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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-5 22:45:01 | 只看该作者 Only view this author
北风18 发表于 2021-8-5 21:20
身在一个没有计算的课题组,自己想整一个计算,太难了

谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-5 22:47:19 | 只看该作者 Only view this author
yqqcjj 发表于 2021-8-5 14:55
想问一下提交优化任务,输出文件的结果一直是这个Operation on file out of range.是初始结构给的不合理还 ...

没完整输出文件没法判断
输出文件压缩后上传
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发表于 Post on 2021-8-6 10:17:25 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian报错|L101: Unknown center

我在优化完两个分子,计算两个分子之间的弱相互作用能使用BSSE校正时出现以下错误信息:
Unknown center ▒▒▒▒
Error termination via Lnk1e in /opt/opt/test/program/g16/l101.exe at Fri Aug  6 09:35:12 2021.

具体gif文件和错误信息截图已上传~

202108061014233391..png (42.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

错误信息

错误信息

cpt-water-binding.gjf

3.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-6 10:30:03 | 只看该作者 Only view this author
suxiao 发表于 2021-8-6 10:17
我在优化完两个分子,计算两个分子之间的弱相互作用能使用BSSE校正时出现以下错误信息:
Unknown center &# ...

去掉geom=connectivity
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发表于 Post on 2021-8-7 11:21:43 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,有几个问题想请教您一下:
1. stable计算结果显示The wavefunction has an internal instability,是表明当前体系自旋数是相邻中最低的,但是波函数并不是最稳定状态吗?
2. 从已收敛(4个yes,虚频唯一且方向正确)的过渡态结果中提取结构进行stable计算,发现结果显示internal instability,是否说明当前结果不可信?或者应该是连波函数一起读取,再跑stable计算吗?
3. 接上个问题,如果结果不可信,正确的方法是先用stable=opt找到稳定的波函数,再读取该波函数再次进行过渡态计算吗?
4. 对于一个可能发生势能面交叉的反应过程,例如O3经催化反应生成一个表面O和一个O2,这个O2可能是基态氧气分子,或者单线态氧1O2。那对产物进行stable计算时,似乎相邻势能面存在能量更低电子态就是很正常的,因为基态氧气的能量自然比单线态氧更低。这种情况下,应该如何理解stable结果呢?
谢谢老师!
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发表于 Post on 2021-8-7 15:20:13 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2021-8-7 04:21
Sob老师,有几个问题想请教您一下:
1. stable计算结果显示The wavefunction has an internal instability ...

1. 只代表波函数不稳定,和自旋没关系,当前计算的能量可能比其他自旋多重度的能量高,也可能低
2. 应该读取波函数再做stable计算
3. 如果读取波函数做stable以后仍然不稳定,那么需要stable=opt再优化过渡态
4. 原则上,如果一个不稳定波函数对应一个已知的激发态,那么这个波函数还是有一定物理意义的。但是具体到你这个情况,这个反应用单参考态方法不可能准确描述,应该考虑改用多参考态方法
Zikuan Wang
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BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-8-7 17:56:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-7 15:20
1. 只代表波函数不稳定,和自旋没关系,当前计算的能量可能比其他自旋多重度的能量高,也可能低
2. 应该 ...

非常感谢您的耐心解答!但关于最后一点您提到的“多参考态方法”,由于我的水平有限没能理解清楚。
能否请您再稍微展开讲讲,或是举个简单的例子,对于这样的反应,怎样的研究方法才是更加合理的呢?麻烦您了。
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发表于 Post on 2021-8-7 21:59:39 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2021-8-7 10:56
非常感谢您的耐心解答!但关于最后一点您提到的“多参考态方法”,由于我的水平有限没能理解清楚。
能否 ...

比如用CASPT2、NEVPT2等方法

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Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-8-8 16:13:56 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问一个体系,实验上测出它整体的荧光发光是由两个基团共同作用,并且分别得到了两个基团的荧光光谱。请问可以用高斯程序对两个部分分别计算出荧光光谱进行比对吗?

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发表于 Post on 2021-8-8 16:37:04 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2021-8-8 09:13
Sob老师,请问一个体系,实验上测出它整体的荧光发光是由两个基团共同作用,并且分别得到了两个基团的荧光 ...

当且仅当两个基团离得足够远的时候可以
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-8-8 17:02:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-8 16:37
当且仅当两个基团离得足够远的时候可以

请问如何让同一个结构下两个基团离的足够远呢?怎么计算呢?

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发表于 Post on 2021-8-8 17:45:51 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2021-8-8 10:02
请问如何让同一个结构下两个基团离的足够远呢?怎么计算呢?

这个不是你“让”两个基团足够远的问题,如果这个分子的最稳定构象里面两个基团很近(大概隔3个键或者两个基团有直接的范德华接触,可以算很近),那就必须一起算,你不能人为把两个基团拉远,拉远就不是真实体系了。
仔细看:
http://sobereva.com/314
http://sobereva.com/522 (看第4部分)
把这两篇文章充分理解,吃透了,就知道怎么算了。注意这两篇文章字面上没有直接解决你的问题,只有充分理解以后才能知道怎么算
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-8-9 09:16:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-8 17:45
这个不是你“让”两个基团足够远的问题,如果这个分子的最稳定构象里面两个基团很近(大概隔3个键或者两 ...

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2021-8-9 11:37:56 | 只看该作者 Only view this author
使用gaussian进行SBL-eda计算,使用g09e和g09b两个版本,计算结果都是:
ET=11984.627253 EV=************ EJ= 7804.306989 EK= -442.479568 ENuc= 2655.408175

A=0 I=   1 IExCor=  402 IRadAn=       4 ScaHFX=  0.200000
            ScaDFX=  0.800000  0.720000  1.000000  0.810000
HFx=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000
DFx=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000
DFc=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000
            ENTVJ=************ Ex= -440.767355 Ec=  -11.334147 ETotM2e=****************  ETot=****************
Leave Link  608 at Mon Aug 09 11:30:18 2021, MaxMem=   33554432 cpu:      28.0

如何解决。

输入文件如下:
%nprocshared=6
%mem=32GB
#p m062x/6-311G* int=ultrafine ExtraLinks=L608  

Template file

0 1
  Ga     -0.58748       -0.02397        0.00183
  Br     -1.12356        1.41059       -1.76659
  Br     -1.01564       -2.29347       -0.36741
  Br     -1.09707        0.77015        2.14215
  As      1.91058        0.05025       -0.00375
  C       2.63441        1.83293        0.28374
  H       3.72268        1.80658        0.27139
  H       2.27726        2.19728        1.24490
  H       2.26435        2.48446       -0.50539
  C       2.70480       -0.55425       -1.67352
  H       2.33445        0.07790       -2.47809
  H       2.38993       -1.58057       -1.85151
  H       3.79060       -0.49734       -1.61875
  C       2.72684       -1.05517        1.37329
  H       2.37132       -0.71310        2.34319
  H       2.41022       -2.08476        1.21896
  H       3.81195       -0.98292        1.32292

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-9 18:42:40 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2021-8-9 11:37
使用gaussian进行SBL-eda计算,使用g09e和g09b两个版本,计算结果都是:
ET=11984.627253 EV=************ ...

应该是有好几个重原子,导致能量数值的数量级太大,在预留的输出位数中显示不下所致
可以对Ga、Br、As用赝势基组,诸如Lan08(d),这样能量数量级会减小很多
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