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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-11 17:25:00 | 只看该作者 Only view this author
GSIC 发表于 2021-11-11 13:03
谢谢sob老师,我准备用DSDPBEP86把之前的Pd46簇再算一下。计算环境是四个E5-2680 v4,总共56核,512G内存 ...

算这种体系,DSD-PBEP86不见得比普通泛函强,还不如用PBE0-D3(BJ)稳妥。而且双杂化泛函计算对基组要求比普通泛函明显高一档,用当前这种“下限”基组做双杂化计算根本没意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-11 17:27:52 | 只看该作者 Only view this author
zhining 发表于 2021-11-11 11:19
用MS自动生成的SiO2纳米球,半径为10A,投作业后直接显示l301错误。但是半径为5A的纳米球,用09算了1天多, ...

你的帖子问题过于初级,存在严重低级错误,我8个小时前已经把你的主贴合并到这个简单答疑问题专贴里了(14121#),居然你在六个小时之前又发了内容相同的主贴,还也不看我的回复(14122#)。这次又给你合并了一次。不要扰乱论坛秩序,以后再这样同一个帖子发两遍,直接删帖+记违规+扣分处理。新手过于初级的问题不要单独发主贴,免得降低论坛主贴平均讨论质量。
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发表于 Post on 2021-11-11 17:58:16 | 只看该作者 Only view this author
如果往某团簇的H2O配体位置上掺杂一个离子Br-,也就是溴离子Br-替代氧O,那么是不是体系整体又会带一个负电,另外模型的搭建是不是就是去掉H2O,加上一个Br原子,电荷下降一个价态(本来团簇整体带正价)

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发表于 Post on 2021-11-11 18:15:44 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-11-11 10:58
如果往某团簇的H2O配体位置上掺杂一个离子Br-,也就是溴离子Br-替代氧O,那么是不是体系整体又会带一个负电 ...

对,但是注意周围分子的取向会有很大变化,所以掺杂(话说掺杂这个词好像一般不会用于这种情况吧,是不是叫取代比较好)以后最好重新做构型搜索
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-11-11 18:36:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 din5g 于 2021-11-11 19:22 编辑
wzkchem5 发表于 2021-11-11 18:15
对,但是注意周围分子的取向会有很大变化,所以掺杂(话说掺杂这个词好像一般不会用于这种情况吧,是不是 ...

好的,多谢wzkchem5老师,我还有一个问题,需要在Br离子旁边保留一个H来维持体系的电荷吗?(这个是实验文献里的理论计算方面的做法)

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发表于 Post on 2021-11-11 18:37:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-11 17:22
1 分清楚波函数和几何结构。当前都没牵扯到结构的不同。另外,是光激发不是光电离,理应算激发态
2 是

好的,多谢sob老师

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发表于 Post on 2021-11-12 08:44:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-11 09:21
结构明显离谱,计算之前起码先凭借基本化学直觉检查一下结构有无意义
当前一堆硬伤,一堆Si、O就那么悬 ...

老师,谢谢。真的不好意思,因为是在MS直接导入的,初看结构没有问题,所以犯下了堪称愚蠢的错误。十分感谢

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发表于 Post on 2021-11-12 09:33:07 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-11 16:57
隐式溶剂模型考虑的是那些你没有显式画出来的水分子的影响,因为水溶剂里有无穷多个水分子,而你只能算有 ...

谢谢老师指导,明白了很多。我还有最后一个困惑,如果我相算水溶液中Fe3+分子和A的反应能。Fe3+周围有6个配位的水分子,最后6个水分子脱附了,那么这里Fe3+(H2O)6和(H2O)6在溶剂下的能量还准确吗?这种拟合配位环境的,结果应该可以用吧?有没有更好的处理方式呢?

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发表于 Post on 2021-11-12 13:54:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Alset 于 2021-11-12 13:57 编辑

老师们好,
我正使用高斯对MD模拟力场中的电荷进行校正,想就使用的泛函和基组请教大家一下,
涉及到的分子葫芦脲,含100个左右的原子,CNOH四种元素。
在一篇文献中作者使用了TPSS-D3/def2-TZVP级别的计算,他的描述如下:
The calculations were performed with the GROMACS package23 using the amber99SB force field24, 25 to treat the CB5 and noble gas atoms. The partial electrostatic
charges of the CB5 atoms were obtained by fitting of the electrostatic potential calculated by DFT with the def2-TZVP basis set for the geometry-optimised CB5 and the CB5-noble gas complexes (Supplementary Section 18). The standard Lennard-Jones parameters for “sp3 C”, “carbonyl O”, “N” and “H” of the amber99SB force field were used.
我打算采用B3LYP/6-311G** 加上RESP拟合静电势来进行计算,具体输入如下:
# opt b3lyp/6-311g(d,p) em=GD3BJ scrf=(iefpcm,solvent=water) geom=connectivity
有以下几个问题:
1.想请问下这样的方法和文献中的会不会有很大的区别?
2.对于这样较大的体系是否有别的基组泛函建议?
3.在计算超过180圈后仍未收敛,可以在optimization中看到能量曲线仍会出现小突起,想请问下可能的原因是什么?以及如何解决?C:\Users\LIN\Desktop\1.png

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发表于 Post on 2021-11-12 15:30:02 | 只看该作者 Only view this author
请问170个原子的体系,只含CHONP,高斯16寻找过渡态,内存和核心应该设置多少合适?

服务器 2*8273CL (28核,2.2G),内存12*16G
设置和关键词如下
%nprocshared=16
%mem=40GB
#p opt=(ts,calcall,noeigen) b3lyp/6-31g(d) em=GD3BJ scrf=(PCM,solvent=generic,read)
(之前尝试recalc=4,找出来的过渡态不对,所以直接上了calcall)

跑了两周了还没看到收敛的迹象...
请问需要多分配些内存吗?

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发表于 Post on 2021-11-12 15:33:50 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-11-11 11:36
好的,多谢wzkchem5老师,我还有一个问题,需要在Br离子旁边保留一个H来维持体系的电荷吗?(这个是实验 ...

如果是周期体系,确实需要加一个阳离子,因为周期性体系必须是中性的。但是这个阳离子一般加比较惰性的阳离子,比如Na+,而且也不要紧挨着Br-(因为NaBr是强电解质),除非团簇太小,不允许Na+和Br-分开。加H+仅限于你已知这个团簇是强酸性的时候才可以,而且要加H3O+而非H+,且尽量不要离Br-太近
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-11-12 16:30:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 din5g 于 2021-11-12 16:41 编辑
wzkchem5 发表于 2021-11-12 15:33
如果是周期体系,确实需要加一个阳离子,因为周期性体系必须是中性的。但是这个阳离子一般加比较惰性的阳 ...

好的,多谢wzkchem5老师,体系是实验合成的一个正价团簇,对于团簇那我就直接用Br离子取代H2O配体,然后把整体化合价下降一个价态。是这样子处理的吗

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发表于 Post on 2021-11-12 16:38:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 din5g 于 2021-11-12 16:40 编辑

关于对stable这个关键词的理解,都知道是检测波函数稳定性的,我想知道如果稳定是不是只能说明在当下自旋多重度下是合理的,但当前多重度不一定是能量最低的,得需要去测试。如果不稳定,显示本征不稳定是不是只能说明当前构型或者多重度有问题?

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发表于 Post on 2021-11-12 16:45:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-11-12 16:46 编辑
din5g 发表于 2021-11-12 16:38
关于对stable这个关键词的理解,都知道是检测波函数稳定性的,我想知道如果稳定是不是只能说明在当下自旋多 ...

没有“本征不稳定”这种说法,有“本征值为负”,“波函数不稳定”。如果有electronic Hessian(电子能量对轨道旋转矩阵元的二阶导数)的本征值为负,则意味着波函数不稳定。

“是不是只能说明当前构型或者多重度有问题”:否,不能说明。它仅仅说明你需要将波函数进一步优化至稳定。波函数不稳定 可以类比为 几何结构优化完成后有虚频,你要做的就是消虚频。
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发表于 Post on 2021-11-12 16:59:12 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-11-12 16:45
没有“本征不稳定”这种说法,有“本征值为负”,“波函数不稳定”。如果有electronic Hessian(电子能量 ...

好的,多谢zjxitcc老师,那是不是意味着拿到一个新构型都必须要做stable?

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