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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-5-3 23:02:17 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我想比较一个分子模型(图1,此分子模型已优化,并得到静电势图)中各含氧基团对单个水分子的吸附的弱相互作用。由于计算条件的限制(个人笔记本,双核,i3),想简化一下,将这个分子模型分成几部分(图2),看它们与水分子相互结合,分别优化并计算相互作用能。


想采用的几何优化方法基组是M062X/6-31G**,得到的wfn文件作RDG图,相互作用能用M062X-D3/6-311+G**。目前有以下问题:
(1)把分子模型简化来看单个基团(图2)与水分子的相互作用,是否能准确说明问题;
(2)对于含氧基团与水分子形成的团簇作几何优化,根据您之前的指导将水分子的H摆在静电势越负的位置。我用了一个苯甲酸做几何优化试算(初猜结构如图3,水分子的氢靠近羧基的氧),在该水平下计算很慢,而且不易收敛(目前计算到37步,水分子中的氢原子逐渐远离)。是不是初猜结构有问题,还是需要继续算下去?


(3)以现有的水平,想得到期待的结果的话,您觉得我选择的计算水平有问题吗?还是需要改用ORCA来进行计算?

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发表于 Post on 2016-5-3 23:57:30 | 只看该作者 Only view this author
对不同体系,电子亲和能有正有负很正常。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-4 06:28:48 | 只看该作者 Only view this author
大道之行 发表于 2016-5-3 22:04
请问sobereva老师:为什么我结构优化一种化合物,它得到一个电子后的能量比它中性条件下的能量还低。
Comp ...

不同体系电子亲和能有正有负,所以得到电子后能量可能升高也可能降低,电子亲和能为负值时说明无法再得到电子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-4 06:36:17 | 只看该作者 Only view this author
jingyubo 发表于 2016-5-3 21:35
请问老师,我看到绝热电离能是中性原子或分子中失去一个电子得到稳定的离子所需能量,垂直电离能是中性原子 ...

电离、电子亲和过程的垂直就是指这个过程中几何结构还维持在初态,绝热就是指前后态都处在各自势能面极小点上。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-4 06:41:16 | 只看该作者 Only view this author
garywu 发表于 2016-5-3 23:02
请问老师,我想比较一个分子模型(图1,此分子模型已优化,并得到静电势图)中各含氧基团对单个水分子的吸 ...


这样的体系用不着改用ORCA
实际上你完全可以用ONIOM(M062X/6-31G**:PM6)来优化体系,这就免得自己去拆分结构了,原理上还更严谨一点。耗时比起你自己把结构拆成模型体系也高不了多少。
如果你想更快干脆用B3LYP-D3/6-31G**,M06-2X速度是比B3LYP慢一倍多的。
至于水散架,估计是计算设定有问题所致,不是初猜结构的问题。
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发表于 Post on 2016-5-4 10:11:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-4 06:36
电离、电子亲和过程的垂直就是指这个过程中几何结构还维持在初态,绝热就是指前后态都处在各自势能面极小 ...

就是在结构计算中计算垂直的时候只计算单点,计算绝热的时候还要优化,是不是这样啊?

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发表于 Post on 2016-5-4 10:24:02 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-5-3 23:57
对不同体系,电子亲和能有正有负很正常。

好的谢谢前辈

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发表于 Post on 2016-5-4 10:25:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-4 06:28
不同体系电子亲和能有正有负,所以得到电子后能量可能升高也可能降低,电子亲和能为负值时说明无法再得到 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2016-5-4 10:28:44 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-5-3 23:57
对不同体系,电子亲和能有正有负很正常。

请教前辈电子亲和能怎么算呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-4 11:38:50 | 只看该作者 Only view this author
jingyubo 发表于 2016-5-4 10:11
就是在结构计算中计算垂直的时候只计算单点,计算绝热的时候还要优化,是不是这样啊?

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大道之行 发表于 2016-5-4 10:28
请教前辈电子亲和能怎么算呢?

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发表于 Post on 2016-5-4 14:13:42 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sobereva老师

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发表于 Post on 2016-5-4 15:19:59 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师啊

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发表于 Post on 2016-5-4 16:38:47 | 只看该作者 Only view this author
吸附能的计算公式为:Eads=E(AB)-E(A)-E(B),文献中说E是total energy ,落实道计算上,这个E是取内能U,还是取焓H,还是自由能G呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-4 17:54:47 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-5-4 16:38
吸附能的计算公式为:Eads=E(AB)-E(A)-E(B),文献中说E是total energy ,落实道计算上,这个E是取内 ...

如果计算指定温度下的吸热放热问题,用焓。
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