计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

38

帖子

1

威望

649

eV
积分
707

Level 4 (黑子)

13231#
发表于 Post on 2021-5-26 19:37:36 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-26 18:55
建议在网上或者结构化学课本里找一些群论的内容来看。研究这种高对称性分子需要懂一些群论。

谢谢你的建议,后面我会找些资料补充一下基础知识

1万

帖子

0

威望

9892

eV
积分
22140

Level 6 (一方通行)

13232#
发表于 Post on 2021-5-26 20:39:34 | 只看该作者 Only view this author
作业抄 发表于 2021-5-26 12:37
那我把电子改成负的是不是就可以了

那叫把电荷改成负的,不是电子
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

38

帖子

1

威望

649

eV
积分
707

Level 4 (黑子)

13233#
发表于 Post on 2021-5-26 20:58:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-26 20:39
那叫把电荷改成负的,不是电子

脑子瓦特了,谢谢

147

帖子

0

威望

523

eV
积分
670

Level 4 (黑子)

13234#
发表于 Post on 2021-5-26 23:34:43 | 只看该作者 Only view this author
您好,老师,想问一下如果想在超算中心用molclus做构象搜索的话,是需要联系超算中心帮忙安装吗?还是有没有程序代码之类的可以自己直接使用啊?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

13235#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-27 00:39:42 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-5-26 23:34
您好,老师,想问一下如果想在超算中心用molclus做构象搜索的话,是需要联系超算中心帮忙安装吗?还是有没有程 ...

超算的事我不清楚,我从来不用超算算东西
看看此贴http://bbs.keinsci.com/thread-15598-1-1.html,或者问问此帖的作者
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

13236#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-27 00:44:52 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2021-5-26 16:34
老师您好,我想在centos7.6系统中按您的教程安装molpro2010,运行./configure正常完成,但进行make -j是报 ...

你的软件环境和我文中的明显不同
光从你贴的报错上看无法判断原因,再往前面看看
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

13237#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-27 04:43:00 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2021-5-26 16:35
Sob老师说赝势基组推荐lanl2TZ,但在高斯16的官网上怎么没找见lanl2TZ基组,只有L ...

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
在线基组和赝势数据库一览
http://sobereva.com/309http://bbs.keinsci.com/thread-2081-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

78

帖子

0

威望

257

eV
积分
335

Level 3 能力者

13238#
发表于 Post on 2021-5-27 13:45:12 | 只看该作者 Only view this author
计算到中间突然出现错误,结束了。请问这是怎么了?错误提示如下:
Number            989           993           997           998
Base           436523        456523        456723         40478
End            456523        456723        457229         40678
End1           456523        456723        457229         40678
Wr Pntr        436523        456523        456723         40478
Rd Pntr        436523        456523        456723         40678
Length          20000           200           506           200


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            40448
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         40448
Rd Pntr         40448
Length          25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

1万

帖子

0

威望

9892

eV
积分
22140

Level 6 (一方通行)

13239#
发表于 Post on 2021-5-27 20:08:22 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2021-5-27 06:45
计算到中间突然出现错误,结束了。请问这是怎么了?错误提示如下:
Number            989           993  ...

高斯出现这种报错的情况下,你贴的这些都没有任何信息含量,需要把更之前的几十行也贴上来,确保包括了第一行提示报错的信息,这样我们才能分析。如果看不懂哪一行是第一行报错,就上传整个输出文件。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

13240#
发表于 Post on 2021-5-27 21:35:50 | 只看该作者 Only view this author
sob老师打扰了,两个自由基结合在一起,如何计算entropic barrier in the free energy profile

24

帖子

0

威望

550

eV
积分
574

Level 4 (黑子)

13241#
发表于 Post on 2021-5-27 22:11:15 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好!绘制跃迁密度矩阵TDM图的时候,对于不同的分子,但是色度条范围相差很大,要对比跃迁特征的区别时,右侧色度条刻度需要统一吗?

ab4aef2894b933f2b07df7aeced8668.png (30.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

ab4aef2894b933f2b07df7aeced8668.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

13242#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-27 22:43:41 | 只看该作者 Only view this author
狄拉克自带buff 发表于 2021-5-27 22:11
sob老师,您好!绘制跃迁密度矩阵TDM图的时候,对于不同的分子,但是色度条范围相差很大,要对比跃迁特征的 ...

本帖1L已经写明了,Multiwfn问题要发到专门的帖子里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

13243#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-27 22:45:31 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2021-5-27 13:45
计算到中间突然出现错误,结束了。请问这是怎么了?错误提示如下:
Number            989           993  ...

提问Gaussian问题的注意事项;Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

13244#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-27 22:49:10 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-5-27 21:35
sob老师打扰了,两个自由基结合在一起,如何计算entropic barrier in the free energy profile

如果有电子能垒,计算IRC,对各个点计算熵
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

78

帖子

0

威望

257

eV
积分
335

Level 3 能力者

13245#
发表于 Post on 2021-5-28 08:51:00 | 只看该作者 Only view this author
各位计算过程中意外中断,请问这是怎么了?log文件提示内容如下,完整内容参考附件,谢谢!
Guess basis will be translated and rotated to current coordinates.
CkInt1:  FT= 7.47D-02
Max alpha theta= 13.930 degrees.
Operation on file out of range.
FileIO: IOper= 1 IFilNo(1)=  -526 Len=      185760 IPos=           0 Q=   46999640839496


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    95 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =    65725952 FType=2 FMxFil=10000

Number              0             0             0             0             0             0
Base         10643288       9272832       8960512      10545664       9054720        269824
End          10643456       9333248       8961024      10549760       9058816        270848
End1         10643456       9333248       8961024      10549760       9058816        270848
Wr Pntr      10643288       9271808       8960512      10545664       9054720        269824
Rd Pntr      10643288       9271808       8960512      10545664       9054720        269824
Length            168         60416           512          4096          4096          1024

error.rtf

22.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 01:06 , Processed in 0.182442 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list