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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-11-10 20:35:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-9 16:13
你指的是验证是否能吸附,还是计算吸附能具体是多少,还是分析这种吸附作用的化学本质(键级,键的离子性 ...

主要是分析这种吸附作用的本质,就是除了键级分析之外还有什么图形化的分析手段

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发表于 Post on 2020-11-10 21:28:25 | 只看该作者 Only view this author
mlzhao 发表于 2020-11-10 20:35
主要是分析这种吸附作用的本质,就是除了键级分析之外还有什么图形化的分析手段

AIM,ELF,RDG等等,可以参见http://sobereva.com/471
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2020-11-10 22:09:04 | 只看该作者 Only view this author
haos423 发表于 2020-11-10 20:23
老师您好,想要对一系列的分子相对准确地计算其HOMO,LUMO能量并作对比,双杂化泛函和CCSD(T)的计算结果会比 ...

第一个问题,不会;不仅不会,而且不能这么算,因为双杂化泛函和CCSD(T)的HOMO、LUMO是没有定义的。最多用range-separated hybrid到头了。而且注意HOMO和LUMO不是实验可观测量,所以不能谈论哪个泛函算HOMO、LUMO比较准,因为没有办法严格和实验对照。比如有人说HOMO能量等于负的第一电离能,有人说LUMO能量等于负的第一电子亲和能,又有人说HOMO-LUMO gap等于第一激发能,但是这三者显然不可能同时精确成立,因为一个分子的第一电离能减去第一电子亲和能不可能正好等于第一激发能。所以当你需要知道电离能和电子亲和能的时候,和你需要知道第一激发能的时候,最准的泛函可能是不一样的。参见http://sobereva.com/543
第二个问题,是的。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-11 00:31:28 | 只看该作者 Only view this author
haos423 发表于 2020-11-10 20:23
老师您好,想要对一系列的分子相对准确地计算其HOMO,LUMO能量并作对比,双杂化泛函和CCSD(T)的计算结果会比 ...

仔细看此文,你就知道问的这个问题本身就是错的
正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
http://sobereva.com/543http://bbs.keinsci.com/thread-16758-1-1.html
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发表于 Post on 2020-11-11 09:17:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-10 08:31
首先,你确定只有键连信息变了,原子坐标没变是吗?
这个原子坐标看起来太奇怪了

我是刚学这个软件,原子坐标怎么看。我就是像画图一样,先把分子给构建出来,然后用那个clean,把分子进行初步优化,不过我用rebond,发现有的键就会莫名其妙的消失,我不懂的就是这个点,就是为什么会有键消失。

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发表于 Post on 2020-11-11 09:18:35 | 只看该作者 Only view this author

求助:gaussian计算遇到No special actions if energy rises.

gjf文件输入:
%mem=50GB
%nproc=20
%chk=crrna.chk
# b3lyp/6-31G(d,p)  scrf=(solvent=water)  

输出文件在中午进行了一次更新,末尾为
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.

此时还在计算,并未结束。又过了好几个小时,linux端结束了计算。但是输出文件并未更新,仍以No special actions if energy rises结尾。
输出文件的最后更新时间是中午。linux端的计算结束时间是晚上。
网上的很多方法都试过,比如清空临时文件夹,或者重新计算等

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发表于 Post on 2020-11-11 09:23:57 | 只看该作者 Only view this author
一般就是自洽场就在迭代。不知道你体系多大,没法估计时间。把输出文件的#换成#P可以输出每一轮迭代结果,方便估计时间和监测,用Multiwfn主功能100的子功能6可以监测加了#P的out/log文件里面的自洽场收敛情况并绘图,帮助判断收敛情况。

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发表于 Post on 2020-11-11 09:53:11 | 只看该作者 Only view this author
初学gaussian 发表于 2020-11-11 09:17
我是刚学这个软件,原子坐标怎么看。我就是像画图一样,先把分子给构建出来,然后用那个clean,把分子进 ...

就是说,只是缺一些键吗,还是原子的位置也错了
或者我拆成两个问题,(1)你一开始clean之后的结构看起来合理吗?(2)rebond之后有再clean过吗?
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-11-11 12:42:50 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-11 09:53
就是说,只是缺一些键吗,还是原子的位置也错了
或者我拆成两个问题,(1)你一开始clean之后的结构看起 ...

一开始的结构感觉上和文献上所提供的长的是不太一样,但我检查了一下,键是没有连接错误的。不过老师你说到的原子的位置问题可能是这方面的问题,但我不是很懂,可能是我构建的时候没怎么调整过原子的位置。
rebond之后它就缺了一些键,然后再clean,我就发现它的一些键就变化了,所以我没有选择这样操作。不过,我就按这个gjf文件,然后给了wB97XD/def2TZVP opt freq条件,它可以在gaussian09w上面运行,从昨天中午运行到现在都还没算完,但是也没报错。

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发表于 Post on 2020-11-11 15:24:53 | 只看该作者 Only view this author
初学gaussian 发表于 2020-11-11 12:42
一开始的结构感觉上和文献上所提供的长的是不太一样,但我检查了一下,键是没有连接错误的。不过老师你说 ...

是这样的,GaussView的成键信息,高斯计算的时候并不会用上,高斯只读原子位置。见http://sobereva.com/414
所以这就是为什么我一直在问你的原子位置是否合理,因为键多了键少了根本没有区别,如果原子位置错了,即使键连对了,计算结果也是定性错误的。
建议把初始结构调成和文献的结构基本一样,而不仅是成键方式一样,再算。
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发表于 Post on 2020-11-11 16:46:52 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-11 15:24
是这样的,GaussView的成键信息,高斯计算的时候并不会用上,高斯只读原子位置。见http://sobereva.com/4 ...

好的,多谢老师了。我先去再重新构造一下这个分子,应该是您所说的这个问题。是我构造的问题,真的非常感谢

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发表于 Post on 2020-11-11 19:49:45 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,某个反应中如果以其中一种反应物为能量零点,在计算反应物与过渡态的能垒时,额外加入的反应物自由能是如何考虑进去的呢,计算两种反应物总能量时两种分子的距离有具体要求吗

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发表于 Post on 2020-11-11 20:28:27 | 只看该作者 Only view this author
yukio07943 发表于 2020-11-11 19:49
请问sob老师,某个反应中如果以其中一种反应物为能量零点,在计算反应物与过渡态的能垒时,额外加入的反应 ...

如果算A+B -> C这个反应的能垒,能量零点是A的能量加上B的能量,没有“以其中一种反应物为能量零点”的说法。其中A的能量和B的能量是分开算的,也就是分别跑两个任务,然后手动把两个能量加起来,而不是间隔一定距离放在一起算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-11 22:39:24 | 只看该作者 Only view this author
九只獬豸羊 发表于 2020-11-11 09:18
gjf文件输入:
%mem=50GB
%nproc=20

你不写#P导致你无法监控迭代细节过程,只能像这样被蒙在鼓里
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-11 22:41:30 | 只看该作者 Only view this author
mlzhao 发表于 2020-11-10 20:35
主要是分析这种吸附作用的本质,就是除了键级分析之外还有什么图形化的分析手段

多了去了
化学吸附看
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html
诸如ELF、LOL、密度差图、BOD、SCI等等,上面文章都提了

物理吸附看
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
诸如RDG、IGM、IGMH、Hirshfeld surface等等,上面都提了
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