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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-5-20 08:41:04 | 只看该作者 Only view this author

优化一直不收敛,试过各种方法了

本帖最后由 最瘦二师兄 于 2016-5-25 15:42 编辑

我做的一直不收敛,已经按着sob老师的帖子里http://sobereva.com/164#opennewwindow试过方法3,4了,依然不行,求大神帮忙指导,谢谢大家

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-20 15:17:14 | 只看该作者 Only view this author
最瘦二师兄 发表于 2016-5-20 08:41
我做的一直不收敛,已经按着sob老师的帖子里http://sobereva.com/164#opennewwindow试过方法3,4了,依然不 ...

1-25、1-24明明已经收敛了啊,都正常结束了。用的解决不收敛的关键词也正是我博文里提到的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-5-20 19:51:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-20 15:17
1-25、1-24明明已经收敛了啊,都正常结束了。用的解决不收敛的关键词也正是我博文里提到的。

老师 我这不是还有一个no吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-20 23:01:54 | 只看该作者 Only view this author
最瘦二师兄 发表于 2016-5-20 19:51
老师 我这不是还有一个no吗


NO就NO,高斯已经认为收敛了。只要受力小于收敛限100倍,位移不收敛也当成收敛,这种判断标准对于柔性大体系来说是合理的。
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发表于 Post on 2016-5-21 05:38:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-20 23:01
NO就NO,高斯已经认为收敛了。只要受力小于收敛限100倍,位移不收敛也当成收敛,这种判断标准对于柔性 ...

明白了 谢谢老师

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发表于 Post on 2016-5-21 22:39:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2016-5-21 23:13 编辑

sob老师,有个问题想请教一下您
在优化中,我想固定1,4,12三个原子的键角为180度,于是在关键词中加入opt=modredundant和nosymm,在分子描述后空一行写上A 1 4 12 180.000000
但是优化后发现这个键角还是变了。
请问这是为什么呀?
后来又用内坐标法,后面写成1 4 12 F,但是计算出错,原因是
User requested angle      1      4     12 is too close to linear.
Error in added angle.

请问有什么更好的办法可以把键角固定吗?
谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-22 01:56:32 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-21 22:39
sob老师,有个问题想请教一下您
在优化中,我想固定1,4,12三个原子的键角为180度,于是在关键词中加入opt= ...


那你尝试用opt=z-matrix这么限制键角


如果还不行,那就只能靠利用虚原子写内坐标避免出现键角接近于或等于180度的情况
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发表于 Post on 2016-5-22 10:10:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-22 01:56
那你尝试用opt=z-matrix这么限制键角

谢谢老师,太感谢您了。

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发表于 Post on 2016-5-22 20:18:31 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,在用NBO分析一个络合物分子时,发现一个键与另一个键的反键轨道有作用(二阶微扰,非配位键),使能量降低。请问如何将这两个NBO轨道波函数画在一个图里以便看到其重叠的部分呢?这样是不是可以进一步说明两个键之间的作用呢?
谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-22 23:09:21 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-22 20:18
Sob老师,在用NBO分析一个络合物分子时,发现一个键与另一个键的反键轨道有作用(二阶微扰,非配位键),使 ...

按此文操作
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
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发表于 Post on 2016-5-23 08:29:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2016-5-23 10:43 编辑
sobereva 发表于 2016-5-22 23:09
按此文操作
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134

谢谢老师,是用了第二个等值面,show sel isosur
Multiwfn好强大!


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发表于 Post on 2016-5-23 10:35:04 | 只看该作者 Only view this author

g09 L120错误

Error termination via Lnk1e in /home/zhangjl/g09B01/l120.exe
这个错误是什么原因呀?
怎么解决?
两个文件分别是输入和输出文件
麻烦帮忙看看,非常感谢!

2-M2-4L-2.gjf

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2-M2-4L-2.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-23 15:55:46 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-23 10:35
Error termination via Lnk1e in /home/zhangjl/g09B01/l120.exe
这个错误是什么原因呀?
怎么解决?

这么点体系还分成三层实在太糟糕
maxcycle=1000、noeigentest完全无意义
你都不给low层指定原子电荷,与其这样,远不如把M、L层都用PM6,只分两层
要是我来搞这个体系,而且所有原子必须保留的话,肯定先用MOPAC2016做PM7优化
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发表于 Post on 2016-5-23 16:49:57 | 只看该作者 Only view this author

初入计算化学领域,求有心人解答

如图,我想模仿文献用Orca采用B3LYP/6-311G(**)计算homo,lumo和bandgap。请问6-311G后的两个**是什么意思?如何利用可视化软件Avogadro生成Orca的input文件?求有心人解答,谢谢!!

[YJ2)CKM235W6F3EK9F{}2V.png (19.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

[YJ2)CKM235W6F3EK9F{}2V.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-23 17:13:00 | 只看该作者 Only view this author
pengfull 发表于 2016-5-23 16:49
如图,我想模仿文献用Orca采用B3LYP/6-311G(**)计算homo,lumo和bandgap。请问6-311G后的两个**是什么意思? ...


**就是给重原子和轻原子都加一层极化函数
对于算gap的目的,其实没必要用3-zeta基组,orca里建议用def2SVP,gap算出来不会有什么差异,而且def2SVP有对应的密度拟合基组,在orca里效率比6-311G**高得多得多。
没必要借助avogadro,就用gview产生坐标,然后照着手册里的说明写关键词就行了。
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