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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-14 15:38:15 | 只看该作者 Only view this author
drdavis 发表于 2016-5-10 14:29
之前用的gaussian 09 A.01版本计算过TD-DFT,现在换了集群,用的是C.01版本,前后都是在同一课题之下的计算 ...

你可以重算一个,对比一下看看有无显著差异,没有的话可以不重算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-14 15:40:47 | 只看该作者 Only view this author
jlx_ 发表于 2016-5-9 22:00
2013年诺贝尔化学奖授予美国科学家马丁・卡普拉斯、迈克尔・莱维特、阿里耶・瓦谢尔,以 ...

没什么新鲜的,就是一般说的QMMM计算。
lammps对QMMM的支持我很少关注,MS的话它自带的QMERA就是把dmol3和GLUP接起来做QMMM的。

其它的可以实现QMMM的组合很多,我曾经整理过:

单一程序:
Gaussian:支持AMBER、UFF、Dreiding力场,可以以ONIOM方式将QM与MM结合做优化、振动分析、IRC
Amber:经典力场的分子动力学程序,基于自带SQM半经验程序可以做QM/MM的优化和动力学
Q-Chem:支持AMBER、OPLS-AA、CHARMM力场,可直接做QM/MM和双层ONIOM的优化和动力学
NWChem:支持AMBER、Charmm力场,可直接做QM/MM的优化和动力学
ADF:支持AMBER95、SYBYL力场,可以以ONIOM方式将QM与MM结合做优化

QM与MM程序组合:即QM与MM程序至少一方留出给对方的接口
Amber:Gaussian、ORCA、Q-Chem、TeraChem、ADF、GAMESS-US、NWChem
Gromacs:MOPAC、ORCA、CPMD、Gaussian、GAMESS-UK,但接口都不理想
Tinker:GAMESS-US、Molcas
CHARMM:Q-Chem、DeMon2k

通用接口程序
Chemshell:收费程序,500英镑。主页http://www.chemshell.org。可以将分子动力学程序 DL_POLY、GULP、GROMOS、CHARMM 与量化程序 GAMESS-UK、NWChem、Dalton、Turbomole、ORCA、Molpro、Gaussian、Dmol3、Q-Chem 相连接做优化、动力学等
Pupil(Program for User Package Interface and Linking):开源免费,主页http://pupil.sourceforge.net。可以将动力学程序Amber、DL_POLY和量化程序Gaussian、deMon2k、NWChem、Siesta相连接做QM/MM动力学。基于JAVA编写。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-14 15:44:56 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-8 17:43
有几个问题想请教一下sob老师
1. 您的PPT中提到了混合溶剂计算时需要用到两个量,并将两种溶剂各自的量进 ...

1 是
2 单点能不直接输出在这里。前四个是不同的热力学校正量,后四个是热力学校正量加在单点能上
如果代入到热力学形式的TST里算k,用的是自由能垒,取TS和反应物Sum of electronic and thermal Free Energies之差
3 室温情况,从统计来说,IRC还是合理近似。不用考虑特殊因素。
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发表于 Post on 2016-5-14 15:48:54 | 只看该作者 Only view this author
烦请sob老师帮忙答疑解惑!在此感激不尽!

r11_18.rar

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发表于 Post on 2016-5-14 16:01:08 | 只看该作者 Only view this author

l301错误是什么意思

Error termination via Lnk1e in /vol6/home/hn_zjl/software/Gaussion09/g09B01/l301.exe
这个错误是什么意思?怎么解决?

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发表于 Post on 2016-5-14 16:02:12 | 只看该作者 Only view this author
你这样是无助于讨论的,要把错误的输出结尾至少五行拿出来,还要配合关键词,否则,神仙也不知道你什么错误

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-14 19:17:46 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-14 16:01
Error termination via Lnk1e in /vol6/home/hn_zjl/software/Gaussion09/g09B01/l301.exe
这个错误是什 ...


错误具体提示贴出来,不要问lxxx错误怎么办,毫无用处。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-14 20:03:57 | 只看该作者 Only view this author
wangyt 发表于 2016-5-14 15:48
烦请sob老师帮忙答疑解惑!在此感激不尽!

关键是你这体系模型实在太复杂。
只要把QM区域附近一定距离的水保留就足够了(几十个水),弄这么大一大坨MM水,肯定很难收敛。
而且几何优化的时候别用scfcyc=6来降低收敛限,否则也容易造成几何优化不收敛。
基组完全没必要用那么大,当前体系优化的目的6-311G**足矣,否则又慢又不容易收敛。
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发表于 Post on 2016-5-14 22:55:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-14 15:44
1 是
2 单点能不直接输出在这里。前四个是不同的热力学校正量,后四个是热力学校正量加在单点能上
如果 ...

谢谢老师
请问单点能的物理意义是什么呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-14 23:50:16 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-14 22:55
谢谢老师
请问单点能的物理意义是什么呢?

核-核互斥能、电子-核静电吸引能、电子-电子互斥能、电子动能,它们之和。
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发表于 Post on 2016-5-15 09:57:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-14 23:50
核-核互斥能、电子-核静电吸引能、电子-电子互斥能、电子动能,它们之和。

谢谢老师

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发表于 Post on 2016-5-15 15:36:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-14 15:30
把d3bj去了再看看
每隔几步精确算一下Hessian试试
减少步长上限试试

谢谢sob大神!

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发表于 Post on 2016-5-16 13:14:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-14 15:40
没什么新鲜的,就是一般说的QMMM计算。
lammps对QMMM的支持我很少关注,MS的话它自带的QMERA就是把dmol3 ...

谢谢Sob老师的详细解答

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发表于 Post on 2016-5-17 10:17:49 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我使用multiwfn算的态密度图中分态密度出现负值,选择的基组是6-311+g(d),有弥散函数,您说过使用scpa和mulliken都不适用有弥散的体系,必须去掉弥散函数吗?还有没有解决的方法?

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发表于 Post on 2016-5-17 19:01:48 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问您一个问题。
对于锕系元素计算,常用相对论方法,文献中有的写采用scale relativistic method,有的写quasi relativistic,请问这两个有啥区别呢?

谢谢老师

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