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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-11-27 17:48:16 | 只看该作者 Only view this author
不能指定,而且一般而言不该指定,只能指定总电荷。
做从头算的意义之一就在于自动优化分子的电荷分布,而不借助于任何经验和化学直觉,以此排除人为的偏差。如果指定某个原子的电荷,那就相当于你强行引入了你的经验和偏见,计算结果就没有预测能力了。
参见http://sobereva.com/271
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-27 18:04:27 | 只看该作者 Only view this author
SIXI 发表于 2020-11-27 17:36
新手小白提问,还请各位老师们不吝赐教。如何指定分子的某一原子上带电荷呢?是最后通过修改自旋多重度来控 ...

贴图方式不对,其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图,此问题在这里还特意强调了:http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-27 18:10:36 | 只看该作者 Only view this author
Jerry_Wang 发表于 2020-11-27 16:41
各位老师,大家好,请教大家一个问题。
高斯程序跑了一段时间后,出现了 Link died!  


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-11-27 19:28:39 | 只看该作者 Only view this author
感谢老师指点!

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发表于 Post on 2020-11-27 20:08:00 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师您好,我最近算一个18个C原子的长链,简称OA(见下图),想要算一下OA得到HSO3-中H+离子的能力。我计算的方法是OA-H+加上SO3(2-),减去OA,再减去HSO3-。我用b3lyp发现好像结果不对(没有加弥散),想请教一下我应该用什么泛函?

WMQQYTJCQD6O8YV_{%@_L}Q.png (16.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 57)

WMQQYTJCQD6O8YV_{%@_L}Q.png

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发表于 Post on 2020-11-27 21:23:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-27 18:04
贴图方式不对,其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图,此问题在这里还 ...

好的好的,谢谢提醒,辛苦了

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发表于 Post on 2020-11-27 22:44:59 | 只看该作者 Only view this author

【新手求助】高斯中如何指定分子的电荷?

入门新手提问,还请各位老师们不吝赐教。
如何指定分子的某一原子上带电荷呢?是最后通过修改自旋多重度来控制分子的总电荷吗?
分子中有多个原子上带有电荷,需要做分子片段 Fragment=1,Fragment=2 的处理吗?

如果不需要的话,怎样保证N=O双键的存在?(因为这个双键总是会在再次打开文件时不见了)

计算的分子结构如下:(4-硝基苯硫酚)


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发表于 Post on 2020-11-27 22:52:27 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2020-11-27 20:08
sob 老师您好,我最近算一个18个C原子的长链,简称OA(见下图),想要算一下OA得到HSO3-中H+离子的能力。我 ...

泛函的问题是次要的,首先必须加弥散函数(C、H可以不加,但是O、S必须加),其次必须加显式溶剂,比如你的溶剂是水的话,在羧基和亚硫酸根附近放上若干个水分子,外面用隐式溶剂模型。再次可以考虑加上配阳离子,比如你的配阳离子是Na+的话,其实一般并不能假设Na+和[SO3]2-是完全电离开的,在[SO3]2-旁边加一个水合钠离子一般会改善描述。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-11-27 22:55:06 | 只看该作者 Only view this author
http://sobereva.com/271
http://sobereva.com/414
仔细看完这两篇文章,如果不懂再来问,问的时候仔细说你哪些地方没看懂
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-28 07:15:52 | 只看该作者 Only view this author
看12115L的回复

fragment设置根本不是起到这种效果的,那影响的仅仅是初猜,仔细看
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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发表于 Post on 2020-11-28 11:07:45 | 只看该作者 Only view this author

高斯作图

向各位大佬求解,Au20的结构在高斯里怎么作图?

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发表于 Post on 2020-11-28 11:57:50 | 只看该作者 Only view this author
首先,高斯没有作图功能,你指的应该是GaussView,它和高斯是两个东西。
其次,你是连画这个结构都不会,还是只是不知道怎么快速地画?比如一个一个原子画,每个原子加上以后都调整键长键角,这个会吧?
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-11-28 13:18:16 | 只看该作者 Only view this author
建议直接去发表过Au20结构的文章里复制。。。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2020-11-28 13:36:14 | 只看该作者 Only view this author

gaussian教程Exploring chemistry with electronic structure methods输入文件求助

请问,谁可以分享一份gaussian教程Exploring chemistry with electronic structure methods第二版(或第三版)对应的例题文件包。
如果有第三版书籍Exploring chemistry with electronic structure methods能分享一下就更好了。
感谢各位大神

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发表于 Post on 2020-11-28 14:27:57 | 只看该作者 Only view this author

高斯报错

Unrecognized potential number           6 in GetPot
Error termination via Lnk1e in /usr/local/g09/l301.exe

微信图片_20201128142643.png (66.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

输出文件log报错

输出文件log报错

LZU8-Hg1-1-1.log

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