简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

yyf · 发表于 Post on 2020-10-16 16:09:29

wzkchem5 发表于 2020-10-16 12:11
是SCF震荡还是结构优化震荡？
如果是结构优化的问题，且震荡幅度比较小，那么可以试试加大XC格点和COSX ...

谢谢老师的指导!SCF是收敛的，结构优化一直振动。我尝试加大格点试试，谢谢老师。

din5g · 发表于 Post on 2020-10-16 16:17:08

sob 老师我的甲苯在有乙腈溶剂和无乙腈溶剂中优化，两个结构的甲基的二面角相差了接近30°，也就是一个一个结构的甲基通过旋转30能和另一个结构重合，从数据上讲，两者优化后用b2plypd3 def2tzvp做能量计算，两者能量相差0.147kj/mol，无溶剂模型的更稳定。请问老师我的优化出了问题吗？我该采用哪一个作为气态模型（算溶剂化吉布斯自由能）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-16 17:08:06

本帖最后由 wzkchem5 于 2020-10-16 17:11 编辑

din5g 发表于 2020-10-16 16:17
sob 老师我的甲苯在有乙腈溶剂和无乙腈溶剂中优化，两个结构的甲基的二面角相差了接近30°，也就是一个一 ...

都可以，虽然结构有很大变化，但能量变化不大，所以不影响溶剂化能。另外应该确认一下两个结构在各自的理论级别下都没有虚频

din5g · 发表于 Post on 2020-10-16 17:14:05

wzkchem5 发表于 2020-10-16 17:08
都可以，虽然结构有很大变化，但能量变化不大，所以不影响溶剂化能。另外应该确认一下两个结构在各自的理 ...

都没有虚频的，多谢回复

din5g · 发表于 Post on 2020-10-16 17:40:00

sob老师请问下在算气相绝热电离过程的自由能变时是否要考虑电子的自由能？我对了几篇文献的数据，发现在算溶剂化自由能变时他们没带标况下电子自由能数据。

CayJ · 发表于 Post on 2020-10-16 19:36:09

请问：采用ORCA4.2.0，MPI(10.0.12498.5)，初始结构来源于https://www.chemspider.com/，采用mutlwfn产生inp文件，进行结构优化，输入文件如下：
! B97-3c opt noautostart miniprint nopop
%maxcore  2000
%pal nprocs 2 end
* xyz 0 1
C    0.33090000 0.84600000 -1.48470000
C    1.13110000 -0.24840000 -0.72810000
N    1.29750000 0.09250000 0.71230000
C    -0.06180000 0.27370000 1.40180000
C    -1.06570000 -0.92130000 1.35950000
C    1.98980000 1.40260000 0.80270000
C    2.21390000 1.80920000 2.27900000
C    2.22970000 -0.92000000 1.36610000
C    1.84940000 -2.42020000 1.21890000
Cl    0.53940000 -1.66470000 4.86720000
*

但是出现如下错误：ORCA finished by error termination in SCF
Calling Command: mpiexec -np 2  D:\orca_4_2_0_win64_msmpi10\orca\orca_scf_mpi.exe opt.gbw b opt
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

很不解，难道是从ChemSpider下载下来的结构初猜很不合理，导致结果错误？有时手动在GaussView画结构，然后用ORCA跑结构优化就没问题，但是从其他网站上（比如Chemical Book，或从CHem3D中检索下来的结构）下载的初始结构，就不行，很不理解。
烦请老师解答。
输入文件和输出文件见附件1、2

yyf · 发表于 Post on 2020-10-16 20:59:42

wzkchem5 发表于 2020-10-16 12:11
是SCF震荡还是结构优化震荡？
如果是结构优化的问题，且震荡幅度比较小，那么可以试试加大XC格点和COSX ...

非常感谢老师的帮助，几何优化已经完成了。感谢老师让我又学到了新的知识。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-16 21:24:44

CayJ 发表于 2020-10-16 19:36
请问：采用ORCA4.2.0，MPI(10.0.12498.5)，初始结构来源于https://www.chemspider.com/，采用mutlwfn产生in ...

你下载的结构没有氢原子，需要手动补氢。
另外，你贴的错误信息没有任何信息含量。不论ORCA还是高斯，最后几行虽然是错误信息，但是基本都对诊断错误没有任何帮助。下次应该贴更往前几行的错误信息，比如对于你的输出文件，真正有用的错误信息是SERIOUS PROBLEM IN SOSCF和HUGE, UNRELIABLE STEP WAS ABOUT TO BE TAKEN这两行，只要懂英语都知道应该贴这两行，而不是ORCA finished by error termination in SCF，后者只能指示SCF报错了，却丝毫不能指示为什么报错了

din5g · 发表于 Post on 2020-10-16 23:13:04

sob 老师我用CBS-apno算吉布斯自由能时发现坐标相对于优化完的坐标发生了变化，这是正常的吗？热力学组合方法就是加上关键词 CBS-apno 就行了吧

mt13 · 发表于 Post on 2020-10-16 23:29:13

本帖最后由 mt13 于 2020-10-17 07:21 编辑

请教老师，对于铬配合物，反应物是五重态的CrCl2，产物是三重态（Cr还是二配位，一个配体是Cl，一个是茂环衍生物）(文献里测了磁矩，确认产物是三重态)。反应物产物里Cr都是正二价。反应条件就是常温常压，文献里也没特别说光照。反应是自由能减小13kcal的。五重态CrCl2在气相和溶剂中的吉布斯自由能都比单重态三重态低几十kcal。那找过渡态时多重度是设为三还是五？

CayJ · 发表于 Post on 2020-10-17 08:33:20

wzkchem5 发表于 2020-10-16 21:24
你下载的结构没有氢原子，需要手动补氢。
另外，你贴的错误信息没有任何信息含量。不论ORCA还是高斯，最 ...

非常感谢回复！
我眼拙，没看到输入文件里缺少H原子；
我从ChemSpider网站下载的mol文件，用GaussView文件打开显示氢原子；
我发现，需要再将其保存成gif文件，用记事本打开就会有H原子，然后再用Multiwfn转化成输入文件就行了；
另外，谢谢你的指点，关于如何查看输出文件的错误信息。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-17 09:40:13

din5g 发表于 2020-10-16 23:13
sob 老师我用CBS-apno算吉布斯自由能时发现坐标相对于优化完的坐标发生了变化，这是正常的吗？热力学组合 ...

热力学组合方法会自动重新优化结构，这和一般用于计算单点能的方法是不同的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-17 09:41:27

mt13 发表于 2020-10-16 23:29
请教老师，对于铬配合物，反应物是五重态的CrCl2，产物是三重态（Cr还是二配位，一个配体是Cl，一个是茂环 ...

3和5都找。
对于粗糙的研究，3重态过渡态和5重态过渡态取较低的那个就行了；
对于精细的研究，还需要找MECP。

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-17 14:36:30

din5g 发表于 2020-10-16 17:40
sob老师请问下在算气相绝热电离过程的自由能变时是否要考虑电子的自由能？我对了几篇文献的数据，发现在算 ...

严格来说需要

din5g · 发表于 Post on 2020-10-17 15:06:21

wzkchem5 发表于 2020-10-17 09:40
热力学组合方法会自动重新优化结构，这和一般用于计算单点能的方法是不同的

多谢回复

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