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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-3 06:57:53 | 只看该作者 Only view this author
ycl1111 发表于 2021-6-2 11:16
老师你好,我想计算草酸晶体中分子之间的间距和形成的孔洞大小,可以用gaussian模拟计算吗?有相关的文献可 ...
根本就不是Gaussian干的

使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html
片段间最近距离用Multiwfn主功能100的子功能21,输入dist,再定义两个片段
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发表于 Post on 2021-6-3 16:09:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-27 00:44
你的软件环境和我文中的明显不同
光从你贴的报错上看无法判断原因,再往前面看看

谢谢老师,这个服务器的环境我也不是很清楚,我还是按您的教程装gamess来学VSCF吧,gamess是成功安装了的,谢谢老师的回复。

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发表于 Post on 2021-6-3 17:32:39 | 只看该作者 Only view this author
请问一下老师,优化出来的结构怎么判断精度已经达到要求了呢?如果使用几种不同的基组优化出来的结构都基本一致,要怎么判断基组是否合适?是能量越低的越好吗?

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发表于 Post on 2021-6-3 17:39:46 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-6-3 10:32
请问一下老师,优化出来的结构怎么判断精度已经达到要求了呢?如果使用几种不同的基组优化出来的结构都基本 ...

一般来说,只要基组没有unbalanced的问题,那么基组越大越好(基本等价于能量越低越好)。但是也要结合计算资源来看,如果你用最大的基组优化结构需要的时间太长了,同时又知道一个小一些的基组优化出来的结果和这个大基组差不多,那么可以考虑用那个小一些的基组。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-4 06:05:01 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2021-6-3 16:09
谢谢老师,这个服务器的环境我也不是很清楚,我还是按您的教程装gamess来学VSCF吧,gamess是成功安装了的 ...

大多数情况下,用VSCF还不如用Gaussian里的GVPT2结果好
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-4 06:07:21 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-6-3 17:32
请问一下老师,优化出来的结构怎么判断精度已经达到要求了呢?如果使用几种不同的基组优化出来的结构都基本 ...

凭对理论方法的适用性和基组质量的理解很容易就能判断什么级别合适。一般来说完全没必要测试不同基组,这通常都是缺乏基组常识的人才去做的浪费时间的事情。

对于普通体系的优化,用个适合的泛函,结合3-zeta档次的基组做优化就够了,比如搭配def-TZVP、def2-TZVP(-f)对于一般体系足矣
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发表于 Post on 2021-6-4 11:39:35 | 只看该作者 Only view this author
请问一下老师,我想用Dalton计算一个分子二聚体的SOC,这个二聚体的结构是直接从单晶里摘出来的,我想的得到一个.fchk文件以便从Multiwfn中转换出Dalton的输入文件,那么我现在应该写一个什么样的输入文件呢? 像“#p b3lyp/6-31g(d,p) td(singlets,root=1,nstates=7)”这样的行吗?

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发表于 Post on 2021-6-4 11:40:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-4 06:05
大多数情况下,用VSCF还不如用Gaussian里的GVPT2结果好

谢谢老师,关于GVPT2的关键词我在高斯官网上看了一部分,还有一些额外的关键词没有看懂。用高斯计算得到了分子的2倍的倍频和合频,想再请问一下老师,GVPT2有没有什么关键词可以计算得到分子2倍以上,比如三倍的倍频的数据。谢谢老师。

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发表于 Post on 2021-6-4 11:43:47 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-6-3 04:16
晶体文件直接用Multiwfn就能算

晶体文件是怎么算的,直接用Multiwfn算出来的吗?还是可以从别的地方下载的。

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发表于 Post on 2021-6-4 11:48:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-3 06:57
根本就不是Gaussian干的

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老师你好,你发的链接我看了,发现并没有如何得到草酸晶体文件的方法。请问这个草酸晶体的文件是怎么算出来的?

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发表于 Post on 2021-6-4 14:47:19 | 只看该作者 Only view this author
ycl1111 发表于 2021-6-4 04:43
晶体文件是怎么算的,直接用Multiwfn算出来的吗?还是可以从别的地方下载的。

他的意思是晶体文件拿过来可以用Multiwfn算孔洞大小之类的,不是说Multiwfn能从头算出来一个晶体结构。
晶体结构当然要到CCDC之类的晶体学数据库下载。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-6-4 14:48:29 | 只看该作者 Only view this author
ycl1111 发表于 2021-6-4 04:48
老师你好,你发的链接我看了,发现并没有如何得到草酸晶体文件的方法。请问这个草酸晶体的文件是怎么算出 ...

建议你先去搜一下量化软件能干什么、不能干什么
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-6-4 15:18:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-3 17:39
一般来说,只要基组没有unbalanced的问题,那么基组越大越好(基本等价于能量越低越好)。但是也要结合计 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-6-4 15:21:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-4 06:07
凭对理论方法的适用性和基组质量的理解很容易就能判断什么级别合适。一般来说完全没必要测试不同基组,这 ...

谢谢老师,能问下您,有综合介绍基组方面的书吗?还是需要单独去看文献之类的?

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发表于 Post on 2021-6-4 16:03:14 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-6-4 08:21
谢谢老师,能问下您,有综合介绍基组方面的书吗?还是需要单独去看文献之类的?

sob老师的这篇博文可以看一下
http://sobereva.com/336
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