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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-11-15 21:28:12 | 只看该作者 Only view this author
15536365262 发表于 2021-11-15 20:56
老师,那我现在解决方法就是要加大内存吗?我们计算这些体系,一般都是用4,8,16GB,我现在已经用16GB计算 ...

卢老师不是都说了么,不要用MP2。审稿人如果有这方面常识,一定会质疑你为什么要用精度不咋地又慢的MP2。看卢老师博文《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html和《各种后HF方法精度简单横测》http://bbs.keinsci.com/thread-6005-1-1.html

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发表于 Post on 2021-11-15 21:28:55 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-11-15 21:08
就是说两个虚频也可能是过渡态?

我没这么说,也不知道你为什么会给出这个“总结”。

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发表于 Post on 2021-11-15 21:32:31 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-11-15 21:28
我没这么说,也不知道你为什么会给出这个“总结”。

那二阶鞍点在计算中有什么作用吗?

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发表于 Post on 2021-11-15 22:11:09 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-11-15 14:08
就是说两个虚频也可能是过渡态?

只有一阶鞍点是过渡态,二阶鞍点不是过渡态。不加定语的鞍点视语境而定可能囊括了任意阶的鞍点,也可能专指一阶鞍点。所以不要因为有人说鞍点是过渡态,就认为二阶鞍点也是过渡态
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-11-15 22:13:47 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-11-15 14:04
老师,那有没有一种情况是三氟乙醇的O负离子是游离状态,游离到哪里都有可能也可能接近并攻击中性有机化 ...

如果两个原子种类、数目,以及电荷、自旋多重度都相同的体系A和B,两者的结构优化都收敛了,且都没有虚频,那么两者之间一定存在过渡态,这是数学上保证的。只不过这个过渡态有时候不一定好找,且有时候可能不止一个过渡态
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-11-15 22:17:38 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-11-15 14:32
那二阶鞍点在计算中有什么作用吗?

作用很有限。在定性讨论二阶Jahn-Teller效应等场合有一定作用,除此之外我觉得没啥用
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-11-15 23:14:50 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-15 22:13
如果两个原子种类、数目,以及电荷、自旋多重度都相同的体系A和B,两者的结构优化都收敛了,且都没有虚频 ...

好的,谢谢老师,我再找找吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-16 01:12:55 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-11-15 21:08
就是说两个虚频也可能是过渡态?

过渡态是一阶鞍点
二阶鞍点没有太大化学意义,不叫过渡态
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-16 02:37:15 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-11-15 19:21
二阶鞍点呗,比如环辛四烯是D2d点群,构象转换的过渡态一阶鞍点是D4h点群,D8h点群的结构就是二阶鞍点。

至少在CASSCF(8,8)下,D8h结构不是二阶鞍点。因为D4h的破坏平面的虚频振动方向,在D8h下势能面曲率就为正了,如图所示:



我也实际用CASSCF(8,8)/6-31G*验算了一下,对D8h结构优化,结果还是D8h,并且唯一的虚频是长短键交替变化的方向

Gaussian输出文件: D8h.rar (34.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

下面这种是实实在在的二阶鞍点


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发表于 Post on 2021-11-16 09:10:46 | 只看该作者 Only view this author
请问想做小分子封装在MOF中的相关模拟,用Gaussian和MOF的cif可以达到这种效果吗

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发表于 Post on 2021-11-16 09:17:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-16 02:37
至少在CASSCF(8,8)下,D8h结构不是二阶鞍点。因为D4h的破坏平面的虚频振动方向,在D8h下势能面曲率就为正 ...

对不起,谢谢老师指正,是我弄错了。

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发表于 Post on 2021-11-16 15:41:47 | 只看该作者 Only view this author
何相逢 发表于 2021-11-16 02:10
请问想做小分子封装在MOF中的相关模拟,用Gaussian和MOF的cif可以达到这种效果吗

你要做动力学吗?如果涉及动力学,建议用ORCA或CP2K,如果涉及post-SCF计算建议用ORCA,否则高斯应该还可以
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-11-16 17:15:09 | 只看该作者 Only view this author
请问一下这个报错是什么问题,网上搜了一下没有找到,任务是优化过渡态

202111161714116507..png (29.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

202111161714116507..png

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发表于 Post on 2021-11-16 17:49:34 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-11-16 10:15
请问一下这个报错是什么问题,网上搜了一下没有找到,任务是优化过渡态

GetGes的Ges就是guess的意思
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-11-16 18:24:03 | 只看该作者 Only view this author
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