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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-5-4 19:18:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-4 17:54
如果计算指定温度下的吸热放热问题,用焓。

好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2016-5-4 21:56:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2016-5-4 22:58 编辑

sob老师,我想请教您个问题。
我现在在算一个过渡态,以前只是在本站看过相关帖子,没亲手算过。
有如图的一个反应,我知道(1个物质)初始和(2个物质)终态结构,想知道是如何变化过来的,有可能有图中所示的TS1 TS2 TS3以及中间体(不知道是不是这么称呼,只是看过一个图中写的是intermediate)。
能否通过opt=qst2,把优化后的反应物和生成物的构型放进gview,然后计算得到中间的几个物质呢?
如果不可以,请问如何操作才可以呢?
我看有TS QST2 QST3三种方法,不知道应该怎么做。
谢谢老师赐教。

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发表于 Post on 2016-5-4 22:50:12 | 只看该作者 Only view this author
用服务器计算时,居然出现了这几个文件。每个计算文件会产生两个这种文件,请问这是什么东西?
怎么才能让服务器不产生这东西?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-5 06:53:34 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-4 22:50
用服务器计算时,居然出现了这几个文件。每个计算文件会产生两个这种文件,请问这是什么东西?
怎么才能让 ...

用文本编辑器打开看看是什么东西。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-5 07:10:54 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-4 21:56
sob老师,我想请教您个问题。
我现在在算一个过渡态,以前只是在本站看过相关帖子,没亲手算过。
有如图 ...

这三种方法都只能处理基元过程。不可能得到中间几个物质。用QST2时必须给出基元反应的反应物和产物结构。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-5-5 07:54:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-5 07:10
这三种方法都只能处理基元过程。不可能得到中间几个物质。用QST2时必须给出基元反应的反应物和产物结构。

sob老师,首先感谢您的回复。我有以下几个问题想问一下:
1. 您说的基元反应就是指最接近的三个物质之间的反应吧(比如反应物-TS1-中间体1)?
2. 那请问计算中间体结构时需要在opt后加上TS吗?
3. 中间体也是不稳定的呀,优化的时候如果结构变化咋办呀?
4. 计算过渡态和中间体还需要注意哪些呢?(您的那篇关于过渡态的大作里讲的都是理论,具体的操作和注意事项我没有找到:(,唉,基础差)

谢谢老师,耽误您时间了。

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发表于 Post on 2016-5-5 07:55:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-5 06:53
用文本编辑器打开看看是什么东西。

啥都没有,空的

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发表于 Post on 2016-5-5 08:38:29 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师你好!我利用Oniom算过渡态,输入如下:
%mem=5GB
%chk=coil.chk
#p  ONIOM(cam-b3lyp/aug-cc-pVTZ:amber)=EmbedCharge opt=(calcfc,ts,noeigentest) nosymm geom=connectivity optcyc=150 scfcyc=400 scfcon=6
总是出现如下报错:
Out-of-memory error in routine BtX2FF-UGSx2R (IEnd=     732572713 MxCore=     670683366)
Use %mem=700MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in /usr/local/g09/l1002.exe
我内存给的挺多的了呀?请问是什么回事啊?

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发表于 Post on 2016-5-5 09:31:45 | 只看该作者 Only view this author

在用高斯对苯环芳烃进行OPT+freq计算时如何选用机组

我是新手,请问高人:在用高斯对苯环芳烃(如五氯苯酚)进行OPT+freq计算时如何选用方法和基组及相关设置,希望大神介绍一下!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-5 10:01:06 | 只看该作者 Only view this author
升腾 发表于 2016-5-5 09:31
我是新手,请问高人:在用高斯对苯环芳烃(如五氯苯酚)进行OPT+freq计算时如何选用方法和基组及相关设置, ...

B3LYP/6-31G*足矣
要更好点用6-311G**也就足够了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-5 10:02:05 | 只看该作者 Only view this author
wangyt 发表于 2016-5-5 08:38
Sob老师你好!我利用Oniom算过渡态,输入如下:
%mem=5GB
%chk=coil.chk


已经明确提示了%mem=700MW
别写scfcyc=400 scfcon=6这种东西,害人
DFT用那么大基组完全是白耽误时间,6-31G*或稍好的6-311G**优化足矣
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-5 10:04:45 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-5 07:54
sob老师,首先感谢您的回复。我有以下几个问题想问一下:
1. 您说的基元反应就是指最接近的三个物质之间 ...

1 恩
2 中间体是极小点,加TS干嘛?
3 中间体是极小点,直接优化就能优化到
4 一言难尽。
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发表于 Post on 2016-5-5 10:06:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-5 10:02
已经明确提示了%mem=700MW
别写scfcyc=400 scfcon=6这种东西,害人
DFT用那么大基组完全是白耽误时间 ...

谢谢老师指点!

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发表于 Post on 2016-5-5 15:10:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 升腾 于 2016-5-5 15:12 编辑
sobereva 发表于 2016-5-5 10:01
B3LYP/6-31G*足矣
要更好点用6-311G**也就足够了

嗯嗯,现在不知道具体该做什么,所以先对可能用到的结构进行优化,谢谢您的指导

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发表于 Post on 2016-5-5 18:07:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-4 06:41
这样的体系用不着改用ORCA
实际上你完全可以用ONIOM(M062X/6-31G**:PM6)来优化体系,这就免得自己去拆 ...

老师,又要麻烦您了。除了考察这个大分子这些已形成氢键的位置,还想算一下苯环,甲基这些疏水性位点与水分子的范德华作用。在几何优化复合物时水分子怎样摆放有两个问题。问题(1):苯环正上方是负电势,将水中的氢放在苯环中心的正上方(如图1);苯环平面的边缘是正电势,将水分子中的氧原子放在此处(如图2),这两种构型应该选取哪种?


问题(2):大分子中与醚键相连的甲基与水分子结合时,应该在甲基的正四面体结构的面心上会有正电势,这时候将水中的氧原子放置在面心上(图3),是否合理?十分感谢您的指教!


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