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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-11-14 11:05:59 | 只看该作者 Only view this author
ORCA4.2.0, MPI10.0.12498.5,根据http://sobereva.com/542计算分子间的相互作用能,
任务1:输入文件.inp见附件1,输出文件见附件2,报错信息如下:
*****************************************************
               *                      ERROR                        *
               *        SCF NOT CONVERGED AFTER 125 CYCLES         *
               *****************************************************

  Last Energy change         ...    1.7086e+00  Tolerance :   3.0000e-07
  Last MAX-Density change    ...    3.0739e+04  Tolerance :   3.0000e-06
     --------------------------------------------------------------------
                                      ERROR
     This wavefunction IS NOT CONVERGED!
     And it is 'too far' from meeting the convergence thresholds.
     Aborting ...
     Please restart calculation (with larger maxiter?)
     --------------------------------------------------------------------



job aborted:
[ranks] message

[0-1] process exited without calling finalize

---- error analysis -----

[0-1] on DESKTOP-FQ6S6EB
D:\orca_4_2_0_win64_msmpi10\orca\orca_scf_mpi.exe ended prematurely and may have crashed. exit code 125

---- error analysis -----

ORCA finished by error termination in SCF
Calling Command: mpiexec -np 2  D:\orca_4_2_0_win64_msmpi10\orca\orca_scf_mpi.exe oi.gbw b oi
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

任务2:输入文件.inp见附件3,输出文件见附件4,报错信息如下(此任务用另外一台电脑跑,无论是单核、双核还是四核,不一会就跑死了):************************************************************
          *                     SERIOUS PROBLEM IN SOSCF             *
          *                     ------------------------             *
          *            HUGE, UNRELIABLE STEP WAS ABOUT TO BE TAKEN   *
          *                         ABORTING THE RUN                 *
          ************************************************************
[file orca_scf/scf2.cpp, line 1476]:


ORCA finished by error termination in SCF
Calling Command: C:\orca_4_2_0_win64_msmpi10\orca\orca_scf oi.gbw b
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run


请老师指点!

4.out

54.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

附件4

3.inp

17.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

附件3

oi.out

64.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

附件2

oi.inp

16.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

附件1

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发表于 Post on 2020-11-14 11:19:38 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-11-14 11:05
ORCA4.2.0, MPI10.0.12498.5,根据http://sobereva.com/542计算分子间的相互作用能,
任务1:输入文件.inp ...

第一个问题按http://sobereva.com/61的方法解决,所有方法都尝试过仍然不奏效再来问
第二个问题,错误信息提示SOSCF迭代发散,加NoSOSCF关键字把SOSCF关掉就行了,如果仍然不收敛的话,和第一个问题同样处理
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-14 23:47:19 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-11-14 11:05
ORCA4.2.0, MPI10.0.12498.5,根据http://sobereva.com/542计算分子间的相互作用能,
任务1:输入文件.inp ...

提示得很清楚SCF NOT CONVERGED AFTER 125 CYCLES         ,即SCF没收敛
论坛首页google框搜 ORCA 收敛,就能找到很多解决办法
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2020-11-16 09:52:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,隐式模型下算溶质在溶剂环境下的自由能,是不是任何情况下的模型都要加上1.89kcal/mol?如果都加这个,再算能量差的时候,相当于所有的都没加吧?

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发表于 Post on 2020-11-16 14:52:53 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2020-11-16 09:52
sob老师您好,隐式模型下算溶质在溶剂环境下的自由能,是不是任何情况下的模型都要加上1.89kcal/mol?如果 ...

每个分子加1.89kcal/mol,所以当反应前后分子数不一致的时候,就会影响能量差
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-11-16 16:46:20 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好:能不能通过计算来比较下图两个分子的亲电或亲核加成反应的难易程度?如果可以,需要计算哪些量?

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发表于 Post on 2020-11-16 22:29:53 | 只看该作者 Only view this author
xxu若白 发表于 2020-11-16 16:46
sob老师您好:能不能通过计算来比较下图两个分子的亲电或亲核加成反应的难易程度?如果可以,需要计算哪些 ...

可以参见http://sobereva.com/484
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-11-16 23:17:42 | 只看该作者 Only view this author
老师好,采用molclus对下图中各个构型做团簇构型搜索时,有一些问题:1. 批量产生初始结构:xtb程序/genmer程序/...,用哪一种程序是最佳的,且耗时较短。
2. 对初始结构预优化:xtb程序/MOPAC/...,用哪一种程序是最佳的,且耗时较短。




ACS Sustainable Chem. Eng. 2020, 8, 16241−16251.png (308.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

ACS Sustainable Chem. Eng. 2020, 8, 16241−16251中的图

ACS Sustainable Chem. Eng. 2020, 8, 16241−16251中的图

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-17 04:47:17 | 只看该作者 Only view this author
xxu若白 发表于 2020-11-16 16:46
sob老师您好:能不能通过计算来比较下图两个分子的亲电或亲核加成反应的难易程度?如果可以,需要计算哪些 ...

如果用全局指数衡量,亲电加成看亲核指数,亲核加成看亲电指数,用Multiwfn能直接算出来,看http://sobereva.com/484
如果具体到反应位点特征,亲电反应可以用局部亲核指数、平均局部离子化能(ALIE),亲核反应可用Hirshfeld电荷、局部亲电指数

这些指数的具体定义看
概念密度泛函综述和重要文献合集 http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html
ALIE相关:
静电势与平均局部离子化能综述合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-17 04:51:09 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-11-16 23:17
老师好,采用molclus对下图中各个构型做团簇构型搜索时,有一些问题:1. 批量产生初始结构:xtb程序/genmer ...

你已经会用xtb的话,用xtb跑MD产生初始构型没问题。不会用的话,genmer产生初始结构也可以,只不过由于产生时没有考虑相互作用,所以需要纳入优化的构型数需要比较多来确保优化后最终能得到对应最稳定结构。

预优化用GFN2-xTB或MOPAC跑PM7都可以,对此类体系效果半斤八两,但前者耗时更低
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发表于 Post on 2020-11-17 08:07:48 | 只看该作者 Only view this author

这种结果算是振荡吗,优化是否还有必要继续

大家好,我用b3lyp/6-31+g*计算级别对一个较大分子进行优化+振动分析。已经优化了60多步,快一个星期了还没收敛(),能量变化图是这样的,这算是发生了震荡吗,是否需要停止工作改变优化方法。

搜狗截图20201117080741.png (123.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

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发表于 Post on 2020-11-17 08:57:37 | 只看该作者 Only view this author
显然是震荡了

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发表于 Post on 2020-11-17 09:21:47 | 只看该作者 Only view this author
建议大分子优化的时候不要加弥散。

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喵星人

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发表于 Post on 2020-11-17 09:25:41 | 只看该作者 Only view this author
中间确实震荡了,但是应该已经跳出去了

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发表于 Post on 2020-11-17 09:30:22 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-11-17 09:25
中间确实震荡了,但是应该已经跳出去了

我也是想再等等看,毕竟已经算了这么久了

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