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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-11 22:41:30 | 只看该作者 Only view this author
mlzhao 发表于 2020-11-10 20:35
主要是分析这种吸附作用的本质,就是除了键级分析之外还有什么图形化的分析手段

多了去了
化学吸附看
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html
诸如ELF、LOL、密度差图、BOD、SCI等等,上面文章都提了

物理吸附看
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
诸如RDG、IGM、IGMH、Hirshfeld surface等等,上面都提了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2020-11-12 14:58:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-11 22:41
多了去了
化学吸附看
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览

好的,多谢sob老师

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发表于 Post on 2020-11-12 18:05:42 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,我最近在用高斯和Multiwfn结合计算一系列激发态的激发能和跃迁偶极矩,由于是第一次做,我主要还是先重复了一篇文章里的数据,计算过程中出现了几个问题,想向您请教一下。首先在计算一系列单重态的激发态时,我进入了Multiwfn的主功能18和子功能5,对比Multiwfn得到的结果、高斯直接输出的结果以及文献中给出的结果,发现对应的很好。但是在计算一系列三重态激发态时,我发现Multiwfn给出的激发能和高斯out文件中直接输出的激发能对应不上,但是和文献中给出的激发能对应的很好,想问下Sob老师这种情况发生的原因是什么呢,直接读Multiwfn里的激发能是否合理?第二个问题就是因为高斯不能考虑旋轨耦合,所以输出的偶极矩都是零,但是我把高斯的chk文件和out文件导入Multiwfn之后,Multiwfn却能给出偶极矩,想问您一下,这时Multiwfn给出的偶极矩可以使用吗?谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2020-11-12 19:09:02 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2020-11-12 18:05
Sob老师好,我最近在用高斯和Multiwfn结合计算一系列激发态的激发能和跃迁偶极矩,由于是第一次做,我主要 ...

第一个问题,仔细检查一下读高斯的结果的时候有没有读对,有可能高斯不止算了三重态也算了单重态,你读成单重态了
第二个问题,估计不行,简单的检查办法是看一下跃迁偶极矩是不是和单重态的跃迁偶极矩在一个数量级,如果是的话,肯定是Multiwfn把你的三重态波函数当作单重态来算了。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2020-11-12 19:23:44 | 只看该作者 Only view this author
社长大人,培训班讲义上在溶剂的影响那部分有个结论: 对于丙酮,基态的偶极矩大于激发态的偶极矩,因此基态与水环境的静电相互作用导致能量下降得比激发态更多,从而吸收蓝移。这个偶极矩变化对能量影响得规律有没有相应的文献和专著可以参考一下?
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 Post on 2020-11-12 21:23:24 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-12 19:09
第一个问题,仔细检查一下读高斯的结果的时候有没有读对,有可能高斯不止算了三重态也算了单重态,你读成 ...

十分感谢老师的回复,我又重新仔细看了一下,第一个问题里面确实是我读错了,感谢老师指出。第二个问题的话我刚刚也算了一下,二者的偶极矩确实在一个数量级,不过S1的是四点多,T1的是九点多,好像还有点差别。不过确实如老师所说,感觉没有算旋轨耦合的话应该数据不太合理,看来我还要再去仔细拜读下Sob老师的博文。感谢老师的回复

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发表于 Post on 2020-11-12 21:49:25 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2020-11-12 21:23
十分感谢老师的回复,我又重新仔细看了一下,第一个问题里面确实是我读错了,感谢老师指出。第二个问题的 ...

T1反倒更大,那比S1、T1差不多的情形更能说明Multiwfn把你的波函数当成单重态来算了。
正常情况下,除非体系里有特别重的元素,否则T1的跃迁偶极矩一般得比S1的跃迁偶极矩小至少4个数量级。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-13 09:05:53 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2020-11-12 21:23
十分感谢老师的回复,我又重新仔细看了一下,第一个问题里面确实是我读错了,感谢老师指出。第二个问题的 ...

Multiwfn在屏幕上有明确提示,算的跃迁偶极矩只考虑空间部分,不考虑自旋部分,所以自旋禁阻的情况也不为0。





“Multiwfn给出的激发能和高斯out文件中直接输出的激发能对应不上”这个描述莫名其妙,本身Multiwfn根本就不计算激发能,激发能是直接从你提供的输出文件里读出来的,不可能和Gaussian的对应不上。如果是激发态优化任务,记得要和输出文件最后一次输出的对比。

如1L红字声明的,Multiwfn相关问题请到Multiwfn版块里发帖。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-13 09:18:43 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2020-11-12 19:23
社长大人,培训班讲义上在溶剂的影响那部分有个结论: 对于丙酮,基态的偶极矩大于激发态的偶极矩,因此基 ...

我一时半会儿想不起来。可以google搜。这个基本道理很容易理解,我觉得也没什么好说的。
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发表于 Post on 2020-11-13 09:21:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-13 09:05
Multiwfn在屏幕上有明确提示,算的跃迁偶极矩只考虑空间部分,不考虑自旋部分,所以自旋禁阻的情况也不为 ...

好的收到,谢谢Sob老师的解答

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发表于 Post on 2020-11-13 09:22:17 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-12 21:49
T1反倒更大,那比S1、T1差不多的情形更能说明Multiwfn把你的波函数当成单重态来算了。
正常情况下,除非 ...

好的收到,谢谢老师解答

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发表于 Post on 2020-11-13 17:57:23 | 只看该作者 Only view this author
请问社长,想要计算polar极化率,但是任务会自动报错停止#2070,看out文件不知道是什么原因。输入文件:%chk=G:\gaus\polar\1.chk
#P polar PBE1PBE/aug-cc-pVTZ empiricaldispersion=gd3bj

输出:Rotational constants (GHZ):      0.0273581      0.0091182      0.0075168
Leave Link  202 at Fri Nov 13 17:10:38 2020, MaxMem=   183500800 cpu:         0.0
(Enter G:\gaus\G09W\l301.exe)
Standard basis: Aug-CC-pVTZ (5D, 7F)
Ernie: Thresh=  0.10000D-02 Tol=  0.10000D-05 Strict=F.
Ernie:  171 primitive shells out of 2788 were deleted.
There are  5585 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are  4876 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
  4876 basis functions,  6750 primitive gaussians,  5585 cartesian basis functions
   226 alpha electrons      226 beta electrons
       nuclear repulsion energy      7455.4278489510 Hartrees.
IExCor= 1009 DFT=T Ex+Corr=PBE1PBE ExCW=0 ScaHFX=  0.250000
ScaDFX=  0.750000  0.750000  1.000000  1.000000 ScalE2=  1.000000  1.000000
IRadAn=      0 IRanWt=     -1 IRanGd=            0 ICorTp=0 IEmpDi=141
NAtoms=  155 NActive=  155 NUniq=  155 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=T Big=T
Integral buffers will be    262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
R6Disp:  Grimme-D3(BJ) Dispersion energy=       -0.1478251724 Hartrees.
Nuclear repulsion after empirical dispersion term =     7455.2800237786 Hartrees.
Leave Link  301 at Fri Nov 13 17:10:38 2020, MaxMem=   183500800 cpu:         0.0
(Enter G:\gaus\G09W\l302.exe)
NPDir=0 NMtPBC=     1 NCelOv=     1 NCel=       1 NClECP=     1 NCelD=      1
         NCelK=      1 NCelE2=     1 NClLst=     1 CellRange=     0.0.
One-electron integrals computed using PRISM.
GSVD:  LWork=    76462006 too small for GESVD, short by    18673630 words or    18673630 for optimal perf.
NBasis=  4876 RedAO= T EigKep=  1.01D-06  NBF=  4876
NBsUse=  4845 1.00D-06 EigRej=  9.92D-07 NBFU=  4845
Precomputing XC quadrature grid using
IXCGrd= 4 IRadAn=           0 IRanWt=          -1 IRanGd=           0 AccXCQ= 0.00D+00.
Generated NRdTot=       0 NPtTot=           0 NUsed=           0 NTot=          16
NSgBfM=  3653  3665  3674  3674  3692 MxSgAt=   155 MxSgA2=   155.
Leave Link  302 at Fri Nov 13 17:23:49 2020, MaxMem=   183500800 cpu:       791.0
(Enter G:\gaus\G09W\l303.exe)
DipDrv:  MaxL=1.
Leave Link  303 at Fri Nov 13 17:24:01 2020, MaxMem=   183500800 cpu:        12.0

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发表于 Post on 2020-11-13 18:16:40 | 只看该作者 Only view this author
li447fan 发表于 2020-11-13 17:57
请问社长,想要计算polar极化率,但是任务会自动报错停止#2070,看out文件不知道是什么原因。输入文件:%ch ...

到这里为止都没有输出报错信息。你看一下有没有输出其他的文件?
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-11-13 20:38:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-13 18:16
到这里为止都没有输出报错信息。你看一下有没有输出其他的文件?

确实是没有其他报错信息了,但是换成pVDZ后,就运行了挺久了,不知道是不是因为基组太大,我的PC算不动

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-14 02:50:00 | 只看该作者 Only view this author
li447fan 发表于 2020-11-13 20:38
确实是没有其他报错信息了,但是换成pVDZ后,就运行了挺久了,不知道是不是因为基组太大,我的PC算不动

aug-cc-pVTZ做polar任务是很耗计算资源的,如果你用的是Windows 32bit版Gaussian,算的又不是很小体系,劝你放弃,找个服务器来算。cc-pVDZ都能算很久,aug-cc-pVTZ更是绝对没戏,就算不报错也别指望能在你能忍受的时间内算完。
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