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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-7-21 21:08:15 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2021-7-21 13:05
谢谢老师,也就是说,如果复合物比较稳定,这就成了一个两步反应,不再是基元反应了对吧。

即使复合物不稳定,这也不是基元反应,只不过可以当作基元反应来算k而已
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-7-22 09:56:40 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-21 21:08
即使复合物不稳定,这也不是基元反应,只不过可以当作基元反应来算k而已

老师我有点迷糊了,如果复合物不稳定的话,不就是两个分子直接碰撞生成产物吗?

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发表于 Post on 2021-7-22 14:52:23 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2021-7-22 02:56
老师我有点迷糊了,如果复合物不稳定的话,不就是两个分子直接碰撞生成产物吗?

不稳定和不存在是两码事。
如果复合物不稳定但是存在,那就意味着复合物的平衡浓度远小于反应物浓度,但是两个反应物可能还是需要先生成复合物才能往后走。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-7-22 15:45:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-22 14:52
不稳定和不存在是两码事。
如果复合物不稳定但是存在,那就意味着复合物的平衡浓度远小于反应物浓度,但 ...

对对,谢谢老师,是我想岔了。

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发表于 Post on 2021-7-22 23:14:42 | 只看该作者 Only view this author
请问各位,QM/MM指的是怎么的一种计算方法。相比于单一的QM,有何好处?一般都有哪些具体的应用实例(gaussian+xtb算一种不,不知这样理解QM/MM对不)?

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发表于 Post on 2021-7-22 23:55:56 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2021-7-22 16:14
请问各位,QM/MM指的是怎么的一种计算方法。相比于单一的QM,有何好处?一般都有哪些具体的应用实例(gaussi ...

https://en.wikipedia.org/wiki/QM/MM
这种问题一搜到处都是
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-23 03:42:46 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2021-7-22 23:14
请问各位,QM/MM指的是怎么的一种计算方法。相比于单一的QM,有何好处?一般都有哪些具体的应用实例(gaussi ...

gaussian+xtb和使用单一的GFN-xTB方法是一码事

QM/MM是怎么回事,属于Google一搜就唾手可得答案的问题
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发表于 Post on 2021-7-23 16:57:22 | 只看该作者 Only view this author

基组和方法选择

准备优化这类结构,之前看老师介绍过用B3LYP-D3(BJ)这个方法比较好,想知道我这个体系基组选择有什么推荐,需要加弥散吗。导师推荐用6-6-311++G(d,p),我之前加弥散算的很慢,希望各位大神支招

B2-AlCH3.gjf

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发表于 Post on 2021-7-23 17:22:33 | 只看该作者 Only view this author
不用加弥散,因为没有明显带负电的原子。
另外你的初始结构里两个分子离得太近了,容易不收敛,建议拉远一些。此外似乎少画了一个氢原子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-23 18:53:39 | 只看该作者 Only view this author
卢生206 发表于 2021-7-23 16:57
准备优化这类结构,之前看老师介绍过用B3LYP-D3(BJ)这个方法比较好,想知道我这个体系基组选择有什么推荐, ...

仔细看下文自然清楚
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

此体系用6-311++G(d,p)是极度典型的乱加弥散的情况
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发表于 Post on 2021-7-24 10:52:56 | 只看该作者 Only view this author

寻找过渡态

各位老师大家好!我利用柔性扫描到能量最高点,且对该固定扫描的单点结构做频率分析,振动模式显示是我想要的过渡态模式。然而在我放开优化的时候总是找不到正确的过渡态。期间我换了M062x/def2svp,缩小了步长(iop(1/8=1)),calcall也试过,均没有得到正确的结果,请各位老师的帮助

Find TS.rar

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发表于 Post on 2021-7-24 13:55:09 | 只看该作者 Only view this author
确定结构没画错?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-24 19:08:35 | 只看该作者 Only view this author
ananbaby2309 发表于 2021-7-24 10:52
各位老师大家好!我利用柔性扫描到能量最高点,且对该固定扫描的单点结构做频率分析,振动模式显示是我想要 ...

先确保结构合理性。C35怎么会乌突突在那里
PS:算当前任务没有丝毫理由加弥散,纯粹白浪费时间
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发表于 Post on 2021-7-26 16:54:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-24 19:08
先确保结构合理性。C35怎么会乌突突在那里
PS:算当前任务没有丝毫理由加弥散,纯粹白浪费时间

好的,谢谢您

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发表于 Post on 2021-7-29 08:14:11 | 只看该作者 Only view this author

优化分子出现l502报错,如何应对

各位大佬:
       最近优化一个结构出现l502报错,我不太会处理,请大佬们指点。
        谢谢大佬!

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