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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-12-1 12:17:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-27 22:52
泛函的问题是次要的,首先必须加弥散函数(C、H可以不加,但是O、S必须加),其次必须加显式溶剂,比如你 ...

感谢老师耐心回复,再次请教一下,我想要拟合一下实验中H+离子的电离情况,有什么办法能拟合这个数值呢?我看文献报道中有用H9O4+拟合H+离子电离能力的,但是不确定这个准确不?想请教一下还有没有别的拟合H+电力的计算方法

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发表于 Post on 2020-12-1 12:22:11 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2020-12-1 12:17
感谢老师耐心回复,再次请教一下,我想要拟合一下实验中H+离子的电离情况,有什么办法能拟合这个数值呢? ...

什么叫拟合电离?是计算电离过程的平衡常数?还是只是模拟电离出来的那个H+本身,不计算任何平衡常数,也不算任何反应?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2020-12-1 16:39:38 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-1 12:22
什么叫拟合电离?是计算电离过程的平衡常数?还是只是模拟电离出来的那个H+本身,不计算任何平衡常数,也 ...

就是拟合H+电离本身,ΔGprot = Go(S+) – Go(S) + Go(H8O4) – Go(H9O4+),类似于这种,就是拟合反应中H+的给出能力。

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发表于 Post on 2020-12-1 18:30:20 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2020-12-1 16:39
就是拟合H+电离本身,ΔGprot = Go(S+) – Go(S) + Go(H8O4) – Go(H9O4+),类似于这种,就是拟合反应中H ...

你这个本质上还是在计算电离的平衡常数。而且不叫拟合,拟合的意思是给定一些数据点拟合出一条曲线来,跟计算是两码事。
基本上也只能像你这样算,当然为了准确起见,SH+和S有可能也需要加显式溶剂。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2020-12-2 10:01:13 | 只看该作者 Only view this author

求助:为什么优化一个酰胺分子L9999报错

向大家求助一个问题,就是我在优化一个酰胺分子的时候,竟然L9999报错。该怎么解决呢?谢谢啦

微信图片_20201202095426.png (31.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

微信图片_20201202095426.png

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发表于 Post on 2020-12-2 10:06:58 | 只看该作者 Only view this author
初始结构离平衡结构太远,泛函难以收敛,震荡等都会造成这种状况
专注于面向个人的量化问题解决,LAMMPS ReaxFF力场。一对一提供服务,本人个人电脑提供计算资源,双路8168,128G内存。

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发表于 Post on 2020-12-2 10:07:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2020-12-2 10:09 编辑

sob老师打扰了,想问一下哪种电荷可以反映出配合物中原子的酸碱性呀?NPA电荷的结果不好

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发表于 Post on 2020-12-2 10:20:30 | 只看该作者 Only view this author
447951397 发表于 2020-12-2 10:06
初始结构离平衡结构太远,泛函难以收敛,震荡等都会造成这种状况

那我该怎么解决呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-2 11:02:18 | 只看该作者 Only view this author
平娜英 发表于 2020-12-2 10:01
向大家求助一个问题,就是我在优化一个酰胺分子的时候,竟然L9999报错。该怎么解决呢?谢谢啦

看清楚板块再发贴,和波函数分析毫无直接联系的问题别发到波函数分析板块,下次直接删帖

这种常见问题先用公社论坛首页google框搜索再问

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-2 11:02:37 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2020-12-2 10:07
sob老师打扰了,想问一下哪种电荷可以反映出配合物中原子的酸碱性呀?NPA电荷的结果不好

尝试ADCH、Hirshfeld
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-12-2 11:25:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-2 11:02
尝试ADCH、Hirshfeld

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2020-12-2 13:38:39 | 只看该作者 Only view this author
平娜英 发表于 2020-12-2 10:20
那我该怎么解决呢

贴具体报错信息,如果不知道哪些信息是报错信息,那就贴输出文件的最后几十行。
造成L9999报错的原因多如牛毛,光给一个L9999没有任何信息量。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-12-2 16:52:18 | 只看该作者 Only view this author
请问BSE网站为什么选中基组后点击get references没有反应呢,是网站出问题了吗?我应该如何获取6-311++G**基组的引用文献呢?

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发表于 Post on 2020-12-2 17:31:22 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2020-12-2 16:52
请问BSE网站为什么选中基组后点击get references没有反应呢,是网站出问题了吗?我应该如何获取6-311++G** ...

需要科学上网。。。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-12-3 10:18:10 | 只看该作者 Only view this author
求助:高斯16做结构优化,想在笛卡尔坐标下固定原子(0、-1那种方法),苯环上的C需要固定,其他侧链上的C不需要固定,导出的.gjf文件用文本编辑器打开后,请教各位老师怎么判断哪些C是我想固定的(原子比较多,我分不清),

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