D4有大概率可解决,可惜文章没有测试

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orangewings + 3 谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-10-21 16:24:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-21 11:58
杂化泛函根本甭考虑,此文明确说了此时必须用纯泛函
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva ...

十分谢谢老师  我也像您说的使用了混合基组  过渡金属原子使用SDD/LANL2TZ等基组 其他小原子使用6-311+G*,优化结果其实并没有得到好转,上面一个老师说到对于这种强相关体系,用多参考态方法,能请问下这种方法是什么意思吗?

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发表于 Post on 2020-10-21 21:53:15 | 只看该作者 Only view this author
请问:molclus_1.9.7_Win,使用genmer程序生成团簇构型,genmer.ini设置为:

  ngen=1000   // The number of configurations expected to be generated. Default: 1
  ngenmust= 0  // The number of configurations must to be generated. Default: 0 (No requirement)
  step= 0.1  // Step size to grow monomer from cluster center, larger value leads to faster   calculation but lower accuracy. Default: 0.1
  ishuffle= 0    // 0: Don't shuffle the sequence of monomer types  1: Shuffle the sequence. Default: 0
  imoveclust= 1    // 1: Move geometry center of the constructed clusters to (0,0,0)  0: Keep initial position. Default: 1
  irandom= 1    // 0: Result of each time of execution will be identical  1: Will be different to due use of different random seed in each run. Default: 1
  iradtype= 1    // 0: Use CSD covalent radii to detect contacts  1: Use Bondi vdW radii. Default: 1
  radscale= 1.0  // Scale factor of atomic covalent and vdW radii. Default: 1.0
  maxemit= 300  // The maximum number of attempts of emitting monomer. Default: 300
----
1 rmax 5
examples D:/molclus_1.9.7_Win/genmer/teac.xyz
2 rmax 5
examples D:/molclus_1.9.7_Win/genmer/hex.xyz

出现错误结果:Cannot find examples D:/molclus_1.9.7_Win/genmer/teac.xyz, please check the path

我已经把几何结构.xyz文件都放在了molclus执行程序所在的文件夹下,无论是输入绝对路径还是相对路径,程序总是提示找不到文件,不得其解。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-22 05:31:30 | 只看该作者 Only view this author
浮游物 发表于 2020-10-21 16:24
十分谢谢老师  我也像您说的使用了混合基组  过渡金属原子使用SDD/LANL2TZ等基组 其他小原子使用6-311+G* ...

公社论坛首页google框搜 静态相关 多参考,看看以往的帖子就懂了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-22 05:32:57 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-10-21 21:53
请问:molclus_1.9.7_Win,使用genmer程序生成团簇构型,genmer.ini设置为:

  ngen=1000   // The numb ...

你为什么要在D:/molclus_1.9.7_Win/genmer/hex.xyz前头写examples,明显程序找不到相应文件
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发表于 Post on 2020-10-22 11:49:01 | 只看该作者 Only view this author

激发态优化log的出来的能量意义

各位大神,激发态构型优化好的log文件中,最后能量HF=  代表什么意思?一直以为他是S1态平衡构型的能量。

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真 掘墓者

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发表于 Post on 2020-10-22 12:51:11 | 只看该作者 Only view this author
想用M06-L做个O2的td单重态S1激发态优化,总是l501或l801,有什么技巧吗,b3lyp在同基组水平下很容易收敛,但读了波函数也不收敛
#p opt 6-311g(d,p) m06l  td guess=read scf=(NoVarAcc,noincfock) int=superfine
圣诞刨坟忙

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发表于 Post on 2020-10-22 13:14:21 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2020-10-22 12:51
想用M06-L做个O2的td单重态S1激发态优化,总是l501或l801,有什么技巧吗,b3lyp在同基组水平下很容易收敛, ...

贴一下具体的错误信息
最好上传整个输出文件
另外,l501、l801是程序的名字,不是错误的名字,所以严格的说法是“总是在l501或l801报错”
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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