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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-25 00:28:37 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2021-5-24 21:19
用B3LYP/6-311++G**算丙炔和丙二烯,丙炔的能量竟然比丙二烯高2 kcal/mol。请问是什么原因?输出文件见附件 ...

起码拿M06-2X/def2-TZVP说事

看此贴
坚持使用B3LYP算有机体系的人的下场
http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html
当前基组选用不理想,仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

通常这么小体系直接上CCSD(T)/cc-pVTZ,追求精度的话外推到CCSD(T)/CBS
谈谈能量的基组外推
http://sobereva.com/172

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-25 00:32:28 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-5-24 21:21
请教各位老师 溶剂分子质子化是不需要能量吗(吉布斯能变为0),我看在计算质子在某个溶剂中溶解自由能都是 ...

当然会造成能量的改变
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-5-26 09:33:00 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,我想算一下在溶剂里的LUMO和HOMO,但是我用的溶剂高斯里没有,我看网上有人编写成这样,但是我尝试后是一直l1报错,说语法有问题,请问哪里有问题,谢谢!如果我换成软件里有的溶剂的话是没有问题的,像water、THF。

202105260932119166..png (10.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

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发表于 Post on 2021-5-26 09:50:21 | 只看该作者 Only view this author
作业抄 发表于 2021-5-26 09:33
请问一下,我想算一下在溶剂里的LUMO和HOMO,但是我用的溶剂高斯里没有,我看网上有人编写成这样,但是我尝 ...

6-31G没有极化函数绝对不能接受,算出来结果现在没有意义。看卢老师博文《谈谈量子化学中基组的选择》 http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html。几何优化通常不需要SMD模型,SMD模型容易几何优化不收敛或者有小的虚频。看卢老师博文《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html。SMD的主要改进是考虑了溶剂的非极性部分,这绝不是一个静电常数就能描述的。直接用默认的PCM模型即可,此时只需定义介电常数。都是没有的溶剂了,写solvent=显然不行,删掉即可。SCRF只留下Read一个选项。

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发表于 Post on 2021-5-26 15:34:14 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-5-26 09:50
6-31G没有极化函数绝对不能接受,算出来结果现在没有意义。看卢老师博文《谈谈量子化学中基组的选择》 ht ...

谢谢,尝试了下你说的设置,但是没有收敛,最后又加了个nosymm才可以,请问这样算出来的结果可以用吗?

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发表于 Post on 2021-5-26 16:22:04 | 只看该作者 Only view this author
作业抄 发表于 2021-5-26 08:34
谢谢,尝试了下你说的设置,但是没有收敛,最后又加了个nosymm才可以,请问这样算出来的结果可以用吗?

首先你确定你要算的是PF6正离子吗?按常理PF6正离子应该不存在,只有负离子是有意义的
如果你确定你就是要算[PF6]+而不是[PF6]-,那就没问题(且不论这个计算是否有意义)
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-5-26 16:23:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2021-5-26 19:50 编辑
作业抄 发表于 2021-5-26 15:34
谢谢,尝试了下你说的设置,但是没有收敛,最后又加了个nosymm才可以,请问这样算出来的结果可以用吗?

如果优化到了相同结构,加不加NoSymmetry在接受数值误差的前提下,对结果通常没有影响。你是优化到了Oh点群么?

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发表于 Post on 2021-5-26 16:34:38 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我想在centos7.6系统中按您的教程安装molpro2010,运行./configure正常完成,但进行make -j是报错,想请问一下这个报错信息怎么解决

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发表于 Post on 2021-5-26 16:35:17 | 只看该作者 Only view this author

G16没找见lanl2TZ基组?

Sob老师说赝势基组推荐lanl2TZ,但在高斯16的官网上怎么没找见lanl2TZ基组,只有LanL2MB和LanL2DZ,是我找的地方不对么?

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发表于 Post on 2021-5-26 16:38:05 | 只看该作者 Only view this author
高斯没有内置,你需要去BSE基组库上 下载基组数据,自行贴进输入文件。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2021-5-26 17:00:30 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-26 16:22
首先你确定你要算的是PF6正离子吗?按常理PF6正离子应该不存在,只有负离子是有意义的
如果你确定你就是 ...

我想算的是阴离子,电池电解液中的阴离子,那按照你这么说的话,我得到的结果是可以用的对吧

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发表于 Post on 2021-5-26 17:04:42 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-5-26 16:23
如果优化到了相同结构,加不加NoSymmetry在接受数值误差的前提下,对结果通常没有差别。你是优化到了Oh点 ...

不好意思,我这是刚接触高斯,不知道你说的Oh点群是啥,不过优化的是同一结构,就是最开始提问的PF6阴离子

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发表于 Post on 2021-5-26 18:54:37 | 只看该作者 Only view this author
作业抄 发表于 2021-5-26 10:00
我想算的是阴离子,电池电解液中的阴离子,那按照你这么说的话,我得到的结果是可以用的对吧

阴离子=负离子,阳离子=正离子。
你设的电荷是1,代表+1,说明你算的是[PF6]+。你应该算[PF6]-。现在的结果不能用,因为算的根本就不是你想算的东西。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-5-26 18:55:42 | 只看该作者 Only view this author
作业抄 发表于 2021-5-26 10:04
不好意思,我这是刚接触高斯,不知道你说的Oh点群是啥,不过优化的是同一结构,就是最开始提问的PF6 ...

建议在网上或者结构化学课本里找一些群论的内容来看。研究这种高对称性分子需要懂一些群论。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-5-26 19:37:00 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-26 18:54
阴离子=负离子,阳离子=正离子。
你设的电荷是1,代表+1,说明你算的是+。你应该算-。现在的结果不能用 ...

那我把电子改成负的是不是就可以了

本版积分规则 Credits rule

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