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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-5-23 20:09:40 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,怎么在Gaussian09中计算单点能,是在工作类型中选择energy 还是opt+freq?

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发表于 Post on 2016-5-23 20:40:30 | 只看该作者 Only view this author
大道之行 发表于 2016-5-23 20:09
请问老师,怎么在Gaussian09中计算单点能,是在工作类型中选择energy 还是opt+freq?

energy
(-_-)最近的问题越来越简单了

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发表于 Post on 2016-5-24 10:17:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-23 15:55
这么点体系还分成三层实在太糟糕
maxcycle=1000、noeigentest完全无意义
你都不给low层指定原子电荷, ...

是单独优化好low层,再指定low层的电荷吗?

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发表于 Post on 2016-5-24 10:28:46 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-5-23 20:40
energy
(-_-)最近的问题越来越简单了

好的,非常谢谢老师,我就是不太确定

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发表于 Post on 2016-5-24 13:14:18 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我在优化完一个络合物的结构之后,发展其中的一个-OH中的H与另一个片段中的O离得比较近,怀疑存在氢键作用,请问通过哪些方法可以证明氢键的形成以及稳定性呢?(比如距离,NBO轨道重叠,二阶微扰等等)

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-24 15:52:29 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-24 10:17
是单独优化好low层,再指定low层的电荷吗?

否。
low层就用半经验就完了,不用指定电荷。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-24 15:53:41 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-24 13:14
Sob老师,我在优化完一个络合物的结构之后,发展其中的一个-OH中的H与另一个片段中的O离得比较近,怀疑存在 ...

Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-5-24 19:54:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-24 15:53
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

谢谢老师

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发表于 Post on 2016-5-24 21:35:03 | 只看该作者 Only view this author
sob老师:
         您好!今天在群里请教您问题,但是还是不太理解。老师我计算了一个配合物,它有很多轨道alfa和beta分的很开,如何找到单电子轨道,如何用
基于alpha和beta轨道重叠来计算双自由特征?希望老师您帮着看看。我把out文件和chk文件放到附件中(违反论坛规则,希望老师能够原谅)

双自由基.rar

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-24 22:31:21 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-5-24 21:35
sob老师:
         您好!今天在群里请教您问题,但是还是不太理解。老师我计算了一个配合物,它有很多轨 ...

你这个体系略复杂,用轨道对来计算双自由基并不怎么合适。按博文里尝试通过UNO占据数来算。
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发表于 Post on 2016-5-24 23:03:23 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师在百忙之中给予回复

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sobereva 发表于 2016-5-24 15:52
否。
low层就用半经验就完了,不用指定电荷。

老师,体系分两层的话,low层能否用PM6?这样的话是不是不用指定原子电荷?
之前我一开始low层用的是uff,是不是必须指定电荷?如果要指定电荷,是用量化方法单独优化low层,再计算low层的电荷,还是用量化方法全部优化High和low层,再计算High和low层的电荷?量化方法用什么方法优化比较好,老师推荐个方法?

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发表于 Post on 2016-5-25 09:59:24 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,Windows版的G09 D01在windows server2012中安装,不能运行,初次运行时显示l101.exe出现错误,连分子的坐标都无法读取。难道是G09 D01和服务器系统不兼容吗,求老师解答。

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发表于 Post on 2016-5-25 15:17:30 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,我想把Gaussian输入文件的Z坐标固定,该怎么办,是用冻结原子坐标(Geom=ReadFreeze)这个命令吗?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-25 15:23:47 | 只看该作者 Only view this author
zhoufan88 发表于 2016-5-25 09:59
请问老师,Windows版的G09 D01在windows server2012中安装,不能运行,初次运行时显示l101.exe出现错误,连 ...

按理说不应该不兼容。没具体信息不好说。
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