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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-16 15:48:50 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2021-7-15 16:25
我想计算这个苯并噻吩环的环应变能,于是做了如图的拆解,每个分子都在M062X/6-31G*的级别下进行了结构 ...

我不清楚你说的应变能具体怎么定义的,也不知道为什么这么设计
反正单点用6-31G*绝对不能接受。这样的体系单点起码也得M06-2X/def2-TZVP
另外,乍看上去,左边的环被打开了,一定程度消除了内部斥力,能量降低了也不奇怪
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发表于 Post on 2021-7-19 09:37:21 | 只看该作者 Only view this author
请问一下计算基组的选择,用甲基异丁基酮萃取水中苯酚,共有32个原子只有CHO三种元素,看文献中普遍用用高斯 B3LYP 6-311G++(d,p)优化、频率分析和相互作用能计算,但看http://sobereva.com/336,感觉不太合适,想问一下改为B3LYP 6-311Gd,p)*合适吗

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发表于 Post on 2021-7-19 11:50:21 | 只看该作者 Only view this author
reddy 发表于 2021-7-19 09:37
请问一下计算基组的选择,用甲基异丁基酮萃取水中苯酚,共有32个原子只有CHO三种元素,看文献中普遍用用高 ...

看卢老师博文《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”》 http://sobereva.com/413 。有氢键还是应该加上D3。文献的做法不好,不要效仿文献。另外几何优化和频率分析应该是同一级别,但是相互作用能应该更高。

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发表于 Post on 2021-7-19 17:36:09 | 只看该作者 Only view this author

赝势基组

如果我用赝势基组优化了分子结构,后期任何计算我都要用赝势基组吗?比如我想计算前线分子轨道和单点能计算。

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发表于 Post on 2021-7-19 17:41:17 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-7-19 11:50
看卢老师博文《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”》 http://sobereva.com/413 。有氢键还是应该 ...

谢谢您的耐心解答,我现在用的是下边这样的,就是不知道合不合适
优化和频率分析用#p opt freq rb3lyp/6-311g(d,p) scrf pop=nbo geom=connectivity em=gd3bj
相互作用能用#p rb3lyp/6-311g(d,p)*  geom=connectivity counterpoise=2

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发表于 Post on 2021-7-19 17:43:40 | 只看该作者 Only view this author
频率、IRC计算必须用,因为频率、IRC计算的级别必须和结构优化严格一致。
其他计算一般不用
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-7-19 17:48:08 | 只看该作者 Only view this author
reddy 发表于 2021-7-19 10:41
谢谢您的耐心解答,我现在用的是下边这样的,就是不知道合不合适
优化和频率分析用#p opt freq rb3lyp/6 ...

相互作用能也应该加色散校正。另外必须加溶剂模型,因为你研究的是液相萃取,不是气相复合物,相比之下counterpoise都可以不加
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-7-19 18:28:05 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-19 17:48
相互作用能也应该加色散校正。另外必须加溶剂模型,因为你研究的是液相萃取,不是气相复合物,相比之下co ...

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-19 21:34:42 | 只看该作者 Only view this author
lim 发表于 2021-7-19 17:36
如果我用赝势基组优化了分子结构,后期任何计算我都要用赝势基组吗?比如我想计算前线分子轨道和单点能计算 ...

以后发帖绝对不得用诸如“赝势基组”直接作为标题,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
下次违规直接删帖+扣分
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-19 21:36:23 | 只看该作者 Only view this author
reddy 发表于 2021-7-19 17:41
谢谢您的耐心解答,我现在用的是下边这样的,就是不知道合不合适
优化和频率分析用#p opt freq rb3lyp/6 ...

相互作用能的计算级别太烂
仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

B3LYP算弱相互作用能这种最最最最最最典型、最最最最最最需要加D3的情况居然不加,等着被审稿人批。13488L提到的我的博文已经写得没法更清楚了。
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发表于 Post on 2021-7-21 16:10:12 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我有一个关于反应速率计算的问题。
对于一个A+B的反应,根据过渡态理论得到反应速率常数后,可以通过k*[A][B]来计算反应速率。但是当该反应存在一个复合物时,应该用单分子反应速率公式计算其反应速率常数,得到单分子反应速率常数,计算该反应反应速率时还用k*[A][B]来计算,是不是不符合质量作用定律?

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发表于 Post on 2021-7-21 18:30:23 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2021-7-21 09:10
sob老师,我有一个关于反应速率计算的问题。
对于一个A+B的反应,根据过渡态理论得到反应速率常数后,可以 ...

首先,只有当复合物的Gibbs自由能低于A和B的Gibbs自由能之和时,才应该从复合物算,否则即使复合物存在,也应该从单体算。
其次,如果从复合物算,那么反应速率是k*[AB],其中AB是反应复合物。否则量纲都不对
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-7-21 20:05:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-21 18:30
首先,只有当复合物的Gibbs自由能低于A和B的Gibbs自由能之和时,才应该从复合物算,否则即使复合物存在, ...

谢谢老师,也就是说,如果复合物比较稳定,这就成了一个两步反应,不再是基元反应了对吧。

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发表于 Post on 2021-7-21 20:07:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-21 18:30
首先,只有当复合物的Gibbs自由能低于A和B的Gibbs自由能之和时,才应该从复合物算,否则即使复合物存在, ...

那对于这整个过程而言,一般决速步都是复合物到反应物这一个过程,我可不可以用这一步的k近似为整个反应的k,这样反应速率是不是就可以用k*[A][B]来算了。

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发表于 Post on 2021-7-21 21:06:58 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2021-7-21 13:07
那对于这整个过程而言,一般决速步都是复合物到反应物这一个过程,我可不可以用这一步的k近似为整个反应 ...

只有当复合物的Gibbs自由能比反应物低的时候才能这么做。否则决速步的k不等于总反应的k。参见DOI: 10.1021/ar1000956
Zikuan Wang
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