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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-5-17 11:33:47 | 只看该作者 Only view this author
想问一下老师,就是想设置gaussian中反应的气相环境(10%的氧气,90%氮气)该怎么设置,是和溶剂一样自定义设置再加上介电常数这样吗?还有就是这个百分比的比例该怎么在设置中体现呢?

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发表于 Post on 2021-5-17 14:02:21 | 只看该作者 Only view this author
【求助】请问在ORCA中用TDDFT优化激发态不能使用CPCM溶剂模型的问题应该如何解决?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-17 16:49:17 | 只看该作者 Only view this author
bxu764 发表于 2021-5-17 14:02
【求助】请问在ORCA中用TDDFT优化激发态不能使用CPCM溶剂模型的问题应该如何解决?

无解。老老实实用Gaussian
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-17 16:50:32 | 只看该作者 Only view this author
mosquito 发表于 2021-5-17 11:33
想问一下老师,就是想设置gaussian中反应的气相环境(10%的氧气,90%氮气)该怎么设置,是和溶剂一样自定义 ...

没法设置,而且考虑这个也没意义,气相中分子那么稀疏,根本不是通过连续介质方式能体现的
记住量子化学计算研究的是微观瞬间的事,如果氧气或氮气直接影响了反应,计算的时候就把气体分子也直接纳入进去,否则就忽视掉这个环境的影响
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-17 16:52:45 | 只看该作者 Only view this author
zzx 发表于 2021-5-17 08:46
对同一分子两个结构的计算能量差别太小,想请教各位老师是什么原因。

不同构象能量差本来就很小,搞清楚Hartree相对于kcal/mol、kJ/mol是个什么数量级的单位

多看看构象搜索的文章了解点构象相对能量方面的基本常识
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
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发表于 Post on 2021-5-17 17:24:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-17 16:49
无解。老老实实用Gaussian

请问Sob,我的目的仅仅是获得激发态的结构和做振动分析,如果换成CIS,您觉得结果会比TDDFT差劲很多吗?

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发表于 Post on 2021-5-17 21:28:36 | 只看该作者 Only view this author
bxu764 发表于 2021-5-17 10:24
请问Sob,我的目的仅仅是获得激发态的结构和做振动分析,如果换成CIS,您觉得结果会比TDDFT差劲很多吗?

CIS结果不可信。
或者你可以等1~2个月,等ORCA 5.0发布,ORCA 5.0支持CPCM激发态结构优化
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-17 23:13:16 | 只看该作者 Only view this author
bxu764 发表于 2021-5-17 17:24
请问Sob,我的目的仅仅是获得激发态的结构和做振动分析,如果换成CIS,您觉得结果会比TDDFT差劲很多吗?

现在还用CIS肯定会被审稿人嫌弃
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发表于 Post on 2021-5-18 10:13:48 | 只看该作者 Only view this author

计算D1态,出现波长是负数

请问波长出现负数是什么原因?该如何解决

F4816ACE20FC411F53E5D399E2B1C53F.png (156.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

F4816ACE20FC411F53E5D399E2B1C53F.png

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发表于 Post on 2021-5-18 10:21:15 | 只看该作者 Only view this author
(1)图片质量太渣,至少应该用清晰的截图。不考虑回答者的感受。
(2)激发能为负这个问题,在此论坛上有大量帖子,里面都有详尽的交流,提问前应自己先搜索。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2021-5-18 10:44:44 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2021-5-18 12:11:28 | 只看该作者 Only view this author

你好,我用stable=opt做单点计算后的构型与我实际的构型不太一样

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-18 12:17:18 | 只看该作者 Only view this author
py1122 发表于 2021-5-18 12:11
你好,我用stable=opt做单点计算后的构型与我实际的构型不太一样

stable=opt又不改变构型,输入文件里是什么构型就是什么构型
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发表于 Post on 2021-5-18 23:11:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,对于用簇模型模拟无机晶体表面这个问题,对于钙钛矿这种无机晶体结构,除了考虑边界问题,再选择5个原子层厚度后,在做限制性优化时是 保证上表面3层放开其他层数固定 还是 保持底部得有3层固定呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-19 02:47:10 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-5-18 23:11
sob老师好,对于用簇模型模拟无机晶体表面这个问题,对于钙钛矿这种无机晶体结构,除了考虑边界问题,再选 ...

上表面3层放开其他层数固定
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