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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-7-14 20:10:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-14 18:12
直接摆
如果可能有多种可能的结合构型,并且想确保得到最稳定构型,应当用genmer+molclus做构型搜索
看 ...

谢谢老师,我去学习一下

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发表于 Post on 2021-7-14 20:15:13 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-14 17:43
你会构建单体吧?
在同一个gaussview窗口里构建两个单体,然后摆好两者的相对取向以及距离就行了

谢谢您的回复,我就感觉两者随意摆放是否有点不太靠谱,分子取向,距离,也不好控制。社长大人推荐genmer+molcus做构型搜索,我去学习一下!

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发表于 Post on 2021-7-14 21:22:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-14 15:51
不是,p代表极化

好的,谢谢老师!
始终相信生活美好,万物可爱!

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发表于 Post on 2021-7-14 21:24:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-14 16:05
def2tzv只是Gaussian里的关键词,并不存在这个基组

明白了,谢谢老sob老师!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-14 22:51:38 | 只看该作者 Only view this author
zzxxcc 发表于 2021-7-14 20:02
请问 用MS的小铅笔来画一个分子 在简单的连接后怎么判断画的这个分子的键长和键角是否正确 谢谢

这跟量化计算没直接关系,不是本帖回复的范畴。应当单独发帖问
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-7-14 23:03:02 | 只看该作者 Only view this author
dududu 发表于 2021-7-14 13:15
谢谢您的回复,我就感觉两者随意摆放是否有点不太靠谱,分子取向,距离,也不好控制。社长大人推荐genmer ...

对,在你相对比较确切地知道两者的相对取向和距离的时候,可以直接摆,不然还是要搜索
Zikuan Wang
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BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-7-15 08:35:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-14 22:51
这跟量化计算没直接关系,不是本帖回复的范畴。应当单独发帖问

好的 谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-7-15 09:01:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-14 16:20
有基本量化常识,照着定义就直接能算了
有什么不清楚的再具体问

谢谢sob老师,分子的原子化能是指气态的多原子分子的键全部断裂形成各组成元素的气态原子时所需要的能量。计算原子化能可先计算分子中各原子的单点能,并加和,再减去分子的单点能以及零点能。老师这是我百度的结果,原子化能是这样计算的吗?二价镍Cl-Ni-Cl配合物,原子化能=两个氯原子(doublet)加上镍原子(triplet)的单电能之后减去Cl-Ni-Cl(triplet)的单电能在减去Cl-Ni-Cl(triplet)的零点能这样对吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-15 12:31:24 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-7-15 09:01
谢谢sob老师,分子的原子化能是指气态的多原子分子的键全部断裂形成各组成元素的气态原子时所需要的能量 ...

百度就别在此论坛里提了,那么low且坑爹的东西没法上台面,和本论坛的讨论水准格格不入
必须把Google当搜索学术问题的默认的搜索引擎
为什么我极度鄙视和厌恶百毒
http://sobereva.com/450

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-15 12:36:31 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-7-15 09:01
谢谢sob老师,分子的原子化能是指气态的多原子分子的键全部断裂形成各组成元素的气态原子时所需要的能量 ...

算%TAEe[(T)]的目的,不需要考虑分子的ZPE
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发表于 Post on 2021-7-15 15:34:22 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,请问要计算一个反应的势能面,应该如何选择活化空间?是否能考虑反应的过渡态结构,然后根据过渡态结果的轨道图形来选择活化轨道?

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发表于 Post on 2021-7-15 16:25:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-14 18:12
交代清楚具体怎么算的,否则没法回答


我想计算这个苯并噻吩环的环应变能,于是做了如图的拆解,每个分子都在M062X/6-31G*的级别下进行了结构优化,在同样级别下进行了单点能的计算,将得到的能量结果与系数相乘,用式子后方的数值减去前方的数值的和得到的是负值

202107151626005012..png (19.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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发表于 Post on 2021-7-15 16:31:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-15 12:36
算%TAEe[(T)]的目的,不需要考虑分子的ZPE

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-7-15 17:12:49 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2021-7-15 08:34
Sob老师好,请问要计算一个反应的势能面,应该如何选择活化空间?是否能考虑反应的过渡态结构,然后根据过 ...

那个叫活性空间/活性轨道,不叫活化
可以以过渡态的轨道为主要参考依据,选完以后最好再看一下反应物和产物的轨道,确认你选的活性空间在反应物和产物里也把最重要的轨道都包括了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-7-15 19:53:55 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-15 17:12
那个叫活性空间/活性轨道,不叫活化
可以以过渡态的轨道为主要参考依据,选完以后最好再看一下反应物和 ...

好的,非常感谢。

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