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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-5-12 13:03:14 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在高斯里面用Oniom做QM/MM的计算时(总原子数是9000),总是出现如下报错:
Number of steps in this run=    150 maximum allowed number of steps=  54126.
Out-of-memory error in routine Optmz4 (IEnd=   14686531433 MxCore=   10485760000)
Use %mem=14007MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
我按照所说的内存更改后,再交上去,又会出现:
Leave Link    1 at Thu May 12 12:59:46 2016, MaxMem= 14687404032 cpu:         0.2
galloc:  could not allocate memory.
翻来覆去,翻来覆去。请问老师应该如何解决呢?

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发表于 Post on 2016-5-12 13:21:24 | 只看该作者 Only view this author
wangyt 发表于 2016-5-12 13:03
sob老师,我在高斯里面用Oniom做QM/MM的计算时(总原子数是9000),总是出现如下报错:
Number of steps i ...

前者说给的内存不够,后者是你系统上没有你声明的这么多内存。将内存声明成机器最大内存-2G试一下,还不行这些结果加起来说明你实现不了这么大体系的计算。应当修改计算方法或者换机子。

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发表于 Post on 2016-5-12 17:12:10 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-5-12 13:21
前者说给的内存不够,后者是你系统上没有你声明的这么多内存。将内存声明成机器最大内存-2G试一下,还不 ...

谢谢你的回复!后来我发现,我在开始的时候给了一个opt=nomicro的关键词,这个关键词好像会让计算占的内存过大,去掉之后就好啦!谢谢你了!

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发表于 Post on 2016-5-12 19:16:13 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,偶极距和电子跃迁有啥关系?是不是偶极距小于一定值时不容易发生电子跃迁?
谢谢老师。

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发表于 Post on 2016-5-13 10:21:58 | 只看该作者 Only view this author

Linux下算出的chk文件打不开是什么问题?

    老师好,初用Linux高斯,算出的chk文件打不开,也Formchk不了是什么问题?谢谢老师

Sob注:回复在1328L

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发表于 Post on 2016-5-13 10:48:58 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我的输入是这样的:
ONIOM(cam-b3lyp/aug-cc-pVTZ:amber)=EmbedCharge Opt freq nosymm geom=connectivity
体系有9000个原子,现在出现了这种报错:
ONIOM: Microiterations cycle   26 out of a maximum of  25
Maximum number of microiterations cycles exceeded!
Terminating job.
Error termination via Lnk1e in /usr/local/g09/l120.exe
请问应该如何解决呢?谢谢老师了!

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发表于 Post on 2016-5-13 10:55:58 | 只看该作者 Only view this author
wangyt 发表于 2016-5-13 10:48
请问老师,我的输入是这样的:
ONIOM(cam-b3lyp/aug-cc-pVTZ:amber)=EmbedCharge Opt freq nosymm geom=co ...

Sob原来说过微迭代不收敛用QuadMacro尝试

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发表于 Post on 2016-5-13 10:56:59 | 只看该作者 Only view this author
Linux下产生的chk要用Linux下相同版本的的formchk转换。

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发表于 Post on 2016-5-13 16:58:43 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-5-13 10:55
Sob原来说过微迭代不收敛用QuadMacro尝试

好的,太感谢了!麻烦你了!

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发表于 Post on 2016-5-13 21:13:27 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-5-13 10:56
Linux下产生的chk要用Linux下相同版本的的formchk转换。

问题已解决,非常感谢!

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发表于 Post on 2016-5-14 09:44:09 | 只看该作者 Only view this author
求助各位老师:用ORCA优化小团簇,结构不收敛,可以加什么关键词帮助收敛?谢谢老师!输入如下:
! RIJCOSX UKS b3lyp grid4 ECP{def2-tzvp,def2-tzvp/J} def2-tzvp def2-tzvp/j tightscf d3bj SLOWCONV NOFinalGrid opt
%pal nprocs 24
     end
%scf
MaxIter 1000
GuessMode CMatrix
end
* xyz 0 3
......
*

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发表于 Post on 2016-5-14 10:24:25 | 只看该作者 Only view this author
昨天求助的,Oniom的这个报错:
ONIOM: Microiterations cycle   26 out of a maximum of  25
Maximum number of microiterations cycles exceeded!
Terminating job.
Error termination via Lnk1e in /usr/local/g09/l120.exe at Sat May 14 03:49:09 2016.
按照老师说的尝试加上Opt=QuadMacro这个关键词,结果还是出现同样的报错。请问还有什么别的办法吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-14 15:27:46 | 只看该作者 Only view this author
wangyt 发表于 2016-5-14 10:24
昨天求助的,Oniom的这个报错:
ONIOM: Microiterations cycle   26 out of a maximum of  25
Maximum n ...

输出文件压缩后传上来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-14 15:30:02 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-5-14 09:44
求助各位老师:用ORCA优化小团簇,结构不收敛,可以加什么关键词帮助收敛?谢谢老师!输入如下:
! RIJCOS ...

把d3bj去了再看看
每隔几步精确算一下Hessian试试
减少步长上限试试
不用RIJCOSX试试,或用RIJK试试
换个泛函试试
...
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lastzealot 发表于 2016-5-12 19:16
请问老师,偶极距和电子跃迁有啥关系?是不是偶极距小于一定值时不容易发生电子跃迁?
谢谢老师。

跃迁是否容易取决于振子强度,正比于跃迁偶极矩的平方
这和两个态偶极矩之差毫无关系。
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