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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-10-27 08:55:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-27 07:26
这是程序目前的限制,对于PWPB95等极个别的双杂化做不了稳定性测试

原来这样,谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-10-27 10:15:51 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,为啥在CRC handbook里查CO气相吉布斯自由能为-137.2kJ/mol,而我自己用apno计算气相为-113.330713hartree,为啥数据会有这么大差别

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发表于 Post on 2020-10-27 12:09:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-27 07:15
溶剂和真空下分别优化进行对比。
更严格的是用molclus(http://www.keinsci.com/research/molclus.html ...

谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2020-10-27 15:09:20 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2020-10-27 10:15
sob老师,为啥在CRC handbook里查CO气相吉布斯自由能为-137.2kJ/mol,而我自己用apno计算气相为-113.330713 ...

CRC手册是化合物和单质的自由能差
计算的是化合物和所有原子核、电子都彼此分开到无穷远的假想状态的自由能差(起码对于能量是这样的,对于自由能来说这种说法不太严谨,但是大体是这么个意思)
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2020-10-27 16:06:13 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-27 15:09
CRC手册是化合物和单质的自由能差
计算的是化合物和所有原子核、电子都彼此分开到无穷远的假想状态的自 ...

好的 多谢

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发表于 Post on 2020-10-27 16:38:14 | 只看该作者 Only view this author
sob老师 用cbs-apno算CO CO2,H20这些小分子时,还需要加上 em=gd3bj吗

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发表于 Post on 2020-10-27 17:07:04 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2020-10-27 16:38
sob老师 用cbs-apno算CO CO2,H20这些小分子时,还需要加上 em=gd3bj吗

CBS-APNO只有第一步计算HF水平下的频率会受em=gd3bj的影响,结构优化以及单点能计算都是用本身就包含色散作用的方法来算的,所以我觉得只有对于HF优化的结构定性错误的分子,才可能需要加em=gd3bj。
但是因为理论级别必须统一,所以如果你同一篇文章里算的物种里有一种必须加em=gd3bj,那么其他也必须加,哪怕再小的分子也是如此。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-10-27 19:22:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-27 17:07
CBS-APNO只有第一步计算HF水平下的频率会受em=gd3bj的影响,结构优化以及单点能计算都是用本身就包含色散 ...

好的 多谢老师

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发表于 Post on 2020-10-27 20:57:39 | 只看该作者 Only view this author
用Gaussview画的分子轨道图怎样调节透明度

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发表于 Post on 2020-10-28 22:08:07 | 只看该作者 Only view this author
请问我在优化铀酰和配体的配合物结构时,有一个 -14 cm-1左右的甲基转动的负频,然后将Manual Displacement拉到1再另存接着算,结果出来两个负频,是两个甲基的转动,这是为什么呢?输入和输出文件在附件中。

新建文件夹.zip

611.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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发表于 Post on 2020-10-29 10:00:36 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2020-10-28 22:08
请问我在优化铀酰和配体的配合物结构时,有一个 -14 cm-1左右的甲基转动的负频,然后将Manual Displacement ...

估计是结构优化收敛得不够严格,因为有的甲基本来有可能采取高对称性的构象(C-H键和配位平面取齐,或者垂直于配位平面),但是收敛到了对称性较低的构象,怀疑有一定概率是没有完全收敛。
建议把几何结构优化收敛限设严,再试试,如果不行的话再试试加大格点。
另外建议把3个甲基的初始构象调成一致,让体系呈现C3h或C3v对称性,有利于加速计算。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-10-29 10:30:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-29 10:00
估计是结构优化收敛得不够严格,因为有的甲基本来有可能采取高对称性的构象(C-H键和配位平面取齐,或者 ...

好的,谢谢您的建议!

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喵星人

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发表于 Post on 2020-10-29 10:43:24 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2020-10-29 10:30
好的,谢谢您的建议!

我觉得先把H的弥散函数撤了可能会好一些,优化和振动分析家弥散意义不大,而且这个化合物的话O有弥散一般来说足够了

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发表于 Post on 2020-10-29 11:37:14 | 只看该作者 Only view this author

计算T1态求助

老师,计算T1态的几个流程还是不太清楚,希望老师解答
1,只计算T1态时,用优化好的S0结构直接进行UKS 0 3结合# UB3LYP/6-31G* opt,还是需要TDDFT 0 1结合# UB3LYP/6-31G* TD(triplet) opt,计算后再用UKS优化呢?2,接下来是不是优化T1后再用stable=opt测试稳定性得到chk,以备后续guess=read读取呢?
3,上一步结束时加opt freq guess=read,还是freq guess=read呢?

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-29 12:37:54 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2020-10-27 20:57
用Gaussview画的分子轨道图怎样调节透明度

File - preference - Display Format - Surface里可以改

用Multiwfn+VMD绘制效果好百倍,对较大体系速度还快一个数量级以上,强烈不建议用GaussView
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法(含演示视频)
http://sobereva.com/449http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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