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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-11-12 17:00:44 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-11-12 09:30
好的,多谢wzkchem5老师,体系是实验合成的一个正价团簇,对于团簇那我就直接用Br离子取代H2O配体,然后 ...

对,可以
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-11-12 17:02:29 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-11-12 09:38
关于对stable这个关键词的理解,都知道是检测波函数稳定性的,我想知道如果稳定是不是只能说明在当下自旋多 ...

对,不稳定说明这个波函数不是当前构型、当前多重度下的稳定波函数。此外即便stable检测结果是稳定的,也只意味着当前波函数(在当前构型、当前多重度下)是局域稳定的,而不一定说明是全局最优的
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-11-12 17:04:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-11-12 17:07 编辑
din5g 发表于 2021-11-12 16:59
好的,多谢zjxitcc老师,那是不是意味着拿到一个新构型都必须要做stable?

原则上是,但出于耗时原因,闭壳层有机体系一般不检查波函数稳定性(往往就1个SCF解,且是稳定的解);双核过渡金属一定要检测波函数稳定性(因为存在多个SCF解,有时不止1个稳定解)。
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发表于 Post on 2021-11-12 17:06:13 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-12 17:02
对,不稳定说明这个波函数不是当前构型、当前多重度下的稳定波函数。此外即便stable检测结果是稳定的,也 ...

好的,多谢wzkchem5老师

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发表于 Post on 2021-11-12 20:23:02 | 只看该作者 Only view this author

在gaussian 计算时log文件没有报错也没有正常结束怎么解决?

本帖最后由 15536365262 于 2021-11-12 20:24 编辑

在gaussion 优化三体结构时,log文件出现这种情况要怎么办呢?

1.log

24.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

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发表于 Post on 2021-11-12 20:28:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-11-12 21:16 编辑

Gaussian你拼错了。给的内存太小,>80GB再试。另外,最好晒出输入文件,以便大家确定你的自定义基组格式是正确的。
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发表于 Post on 2021-11-13 00:08:46 | 只看该作者 Only view this author
请教一下,结构相同的簇,得电子或失电子后,与原结构热力学稳定性的比较,有没有合适的方法?这里不考虑超原子模型。在关于内嵌原子笼簇体系的一篇review中,通篇都用homo-lumo gap去衡量簇的结构稳定性,这个合适吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-13 01:05:51 | 只看该作者 Only view this author
15536365262 发表于 2021-11-12 20:23
在gaussion 优化三体结构时,log文件出现这种情况要怎么办呢?

MP2算这种体系是极差的选择,而且做freq非常耗时、耗硬盘、耗内存。强烈建议改成普通泛函,但凡要比普通泛函更好的精度也应当用双杂化泛函。
直接导致当前问题的最大可能是内存给得不够
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-13 01:12:24 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2021-11-12 15:30
请问170个原子的体系,只含CHONP,高斯16寻找过渡态,内存和核心应该设置多少合适?

服务器 2*8273CL (2 ...

内存给180GB,给56核
能不能收敛跟内存毫无联系

监控优化轨迹、受力和位移变化,弄清楚是震荡了,还是根本没往像过渡态的结构走,对于后者重新调整初猜
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-13 01:14:59 | 只看该作者 Only view this author
Scarlett-ww 发表于 2021-11-13 00:08
请教一下,结构相同的簇,得电子或失电子后,与原结构热力学稳定性的比较,有没有合适的方法?这里不考虑超 ...

计算各种可能的解离路径里的最低势垒,或者跑很多次动力学模拟,考察出现解离的平均时间

光拿HOMO-LUMO gap说事通常是很不靠谱的。往往是作者想说明稳定性,但又不想以如上方式严格去计算来证明这一点,就按照“惯例”凑合拿几乎是免费的HOMO-LUMO gap讨论讨论,是否真的有意义、合理,作者心里其实可能也没数。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-13 01:20:14 | 只看该作者 Only view this author
Alset 发表于 2021-11-12 13:54
老师们好,
我正使用高斯对MD模拟力场中的电荷进行校正,想就使用的泛函和基组请教大家一下,
涉及到的分 ...

1、2 优化可以用这个级别,但是最好之后用def2-TZVP算个单点,由于静电势会描述得更准确,原理上RESP电荷的质量会有不可忽视的提升
3 量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
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发表于 Post on 2021-11-13 09:15:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-13 01:20
1、2 优化可以用这个级别,但是最好之后用def2-TZVP算个单点,由于静电势会描述得更准确,原理上RESP电荷 ...

好的老师,非常感谢您!

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发表于 Post on 2021-11-13 17:41:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-13 01:12
内存给180GB,给56核
能不能收敛跟内存毫无联系

谢谢sob老师。
服务器还有其他人跑任务,不能全部占用。
我之前没加溶剂和D3校正,大概跑了四天得到了正确的过渡态,以这个结构为初猜加上溶剂和D3,同样参数重新跑了一遍,感觉有点太慢了,所以想问问这个170个原子的结构给40G内存是不是太少了?看优化轨迹倒是没有震荡,结构也还算合理,就是受力和位移一直降不下来。

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发表于 Post on 2021-11-13 20:06:40 | 只看该作者 Only view this author
一直有个疑问,Gaussian里面经常有的一句话,是什么意思?能量提升后没有特别的动作?还能有什么动作吗?

No special actions if energy rises.

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发表于 Post on 2021-11-13 20:47:54 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-11-13 13:06
一直有个疑问,Gaussian里面经常有的一句话,是什么意思?能量提升后没有特别的动作?还能有什么动作吗?
...

理论上讲,第N步能量如果上升,程序可以考虑从第N-1步开始重做SCF,并且把damp、vshift等增加,这样反复尝试直至能量降低为止,这样好处是能量收敛比较平稳,坏处是计算时间增加。但是我不知道输入文件写什么关键词会导致高斯这么做
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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