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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-5-28 12:52:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-27 22:49
如果有电子能垒,计算IRC,对各个点计算熵

sob老师您所说的是不是先要找两个自由基结合在一起的过渡态呀?如果没有过渡态,还能计算entropic barrier in the free energy profile吗

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发表于 Post on 2021-5-28 23:19:34 | 只看该作者 Only view this author
第一次使用molclus,想问下老师,能查看这个程序的进程吗,他停在一个界面,要怎么判断他是在计算还是中间出错了呢?会有一些方式可以预估计算时间吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-29 00:14:54 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-5-28 23:19
第一次使用molclus,想问下老师,能查看这个程序的进程吗,他停在一个界面,要怎么判断他是在计算还是中间 ...

出错了自然就会在molclus运行信息中显示出来,并且开始算下一个体系
当前正在算的体系算到什么情况了自行监控屏幕上提示的被调用的程序的输出文件便知
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-29 00:15:38 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-5-28 12:52
sob老师您所说的是不是先要找两个自由基结合在一起的过渡态呀?如果没有过渡态,还能计算entropic barrie ...

没有过渡态的时候有时候可以用柔性扫描的轨迹来近似描述结合的路径,对扫描的每一帧进行计算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-29 00:16:21 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2021-5-28 08:51
各位计算过程中意外中断,请问这是怎么了?log文件提示内容如下,完整内容参考附件,谢谢!
Guess basis w ...

没法判断,直接上传完整输出文件多好(太大就压缩)。并且输入文件一起上传
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发表于 Post on 2021-5-30 08:33:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-29 00:15
没有过渡态的时候有时候可以用柔性扫描的轨迹来近似描述结合的路径,对扫描的每一帧进行计算

谢谢sob老师,您的意思是说对柔性扫描的每一帧进行频率计算,从out文件里得到熵吗,把扫描每一帧算得的熵然后相加就是entropic barrier吗,学生愚笨,老师您能不能多说几句

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-31 05:06:09 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-5-30 08:33
谢谢sob老师,您的意思是说对柔性扫描的每一帧进行频率计算,从out文件里得到熵吗,把扫描每一帧算得的熵 ...
每一帧相加没有任何意义
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发表于 Post on 2021-5-31 08:57:21 | 只看该作者 Only view this author
请问orca断电中断后如何续算?

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发表于 Post on 2021-5-31 09:26:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-29 00:15
没有过渡态的时候有时候可以用柔性扫描的轨迹来近似描述结合的路径,对扫描的每一帧进行计算

谢谢sob老师,老师如何获得每一帧的熵呀?是对每一帧进行频率计算吗

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发表于 Post on 2021-5-31 15:38:52 | 只看该作者 Only view this author
hunterpyj 发表于 2021-5-31 01:57
请问orca断电中断后如何续算?

取决于你计算的任务的类型,有的可以续算,有的不行
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-5-31 15:49:55 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-31 15:38
取决于你计算的任务的类型,有的可以续算,有的不行

谢谢,请问orca中tddft算吸收光谱和发射光谱时可以续算么?

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发表于 Post on 2021-5-31 16:00:12 | 只看该作者 Only view this author
hunterpyj 发表于 2021-5-31 08:49
谢谢,请问orca中tddft算吸收光谱和发射光谱时可以续算么?

SCF部分可以续算,用MORead就行了;
TDDFT部分不能续算,必须从头开始算;
发射光谱涉及激发态几何结构优化,几何结构优化可以续算,用任务中断前优化出来的最后一帧结构替换初始结构(拷进输入文件或用xyzfile读入都可以)就可以继续优化。
Zikuan Wang
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498746012 发表于 2021-5-31 09:26
谢谢sob老师,老师如何获得每一帧的熵呀?是对每一帧进行频率计算吗

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发表于 Post on 2021-6-1 10:26:34 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-6-1 21:03:11 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我用gaussian做anharmonic的频率计算来模拟近红外区域的红外光谱,计算结果得到的倍频最大的是6000cm-1左右,我这边实验的结果峰位置是在大概12000cm-1左右,且峰强度比6000cm-1更低。
我想请问老师,gaussian有没有方法可以计算倍频后再倍频的范围内(8000cm-1到12000cm-1)的红外光谱。
如果没有的话,我是否只能自己计算再次倍频后的红外强度了。

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