计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

1231#
发表于 Post on 2016-4-25 21:11:47 | 只看该作者 Only view this author

guess=check

guess=check这个是什么意思?计算IRC时在输入文件里加上guess=check,执行 cp过渡态的chk  IRC的chk 这些操作是什么意思呀?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

1232#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-25 21:13:38 | 只看该作者 Only view this author
xjtu_wcl 发表于 2016-4-25 20:33
额,抱歉版主大大我没说明白,一万开以下主要的反应就是分解反应,温度高到一万以上就主要是电离反应,我 ...

电离过程的速率怎么考虑我不大清楚,这离化学问题比较远。估计能找到其它一些模型来预测。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

1233#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-25 21:15:31 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-4-25 21:11
guess=check这个是什么意思?计算IRC时在输入文件里加上guess=check,执行 cp过渡态的chk  IRC的chk 这些操 ...


根本没有guess=check。只有guess=read,代表从chk文件里读取波函数作为初猜。
问关键词问题前先看手册http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/l_keywords09.htm
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

230

eV
积分
236

Level 3 能力者

1234#
发表于 Post on 2016-4-26 19:44:49 | 只看该作者 Only view this author
我在重复一篇文章的寻找过渡态的过程。文章中只说明了在MP2/6 -31+G(d) 水平下进行了过渡态的寻找。我用文章中的MP2没找到,然后换了B3LYP/6-31G(D) opt(TS,calcfc,noeigentest) freq 关键字进行过渡态寻找,正常结束,但是发现找到的构型没有虚频,并不是文中给的过渡态结构,请问是怎么回事?

TS.png (64.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

TS.png

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

1235#
发表于 Post on 2016-4-26 20:02:11 | 只看该作者 Only view this author
请教老师一个问题
http://comp.chem.umn.edu/freqscale/version3b1.htm这个网址中的scale factor下面有三个列,每个上面写的ZPE、harmonic frequencies、fundamental,请问
1 哪个才是热力学校正中的谐振频率校正因子啊?看英语应该是第二个,在您的大作http://sobereva.com/246中写的M06-2X/6-31+G**的谐振频率校正因子是0.967,但在这个表中标有ZPE那列中的数据是0.967,harmonic frequencies对应的数是0.979。所以我就有点晕了。
2 请问这几个校正频率怎么用啊?比如谐振频率校正因子是直接乘在计算得到的频率上的吗?另外两个呢?
谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

1236#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-26 21:24:01 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-26 20:02
请教老师一个问题
http://comp.chem.umn.edu/freqscale/version3b1.htm这个网址中的scale factor下面有 ...


1 fundamental那个
2 都是乘在频率上后再做计算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

1237#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-26 21:26:44 | 只看该作者 Only view this author
renleibeth 发表于 2016-4-26 19:44
我在重复一篇文章的寻找过渡态的过程。文章中只说明了在MP2/6 -31+G(d) 水平下进行了过渡态的寻找。我用文 ...


说明初猜结构不合理。这么小体系你可以用calcall,有助于收敛到过渡态
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

4

帖子

0

威望

23

eV
积分
27

Level 2 能力者

1238#
发表于 Post on 2016-4-27 10:53:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sheila 于 2016-4-27 10:57 编辑
sobereva 发表于 2016-4-22 19:26
一般流程是:进入ICSS功能,设定格点,产生.gjf文件,高斯运算后得到.out文件,载入.out文件,作图。整 ...


谢谢sob老师,我是在重复您的这篇博客里面的苯的ICSS计算过程http://sobereva.com/216,两次格点设定都和算例一致,对照您给的输出文件和我算出来的文件,您的输出文件编号999之后的鬼原子的编号都显示星号,我的显示1000,1001,1002...不知不能正常读取是否和这个有关,又如何解决。

benzene.png (72.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

benzene.png

12

帖子

0

威望

79

eV
积分
91

Level 2 能力者

1239#
发表于 Post on 2016-4-27 16:35:21 | 只看该作者 Only view this author

溶剂化效应

请问各位老师,我最近作溶剂化效应的时候老是出现502错误,这是怎么回事啊,只是把优化好的结构在溶剂中改基组做了个单点,为什么会出现结构错误呢,希望老师们给我些指导吧

32

帖子

0

威望

3637

eV
积分
3669

Level 5 (御坂)

1240#
发表于 Post on 2016-4-27 18:10:06 | 只看该作者 Only view this author

使用TD-DFT做垂直激发计算的fchk与同一个构型的基态的fchk有什么区别?

各位同行,请问用TD-DFT做垂直激发计算的fchk与同一个构型的基态的fchk有什么区别?我这个分子的垂直激发对应的是一个电子从HOMO跃迁到LUMO,我看到基态与激发态的fchk文件里的分子轨道能级都是一模一样的,分子轨道的空间分布也是一样的,那么请问垂直激发计算后该分子的波函数在哪里呢?既然轨道能级是一样的,为什么S0和S1态的分子的总能量不一样了?我每回取的该分子在S1态时的能量都是E(TD-HF/TD-KS) =后面的那个数值,是对的吧?如下所示:Excited State   1:      Singlet-?Sym    3.8439 eV  322.55 nm  f=0.6130  <S**2>=0.000
      86 -> 87         0.69467
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -965.486628774   


盼望您的回复,谢谢!
与其念念不忘,不如相忘于江湖。

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

1241#
发表于 Post on 2016-4-27 19:42:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-26 21:24
1 fundamental那个
2 都是乘在频率上后再做计算

如果不做过渡态热力学计算,仅仅与实验值比对,请问是否需要谐振频率校正?
红外和拉曼都适用吗?
是不是就是将这个因子乘在freq得到的频率上面?
谢谢老师。

22

帖子

0

威望

262

eV
积分
284

Level 3 能力者

1242#
发表于 Post on 2016-4-27 20:25:00 | 只看该作者 Only view this author

在g09中使用cosmo模型计算的输入文件

我想使用COSMO模型在溶剂中对分子构型进行优化(溶剂的介电常数为32.2),附件中是我在g09中的输入文件,不知这样书写是否正确,还望各位赐教,谢谢!

template.gjf

162 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5

输入文件

430

帖子

0

威望

784

eV
积分
1214

Level 4 (黑子)

1243#
发表于 Post on 2016-4-27 22:03:38 | 只看该作者 Only view this author

TD-DFT计算S1-T1能量时用了restricted

   TD-DFT 计算S1和T1,50-50计算,同时计算S1和T1,后面我勾选了restricted的模式,就成了rb3lyp/6-31g(d)。
和 default spin模式下,b3lyp/6-31g(d)的S1和T1是否会有差异?
   谢谢!

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

1244#
发表于 Post on 2016-4-28 00:44:34 | 只看该作者 Only view this author
不要只说lxxx错误,将输出的最后部分贴出来。

可能可以参考:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

1245#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-28 03:49:09 | 只看该作者 Only view this author
sheila 发表于 2016-4-27 10:53
谢谢sob老师,我是在重复您的这篇博客里面的苯的ICSS计算过程http://sobereva.com/216,两次格点设定都 ...


应当不是这个的事。
博文里一开头提供的那个例子的输出文件你能正常载入否?如果能,先完整重复一遍那个例子,如果还是没法载入,把你用的全部输入输出文件压缩后发到sobereva@sina.com我给你看看。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 03:22 , Processed in 0.514514 second(s), 31 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list