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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-11-9 11:02:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-8 18:14
因为有机体系的自旋一般比较倾向于配对。其实这个规律对于有机体系也并不是总是成立,比如CH2的基态就是 ...

原来如此,多谢老师

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发表于 Post on 2021-11-9 14:58:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-8 22:10
说清楚是单点还是优化、什么机子

注意看下文Q11

sob老师,我计算的体系大概100原子,是带有正负电荷,想DFT优化后使用RDG或IRI算下弱相互作用(π-π堆积,弱氢键之类),因为我们没买高斯,所以倾向于使用orca,有个24核的服务器,希望精度尽可能好。麻烦问一下,使用b3lyp-D3/6-311+G**计算可以吗?

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14103#
发表于 Post on 2021-11-9 17:20:16 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师,我是看文献中常用这两种泛函才这样用的,老师,我再认真看看

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14104#
发表于 Post on 2021-11-9 20:30:11 | 只看该作者 Only view this author

Berny optimization报错求解

报错求解~

Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle     1 -     2 -    19
Tors failed for dihedral     3 -     1 -     2 -    19
Tors failed for dihedral     4 -     1 -     2 -    19
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l103.exe at Tue Nov 09 20:20:51 2021.

输入文件:
%nprocshared=2
%mem=1500MB
%chk=C:\Users\tansh\Desktop\Li-DEC-+.chk
#p opt freq b3lyp/6-311++g(d,p) guess=mix

Li-DEC--+

1 1
C                -10.74148553    1.88013958   -0.21937140
O                -10.67409677    3.12680295   -0.06170163
O                -12.01381724    1.22765748   -0.23778713
O                 -9.55510840    1.12531842   -0.47947581
C                -11.86429744   -0.12129419    0.21262737
C                 -9.72473591   -0.21034935    0.00231056
C                -13.23450081   -0.82396723    0.19279505
C                 -8.44709899   -1.02323367   -0.27780187
H                -11.18791369   -0.64030361   -0.43392831
H                -11.47677831   -0.12341934    1.20998609
H                 -9.90982816   -0.18864064    1.05595642
H                -10.55427651   -0.66667755   -0.49621422
H                -13.12262236   -1.83332267    0.52981849
H                -13.91088456   -0.30495781    0.83935073
H                -13.62201994   -0.82184208   -0.80456367
H                 -8.57402308   -2.02264942    0.08269562
H                 -8.26200674   -1.04494238   -1.33144773
H                 -7.61755839   -0.56690548    0.22072291
Li               -10.47348517    3.85050098    1.67269052




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发表于 Post on 2021-11-9 21:47:01 | 只看该作者 Only view this author
原子排成直线了,关键词里加opt=cartesian

http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

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发表于 Post on 2021-11-9 22:21:30 | 只看该作者 Only view this author
请问无辐射跃迁速率是只能用momap算吗?还有别的量化软件可以计算这个嘛

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发表于 Post on 2021-11-9 23:39:11 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-11-9 02:09
意思是我算的那个水在水隐性溶剂下的吸附能结果完全用不了了吗?
能量分解分析这个方法好像也不太准啊, ...

对,你那样算出来的吸附能不对应任何实验可观测量
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-10 02:03:52 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2021-11-9 22:21
请问无辐射跃迁速率是只能用momap算吗?还有别的量化软件可以计算这个嘛

系间窜越用ORCA也可以算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-10 02:04:59 | 只看该作者 Only view this author
zhangguangxu 发表于 2021-11-9 14:58
sob老师,我计算的体系大概100原子,是带有正负电荷,想DFT优化后使用RDG或IRI算下弱相互作用(π-π堆积 ...

用ORCA的话我建议用B97-3c或者稍微更贵但也更好的r2SCAN-3c做优化
下文提到了
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
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发表于 Post on 2021-11-10 08:37:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-10 02:04
用ORCA的话我建议用B97-3c或者稍微更贵但也更好的r2SCAN-3c做优化
下文提到了
详谈Multiwfn产生ORCA量 ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-11-10 11:35:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-8 22:21
水溶剂下水的吸附能没有明确定义,因为你不管以什么方式往表面上加一个水分子,都会把一个已有的水分子挤 ...

实在不好意思,不是很明白,还要再次请教一下。
把表面上某个水分子单独分解出来,那么分解前后的构型都应该要优化才对,可是表面上吸附的水只有在催化剂活性位点处吸附能才够大,那么这样算出来的水分子的吸附能一定不是在活性位点上的,那结果还是不准确呀。
还有一个问题,气态下水的吸附强度会弱于水溶剂下水的吸附能吗?这个可以判断吗?

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发表于 Post on 2021-11-10 15:07:41 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师和各位老师好,目前准备绘制一个荧光发射光谱,按照Sob老师的博文中写的对S1态进行优化,但是得到的激发能是负的。又看到Sob老师的博文中写这种情况是由于波函数不稳定导致的,利用stable=opt找到稳定的波函数然后再去做激发态计算就可以解决。现在想问一下各位老师,这里做稳定性计算,是针对之前计算出来的基态结构进行,还是针对之前计算出来的S1态结构进行的?还有一个问题就是,实验中相似结构的几种配合物,有些发射光谱是一个峰的,有些是两个峰的,其中一个峰的我现在理解就是直接用S1的激发能和振子强度去画,不知道两个峰的荧光发射谱应该怎么画出,是再优化其他激发态的结构,然后和S1的荧光发射谱两个图拼在一起吗?

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发表于 Post on 2021-11-10 16:55:19 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-11-10 04:35
实在不好意思,不是很明白,还要再次请教一下。
把表面上某个水分子单独分解出来,那么分解前后的构型都 ...

对,但是靠能量分解做出来的吸附能起码还是有定性参考价值的,而隐式溶剂模型下的吸附能只反映了隐式溶剂模型本身的好坏。你可以这样想,如果隐式溶剂模型是精确的,那么吸附能精确等于0,因为加不加水分子都对应的是同一个体系。所以你其实是在一个粗糙的结果,和一个根本就不对应你要算的那个量(因而连粗糙都谈不上)的结果之间选择。
因为水溶剂里水的吸附能没有严格定义,所以必须选择一个定义以后,才能判断
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-11-10 16:59:35 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2021-11-10 08:07
Sob老师和各位老师好,目前准备绘制一个荧光发射光谱,按照Sob老师的博文中写的对S1态进行优化,但是得到的 ...

针对S1结构进行,找到稳定波函数以后,以稳定波函数为初猜,继续优化,优化收敛以后再做稳定性分析,以此类推,直到找到一个结构优化收敛、波函数也稳定、也没有虚频的结构为止。
荧光有两个峰有几种可能的解释:(1)S1态有不止一个稳定结构;(2)这个体系是反Kasha规则的,存在S2或更高态的发光;(3)看到的两个峰其实是同一个电子能级跃迁的不同振动能级。(1)可以通过构象搜索解决,(3)可以通过计算振动耦合光谱解决,(2)最麻烦,需要把涉及S0、S1、S2乃至T1、T2等的所有辐射速率常数、非辐射速率常数都算出来,证明S2到S0发光的量子产率不可忽略
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-11-10 17:34:22 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-10 16:59
针对S1结构进行,找到稳定波函数以后,以稳定波函数为初猜,继续优化,优化收敛以后再做稳定性分析,以此 ...

好的收到,谢谢老师解答,我再去理解一下

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