简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

嘤嘤嘤

sobereva 发表于 2021-11-20 07:18
formchk后面怎么能跟着gjf

不好意思老师，我写错了。是.chk

嘤嘤嘤

sobereva 发表于 2021-11-20 07:18
formchk后面怎么能跟着gjf

老师，我试着换一台服务器算，还是出现了这样的问题

落雁

sobereva 发表于 2021-11-20 07:18
相对于最初反应物的能量

好的谢谢老师

@future

各位前辈，打扰了。近期采用B3LYP-GD3/6-31+(d,p)优化小分子时（因后续计算弱相互作用，因此加了色散矫正），出现虚频情况，尝试了以下几种方式还是没有解决：
          (1) opt=tight int=ultrafine;(2) opt=calcall;(3) 在优化后的结构上，打破对称性。
因此，向各位前辈求助解决方法，输入文件如下。

输入文件如下：
%mem=10GB
%nprocshared=4
%chk=pcresolof.chk
#p opt freq b3lyp/6-31+g(d,p) em=gd3bj

pcresolof.chk

0 1
C                  0.71450000    0.41250000    0.00000000
C                  0.71450000   -0.41250000    0.00000000
C                  0.00000000   -0.82500000    0.00000000
C                 -0.71450000   -0.41250000    0.00000000
C                 -0.71450000    0.41250000    0.00000000
C                  0.00000000    0.82500000    0.00000000
O                  1.42890000    0.82500000    0.00000000
C                 -1.42890000   -0.82500000    0.00000000
H                  1.64114247   -0.94750815    0.00000000
H                  0.00000000   -1.89500000    0.00000000
H                 -1.64114247    0.94750815    0.00000000
H                  0.00000000    1.89500000    0.00000000
H                  1.25343920    1.76882917    0.00000000
H                 -2.24221513   -0.12971697    0.00000000
H                 -1.48555452   -1.44016144   -0.87365134
H                 -1.48555452   -1.44016144    0.87365134

wudiazhu

C-C键长哪有这么小的，才0.8A？

@future

wudiazhu 发表于 2021-11-21 11:58
C-C键长哪有这么小的，才0.8A？

老师，我是直接利用Gview中已有模型画的，然后提交

sobereva

@future 发表于 2021-11-21 12:17
老师，我是直接利用Gview中已有模型画的，然后提交

高中生都能看出来结构是离谱的，算这个毫无意义

@future

sobereva 发表于 2021-11-21 12:31
高中生都能看出来结构是离谱的，算这个毫无意义

老师，那我修改一下结构吧，还是需要优化

偶遇龙猫

老师，我看有从文章中引用色散校正自定义的内容，但是我有一个疑问，仅对于B3LYP的色散校正，Gauuss16或Gauss09中内置的D3参数和文献中给出的D3参数是完全一样的吗？因为我看有的支持文献里是引用的其他文献里的校正值。还是所有的B3LYP-D3BJ都是一样的标准？

wzkchem5

@future 发表于 2021-11-21 06:33
老师，那我修改一下结构吧，还是需要优化

建议查一下常见化学键的键长，以及常见的化学键之间所成的键角，比如https://web.archive.org/web/2007 ... ct/c120/bondel.html。把这些数都背下来，只要背两位有效数字即可，比如C-C单键你不需要知道是154pm，但是至少得背到150pm。以后画出来结构，先逐一量键长、键角，确保和你背的数目差别不大，再优化。

@future

wzkchem5 发表于 2021-11-21 15:41
建议查一下常见化学键的键长，以及常见的化学键之间所成的键角，比如https://web.archive.org/web/200712 ...

谢谢老师指点，记住了！

@future

wzkchem5 发表于 2021-11-21 15:41
建议查一下常见化学键的键长，以及常见的化学键之间所成的键角，比如https://web.archive.org/web/200712 ...

老师好，再打扰您一下，您分享这个链接打不开，可以再分享一下么？

din5g

在光催化反应计算中，涉及空穴的反应需要在激发态上（或者体系加一个正电荷）进行计算，反应式中不涉及空穴和电子的反应需要在激发态上计算吗

snljty

偶遇龙猫 发表于 2021-11-21 13:40
老师，我看有从文章中引用色散校正自定义的内容，但是我有一个疑问，仅对于B3LYP的色散校正，Gauuss16或Gau ...

参考卢老师博文《谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题》http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html

要注意不同程序，哪怕相同的程序的不同版本，用的D3参数也有可能不同。参数比较混乱的典型是B2PLYP，这个泛函总共有4套D3参数：
(1)在Grimme的2010年DFT-D3的原文的表4中，B2PLYP的DFT-D3零阻尼参数是S6=0.5，Sr,6=1.332，S8=1.000
(2)在Grimme的PWPB95-D3的原文J. Chem. Theor. Comput., 7, 291 (2011)中，作者重新拟合了B2PLYP的DFT-D3零阻尼参数，由表3可见参数为S6=0.64，Sr,6=1.427，S8=1.022
(3)在Grimme的专门对比零阻尼和BJ阻尼形式的文章J. Comput. Chem., 32, 1456 (2011)的表2中，B2PLYP的DFT-D3(BJ)参数为S6=0.5，S8=1.0860，a1=0.3451，a2=4.7735
(4)在Grimme的GMTKN30测试集文章Phys. Chem. Chem. Phys.,13, 6670 (2011)的表S1中，B2PLYP的DFT-D3(BJ)参数为S6=0.64，S8=0.9147，a1=0.3065，a2=5.0570
可见哪怕同一种阻尼函数都有两套参数，发表年份还这么接近，不导致不同程序出现分歧才怪，所以互相对比时要看清楚输出信息中有无提示具体参数、看看手册里的参数引的哪篇文章。在Gaussian中，B2PLYP加DFT-D3(BJ)校正有两种写法，一个是B2PLYPD3，一个是B2PLYP em=GD3BJ，然而在G09中这两种写法的色散校正值结果不同，估计就是因为用的D3(BJ)参数不同所致，但手册里却没提。而在G16中这两种写法的结果则变得统一了，都等于G09中B2PLYPD3的写法，此时用的参数对应的是上面的(4)。

B3LYP最好自己查一下

偶遇龙猫

snljty 发表于 2021-11-21 20:26
参考卢老师博文《谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题》http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.ht ...

非常感谢。我明白了。