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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-11-28 16:15:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-11-28 16:18 编辑

#p opt b3lyp/genecp em=GD3BJ scrf=(cpcm,solvent=water) optcyc=500 scfcon=6 scfcyc=300
关键词过于可怕,学习写关键词的渠道/前辈大概率是外行做计算的。千万不要以“我们就是简单算算”为由麻痹自己,仔细阅读sob老师博文
《常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词》http://sobereva.com/331

另外,只给输出文件还不够,把输入文件传上来,你的基组、赝势大概率也写错了。另外,这么大体系才给8核4GB,核数和内存都太少了。运气好的话过一会儿报错,运气不好算个一两天报错,白忙活。实在没机器的话,8核也就凑合算着,内存再给大一点。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-28 18:05:16 | 只看该作者 Only view this author
努力的小青年 发表于 2020-11-28 11:07
向各位大佬求解,Au20的结构在高斯里怎么作图?

这么初级的、连基本常识都没有的问题别单独发帖,否则会拉低论坛帖子水准

Gaussian是计算程序,不是画图的。
发帖时候看清楚板块再发,和波函数分析、Multiwfn无关的问题别发到“波函数分析与Multiwfn”板块去。这次给你移动了,下次将删帖+扣分处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-28 18:07:13 | 只看该作者 Only view this author
KKKe 发表于 2020-11-28 14:27
Unrecognized potential number           6 in GetPot
Error termination via Lnk1e in /usr/local/g09/l ...

仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html再发帖,下次直接用“高斯报错”当帖子名直接删帖+扣分。过于初级问题不要单独发主题帖,避免拉低论坛讨论水准。
你的回复看12088L
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-28 18:20:44 | 只看该作者 Only view this author
陈十一 发表于 2020-11-28 13:36
请问,谁可以分享一份gaussian教程Exploring chemistry with electronic structure methods第二版(或第三 ...

先搜论坛再发帖
首页搜索框一搜exploring多了去了
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发表于 Post on 2020-11-30 02:21:18 | 只看该作者 Only view this author
打扰了!附件是我们的计算化学课老师留的作业,job1一开始关键词是energy,但算到job2一提交就显示link died。老师让把job1的关键词改为opt,但几个小时了我的一直没有算完,也没有报错。有的同学十几分钟就优化好了。😂对比了一下和其他同学的作业没有找出什么不同 。而且也不是很懂为什么要改opt。。

Modeling Antiferromagnetic Coupling in Gaussian _ Gaussian.com.pdf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-30 09:59:32 | 只看该作者 Only view this author
布剪甚青 发表于 2020-11-30 02:21
打扰了!附件是我们的计算化学课老师留的作业,job1一开始关键词是energy,但算到job2一提交就显示link die ...

问这类问题起码把你对输入输出文件传上来

并且注意看此文
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-30 10:09:58 | 只看该作者 Only view this author
努力的小青年 发表于 2020-11-28 11:07
向各位大佬求解,Au20的结构在高斯里怎么作图?

此文里我给了Au20现成的结构
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
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发表于 Post on 2020-11-30 11:14:26 | 只看该作者 Only view this author
请教下,主体结构是偶氮苯、一些取代基是线型柔性链的分子,用TD计算紫外吸收光谱(Gaussian09 win32版),问题1:构象平均光谱的方法和单一构象振动分辨光谱方法哪种与实验光谱更相符?2:哪种方法更耗时?看了相关的博文,构象平均光谱要先构象搜索、计算自由能构象比例等一顿操作。振动分辨光谱也可以做权重叠加,貌似更复杂。新手上路,烦请指导~

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发表于 Post on 2020-11-30 11:39:54 | 只看该作者 Only view this author
jingsi 发表于 2020-11-30 11:14
请教下,主体结构是偶氮苯、一些取代基是线型柔性链的分子,用TD计算紫外吸收光谱(Gaussian09 win32版), ...

取代基和偶氮苯共轭吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2020-11-30 11:50:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-30 11:39
取代基和偶氮苯共轭吗?

不和偶氮苯共轭,就含C、O、N、H的线性长链,3~8个键的长度。谢谢!

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发表于 Post on 2020-11-30 12:11:33 | 只看该作者 Only view this author
jingsi 发表于 2020-11-30 11:50
不和偶氮苯共轭,就含C、O、N、H的线性长链,3~8个键的长度。谢谢!

那构象平均效应应该不重要,建议算单一构象振动分辨光谱
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-30 12:13:58 | 只看该作者 Only view this author
jingsi 发表于 2020-11-30 11:14
请教下,主体结构是偶氮苯、一些取代基是线型柔性链的分子,用TD计算紫外吸收光谱(Gaussian09 win32版), ...

构象权重平均和振动分辨光谱完全是两个层面的事,根本不是可以对比的
最严格的是对每个构象都做振动分辨的光谱,然后再权重平均。当有多个构象分布比例都较大,而且光谱特征差异大的时候,应当至少先把构象权重问题先考虑了再说,之后再考虑振动耦合问题。
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发表于 Post on 2020-11-30 13:22:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-30 12:11
那构象平均效应应该不重要,建议算单一构象振动分辨光谱

嗯嗯,感谢指导!

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发表于 Post on 2020-11-30 13:24:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-30 12:13
构象权重平均和振动分辨光谱完全是两个层面的事,根本不是可以对比的
最严格的是对每个构象都做振动分辨 ...

明白了,非常感谢!

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发表于 Post on 2020-11-30 16:50:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-30 10:09
此文里我给了Au20现成的结构
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http://sobereva.com/ ...

感谢感谢!

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