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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-29 12:44:07 | 只看该作者 Only view this author
卡卡罗特 发表于 2020-10-29 11:37
老师,计算T1态的几个流程还是不太清楚,希望老师解答
1,只计算T1态时,用优化好的S0结构直接进行UKS 0 3 ...

1 UKS 0 3,此文对这点明确说过
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html

2 如果体系电子结构较复杂,担心有收敛到不稳定波函数的风险,可以这样。注意如果真的发现不稳定并对波函数自动进行优化了,注意检查最后是否确实被弄到了三重态

3 之前的波函数不稳定,得到的极小点结构也是不准确的,显然还得opt
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2020-10-29 15:09:43 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,想请教一个问题:利用MaterialsStudio的CASTEP模块在超算平台上standalone计算结构优化,导出结果文件回到PC上处理时,".check"文件对analysis中的update有什么影响吗?因为check文件比较大(2G以上),最初没导回"*.chekc"文件到PC上,发现用“*.castep”文件也可以进行update structure,与help中说的没有“*.check”文件就无法update不一致?另外,我后面从超算平台导出“*.check”文件到PC上后,点击update structure后,光标却开始一直转圈,并开始提示未响应(半个多小时没响应后我就把它关了),因此也一直没有成功update structure,这是正常的吗?是因为我的PC配置不够吗?

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发表于 Post on 2020-10-30 10:11:46 | 只看该作者 Only view this author
请教一个问题,在跑IRC的时候发现输入文件里未对氟原子定义基组,但是计算仍在进行,是否程序自动为F采用了默认基组?

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发表于 Post on 2020-10-30 10:41:18 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2020-10-30 10:11
请教一个问题,在跑IRC的时候发现输入文件里未对氟原子定义基组,但是计算仍在进行,是否程序自动为F采用了 ...

这个取决于你用的量化程序是什么,以及你输入文件是怎么写的,不同情况下答案可能不一样。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2020-10-30 15:34:09 | 只看该作者 Only view this author

6-311++G**

請問各位先進6-311++G**裡的++和**是何意義?

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发表于 Post on 2020-10-30 15:50:55 | 只看该作者 Only view this author
看图便知,**=(d,p)


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发表于 Post on 2020-10-30 15:56:15 | 只看该作者 Only view this author
biogon 发表于 2020-10-30 15:50
看图便知,**=(d,p)

好的了解,非常謝謝!!!

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发表于 Post on 2020-10-30 17:16:31 | 只看该作者 Only view this author

用Gaussian做几何结构优化消除虚频率问题

优化的最后一步,四个标准都YES了,但是在相同基组和泛函条件下做freq任务时,出现了虚频,请问怎样沿着虚频率的方向调整结构,才能使得结构更合理呢?

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发表于 Post on 2020-10-30 17:30:27 | 只看该作者 Only view this author
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-30 18:34:15 | 只看该作者 Only view this author
清清月 发表于 2020-10-30 17:16
优化的最后一步,四个标准都YES了,但是在相同基组和泛函条件下做freq任务时,出现了虚频,请问怎样沿着虚 ...

老生常谈的常见问题求助前先搜论坛
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-30 18:34:50 | 只看该作者 Only view this author
lxy770@live.com 发表于 2020-10-29 15:09
sob老师,想请教一个问题:利用MaterialsStudio的CASTEP模块在超算平台上standalone计算结构优化,导出结果 ...

这不是量化方面的事,发到第一性原理版
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发表于 Post on 2020-10-30 20:56:36 | 只看该作者 Only view this author

CCSD(T)计算出错

报错末尾几行信息如下:请问是否有办法解决?多谢!
Defaulting to unpruned grid for atomic number  73.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  73.
Range of M.O.s used for correlation:     5   284
NBasis=   284 NAE=    42 NBE=    39 NFC=     4 NFV=     0
NROrb=    280 NOA=    38 NOB=    35 NVA=   242 NVB=   245
Semi-Direct transformation.
Erroneous write. Write -1 instead of 4096.
fd = 4
orig len = 4096 left = 4096
g_write


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发表于 Post on 2020-10-30 22:10:01 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我最近拟合别人做的一个计算(一篇实验的文章),作者给出来过渡态的坐标,但是我用同样的计算级别优化的时候,发现构型差距好大啊。
我把我计算的log文件传上来,是用作者贴出来的过渡态坐标进行优化的,您能帮我看看是哪里出问题了吗?作者构型中的DMA是起到了活化Si-H作用的,但是我优化的结果DMA距离反应分子那么远,基本没效果了呀。

1604066661(1).jpg (78.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

1604066661(1).jpg

ts.zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-31 08:57:47 | 只看该作者 Only view this author
dahai2999 发表于 2020-10-30 20:56
报错末尾几行信息如下:请问是否有办法解决?多谢!
Defaulting to unpruned grid for atomic number  73 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-31 09:13:37 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2020-10-30 22:10
sob老师您好,我最近拟合别人做的一个计算(一篇实验的文章),作者给出来过渡态的坐标,但是我用同样的计 ...

那叫重现(reproduce)不叫拟合

把优化步长上限改小点,比如opt里加上maxstep=5再试。
另外,也考虑先对它给的结构直接做个振动分析,看看是否确实有且只有一个虚频,而且虚频方向是期望的。如果不是的话,把输出文件发给作者让他看是怎么回事

写noraman完全多余
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
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