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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-14 03:39:23 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-11-13 20:06
一直有个疑问,Gaussian里面经常有的一句话,是什么意思?能量提升后没有特别的动作?还能有什么动作吗?
...



有这几种应对SCF过程中能量出现上升的方式。默认没有启用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-14 03:45:38 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2021-11-13 17:41
谢谢sob老师。
服务器还有其他人跑任务,不能全部占用。
我之前没加溶剂和D3校正,大概跑了四天得到了 ...

普通泛函的opt任务花不少什么内存,和内存毫无联系

仔细看
硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397http://bbs.keinsci.com/thread-7478-1-1.html

当前问题和是否用隐式溶剂模型没明显关系,优化每一步的耗时撑死了也就差1/3(通常平均也就差20%),而D3根本不影响耗时。
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发表于 Post on 2021-11-14 18:53:37 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,今天用高斯09计算出OUT文件后。想用gview打开。结果显示unable to identify  computional model  没法识别整个模型。之前也没整个情况。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-15 02:48:49 | 只看该作者 Only view this author
supc 发表于 2021-11-14 18:53
老师您好,今天用高斯09计算出OUT文件后。想用gview打开。结果显示unable to identify  computional model  ...

可能是gview的bug。没输出文件没法判断。如果有chk,用chk文件代替
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发表于 Post on 2021-11-15 16:12:25 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我想问一下,我的上一个产物本来应该跟下一个反应物为同一物质,但是优化出来,一个C-O键长为1.53,另一个C-O键长为3.53,但是用M06-2X/def2SVP优化后,能量相差0.19Kj/mol,用把b3lyp/6-31+G*优化后能量相差3Kcal/mol,老师,这两个可以认为是同一种物质吗?

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发表于 Post on 2021-11-15 16:24:49 | 只看该作者 Only view this author
想请问一下老师,在做结构优化的时候,优化z超过最大步骤停止。但是尝试了增大步骤,和sob老师博文里方法,还是没有成功优化。能拜托老师帮忙看看是哪啊里除了问题吗?

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发表于 Post on 2021-11-15 18:19:28 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-11-15 09:12
老师,您好,我想问一下,我的上一个产物本来应该跟下一个反应物为同一物质,但是优化出来,一个C-O键长为1 ...

键长差这么多,为什么能量差这么少。。。确定没打错?
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-11-15 18:24:58 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-11-15 09:24
想请问一下老师,在做结构优化的时候,优化z超过最大步骤停止。但是尝试了增大步骤,和sob老师博文里方法, ...

(1)如果没有特殊情况,不要用笛卡尔坐标优化,尽量用内坐标优化
(2)6-311G必须加极化函数,这个问题和结构优化收敛问题倒是没有关系,但是不加极化函数的结果不可信,不能发表。6-31G至少加到(d),6-311G至少加到(d,p)
(3)初始结构不合理,O-C-O键角太小。建议去查一下文献(或者晶体数据库),看看那些和Zn2+螯合配位的羧酸根里面,O-C-O键角一般是多少,然后把初始结构里的键角调到那个值。
(4)Zn2+配位没有饱和,因此必须做显式溶剂化,用乙腈分子把Zn2+配饱和。
如果还不收敛,重新跑的时候以上一次优化任务的最后一帧为初始结构,换句话说应该继续优化而不是从头优化(当然如果上一个任务的最后一帧结构明显不合理那另说)
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-11-15 18:32:55 | 只看该作者 Only view this author
我在优化过渡态时,收敛到一个有两个虚频的结构,分别是-891和-817,振动模式都不是我要的,只是好奇这会是一个什么结构
一个虚频对应势能面上的一阶鞍点,两个虚频对应什么

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发表于 Post on 2021-11-15 19:21:58 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-11-15 18:32
我在优化过渡态时,收敛到一个有两个虚频的结构,分别是-891和-817,振动模式都不是我要的,只是好奇这会是 ...

二阶鞍点呗,比如环辛四烯是D2d点群,构象转换的过渡态一阶鞍点是D4h点群,D8h点群的结构就是二阶鞍点。

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发表于 Post on 2021-11-15 20:09:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-15 18:19
键长差这么多,为什么能量差这么少。。。确定没打错?

没有打错,老师,用M06-2X/def2SVP气相优化的能量一个是-1594.199068a.u.C-O键长为1.53一个是-1594.198994a.u.C-O键长为3.85.
用b3lyp/6-31+G*在三氟乙醇溶剂下优化得到能量一个为-1596.134974a.u.C-O键长为1.58一个为-1596.144277a.u.C-O键长为4.10.

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发表于 Post on 2021-11-15 20:27:58 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-11-15 13:09
没有打错,老师,用M06-2X/def2SVP气相优化的能量一个是-1594.199068a.u.C-O键长为1.53一个是-1594.19899 ...

那显然是两个物质,判断两个分子是不是同一个分子,结构一样和能量一样都是必要条件
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-11-15 20:56:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-13 01:05
MP2算这种体系是极差的选择,而且做freq非常耗时、耗硬盘、耗内存。强烈建议改成普通泛函,但凡要比普通 ...

老师,那我现在解决方法就是要加大内存吗?我们计算这些体系,一般都是用4,8,16GB,我现在已经用16GB计算的,还要继续加大内存吗?我怕服务器带动不起来啊

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发表于 Post on 2021-11-15 21:04:17 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-15 20:27
那显然是两个物质,判断两个分子是不是同一个分子,结构一样和能量一样都是必要条件

老师,那有没有一种情况是三氟乙醇的O负离子是游离状态,游离到哪里都有可能也可能接近并攻击中性有机化合物的C也有可能远离中性有机化合物的C?还是说明这两个物质之间一定存在一个过渡态?

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发表于 Post on 2021-11-15 21:08:53 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-11-15 19:21
二阶鞍点呗,比如环辛四烯是D2d点群,构象转换的过渡态一阶鞍点是D4h点群,D8h点群的结构就是二阶鞍点。

就是说两个虚频也可能是过渡态?

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