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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-10-15 11:07:55 | 只看该作者 Only view this author
(1)基组名称是6-31+G(d),不要随便写、增删任何一个字符。你这里面也没有阴离子,直接6-31G(d)就行了,不用加弥散。
(2)正常情况下,高斯中苯会被识别为D6h点群,利用对称性减少的计算量是巨大的,而你这个“苯甲醛和一个氧分子”大概率没有对称性,或者对称性极低。
(3)关键词用#p可以多输出一点内容,要学会自己监控计算进度,看结构优化跑了多少圈、force下降到什么程度了、(如果是找过渡态的话)当前结构是否合理等等,不能坐等 算完/报错了 再看结果。
(4)从描述上看像刚入门/入门不久,提醒你O2分子基态是三重态,第一激发态是单重态,你要明白自己输入文件的自旋多重度有没写错、在算什么、有无意义。
(5)最后,这个确实小,你觉得慢,可能是你的机器配置比较一般。。。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-15 11:38:45 | 只看该作者 Only view this author
一个平凡之人 发表于 2020-10-15 10:55
我的分子模型是一个苯甲醛和一个氧分子(两个分子),用高斯09做优化和频率计算,计算方法是DFT,基组是6-3 ...

看11836楼的回复
以后问此类问题要提供尽可能详细的信息,说不清楚就直接上传压缩后的输出文件。你的描述完全不能体现影响耗时的各种关键因素
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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发表于 Post on 2020-10-15 13:04:39 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2020-10-15 11:07
(1)基组名称是6-31+G(d),不要随便写、增删任何一个字符。你这里面也没有阴离子,直接6-31G(d)就行了,不 ...

解答非常详细,谢谢老师。

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发表于 Post on 2020-10-15 13:05:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-15 11:38
看11836楼的回复
以后问此类问题要提供尽可能详细的信息,说不清楚就直接上传压缩后的输出文件。你的描 ...

嗯嗯,好的,以后提问一定注意把问题描述清楚,谢谢老师。

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发表于 Post on 2020-10-15 13:09:59 | 只看该作者 Only view this author
请问在VMD中绘制分子结构的时候,我想选中分子中的某一原子改变其半径该如何操作呢?

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11811#
发表于 Post on 2020-10-15 13:15:22 | 只看该作者 Only view this author
另外还有一个小疑惑,高斯view里和VMD里为什么原子的相对大小不一样?比如在高斯view中,U原子明显比Cl原子大,而在VMD中却是Cl原子明显比U原子大。

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发表于 Post on 2020-10-15 18:46:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 陈小北 于 2020-10-15 18:47 编辑

Sob老师好

我最近在看一篇文章,是关于电子激发及质子转移的,看到文章里面的表,从S0到S1,是电子从HOMO到LUMO,这个我是可以理解的,但是激发之后呢?激发态之后的体系,从S1到S0,表里面列的是LUMO到HOMO,为什么要这样考虑呢,LUMO上已经没有电子了

以及我想知道S1到S0电子究竟是怎么跃迁的,电子跃迁之后原来的空轨道已经成了占据轨道了,能量已经降低了,电子此时怎么再去到一个空轨道呢,所有空轨道的能量都会更高啊

谢谢Sob老师


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发表于 Post on 2020-10-15 20:51:31 | 只看该作者 Only view this author

优化过渡态时,为什么在结构没有突变时,能量发生突变?

本帖最后由 星斗如盘 于 2020-10-16 09:09 编辑

优化过渡态时,Gaussview观察结构没有发生突变,但是能量下降很大?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-16 02:23:21 | 只看该作者 Only view this author
星斗如盘 发表于 2020-10-15 20:51
优化过渡态时,Guessview观察结构没有发生突变,但是能量下降很大?

正确拼写GaussView
你设了maxstep=5,自然不可能结构有突跃
能量突然变化大8成是收敛到了不同波函数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-16 02:24:10 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2020-10-15 13:15
另外还有一个小疑惑,高斯view里和VMD里为什么原子的相对大小不一样?比如在高斯view中,U原子明显比Cl原子 ...

不同程序用的原子半径定义不一样,没有统一规则。诸如Multiwfn主功能0,原子球半径用的是Bondi范德华半径的1/4
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-16 02:25:04 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2020-10-15 18:46
Sob老师好

我最近在看一篇文章,是关于电子激发及质子转移的,看到文章里面的表,从S0到S1,是电子从HOM ...

如果S1对应HOMO->LUMO跃迁产生的激发态,在激发态的时候基态的LUMO轨道是占据的,HOMO是空着的,所以需要反过来解释
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AndrewX 发表于 2020-10-15 13:09
请问在VMD中绘制分子结构的时候,我想选中分子中的某一原子改变其半径该如何操作呢?

graphics - representation里新建个rep,用恰当的选择语句选中相应原子,自行修改界面上的scale选项
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发表于 Post on 2020-10-16 09:46:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-14 19:27
化学吸附能力和gap没有什么密切关系。体系表面的平均局部离子化能倒是有用得多的指标:
静电势与平均局 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2020-10-16 10:53:02 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我用ORCA优化一个卟啉,中间有一个Zn原子,但是能量一直震荡,对于这种带金属的体系,优化时应该有哪些注意的地方呢?附上结构图和关键词,请问老师,我是否该换成纯泛函再试一次,还有那些可以添加的关键词?

1602816736(1).png (11.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

关键词

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结构

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发表于 Post on 2020-10-16 12:11:34 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2020-10-16 10:53
老师您好,我用ORCA优化一个卟啉,中间有一个Zn原子,但是能量一直震荡,对于这种带金属的体系,优化时应该 ...

是SCF震荡还是结构优化震荡?
如果是结构优化的问题,且震荡幅度比较小,那么可以试试加大XC格点和COSX格点,尤其是后者
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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