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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-11-18 16:52:52 | 只看该作者 Only view this author
archer 发表于 2021-11-18 09:44
请问ORCA单重态自旋极化应该如何设置?

用brokensym或flipspin
具体写法在手册里搜一下便知
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-11-18 17:36:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-18 16:52
用brokensym或flipspin
具体写法在手册里搜一下便知

你好,加上“UKS”关键词就和Gaussian里面加“U”一样吗?

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发表于 Post on 2021-11-18 18:37:51 | 只看该作者 Only view this author
archer 发表于 2021-11-18 10:36
你好,加上“UKS”关键词就和Gaussian里面加“U”一样吗?

对的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-11-18 21:05:39 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-18 16:20
读取波函数是guess=read。读取几何结构是geom=check,但是个人觉得手动复制结构比较保险一些。
以后这种 ...

多谢指导,确实没仔细研究过高斯官网的说明orz

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发表于 Post on 2021-11-19 01:11:36 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我的一位师弟(真的不是我本人。)在使用ORCA 4.2.1(不是最新的ORCA 5!)时因为失误将命令写成了如下形式:

! PBE0 D3BJ def2-TZVP def2/J opt NumFreq tightSCF noautostart

我有些好奇这样的命令究竟有没有执行RI、执行的是哪种RI,于是以小分子(H2O、CO2)为例,分别测试了下列命令的结果:

! PBE0 D3BJ def2-TZVP opt NumFreq tightSCF noautostart
! PBE0 D3BJ RIJONX def2-TZVP def2/J opt NumFreq tightSCF noautostart
! PBE0 D3BJ RIJCOSX def2-TZVP def2/J opt NumFreq tightSCF noautostart

计算所得能量和频率的对比结果似乎表明我师弟那个“失误”的命令与我测试的第一条命令等价,亦即那个“失误”的命令中的def2/J并未生效、计算在noRI下进行。想向老师们确认一下是否的确如此。谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-19 05:25:45 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2021-11-19 01:11
老师们好,我的一位师弟(真的不是我本人。)在使用ORCA 4.2.1(不是最新的ORCA 5!)时因为失误将命令写成 ...

是这样。根据我以前的笔记,此时输出文件里应该会有RI approximation not ON but aux-basis present的提示
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2021-11-19 09:55:23 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-11-12 20:28
Gaussian你拼错了。给的内存太小,>80GB再试。另外,最好晒出输入文件,以便大家确定你的自定义基组格式是 ...

老师,我们一般都用4核,8核,16核,计算这些体系,80核太大了吧,老师,现在怎么把输入文件给您呢?

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发表于 Post on 2021-11-19 09:55:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-19 05:25
是这样。根据我以前的笔记,此时输出文件里应该会有RI approximation not ON but aux-basis present的提 ...

多谢卢老师!有了您的确认我就可以放心地向他解释了。
不过我并未在! PBE0 D3BJ def2-TZVP def2/J opt NumFreq tightSCF noautostart的out文件中找到这个提示,可能是版本的问题罢。

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发表于 Post on 2021-11-19 10:03:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-11-19 10:04 编辑
15536365262 发表于 2021-11-19 09:55
老师,我们一般都用4核,8核,16核,计算这些体系,80核太大了吧,老师,现在怎么把输入文件给您呢?

我说的是内存80GB,你说成80核做啥 核数,内存 这二者总不至于分不清吧。

本论坛每个帖子里,每层楼都支持上传输入文件

自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2021-11-19 10:14:57 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-11-19 10:03
我说的是内存80GB,你说成80核做啥 核数,内存 这二者总不至于分不清吧。

本论坛每个帖子里,每层 ...

好的,老师。这是我的输入文件和输出文件,您看一看

1.log

25.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

1.gjf

6.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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发表于 Post on 2021-11-19 19:03:46 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,图中这个Schematic potential energy surfaces for the isomerization reaction pathways (in kcal/mol).的数据是各个分子的相对能量吗?

202111191903414940..png (161.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

202111191903414940..png

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发表于 Post on 2021-11-19 22:19:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-7 15:37
重新算一遍单点之后再转换再试

老师,我试了跑单点产生CHK后再用formchk XXX.gjf来转换fchk文件,可是单点任务正常结束后转换时还是同样报错,请问是什么原因呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-20 07:18:03 | 只看该作者 Only view this author
嘤嘤嘤 发表于 2021-11-19 22:19
老师,我试了跑单点产生CHK后再用formchk XXX.gjf来转换fchk文件,可是单点任务正常结束后转换时还是同样 ...

formchk后面怎么能跟着gjf
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落雁 发表于 2021-11-19 19:03
请问各位老师,图中这个Schematic potential energy surfaces for the isomerization reaction pathways (i ...

相对于最初反应物的能量
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15536365262 发表于 2021-11-19 10:14
好的,老师。这是我的输入文件和输出文件,您看一看

没事甭用MP2,自讨苦吃

该用什么、为什么不要用MP2仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

而且MP2结合这么大基组,平均每个核才给那么点内存,能跑完才怪

你现在还处于胡算瞎算的阶段

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