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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-24 18:38:54 | 只看该作者 Only view this author
Pamela 发表于 2021-11-24 15:06
请问GAUSS VIEW中打开的.log文件如何转化为ATK打开的.cif文件?

没法直接转化,本来Gaussian通常是算孤立体系的,没有晶胞信息。

而且cif和ATK没有任何直接联系。cif是通用的记录晶体结构的格式。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-11-25 22:30:33 | 只看该作者 Only view this author
请问有脚本可以批量用Multiwfn将高斯的输入gjf文件转换为Orca的输入文件吗?

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发表于 Post on 2021-11-26 09:17:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-18 05:23
这么多金属原子的团簇,def2-TZVP优化起来太慢
用lanl2DZ优化就基本够了,如果要求更高可以用SDD
如果 ...

sob sensei
听老师说的,换成lanl2DZ之后可以收敛并且进行结构优化了m(_ _)m 目前如下
#P rpbe1pbe/genecp EmpiricalDispersion=GD3BJ opt=modredundant freq
不过在吸附一个氢分子的时候,氢原子间的键长增大到0.8A后结构就一直在震荡,氢分子距离Pd1.7A
不像各种论文里的那样氢分子在结构优化过程中会分裂成单独的氢原子吸附在Pd表面。
单独吸附一个氢原子的时候先算闭壳层再算开壳层同样不能收敛,现在尝试直接参考论文把两个氢原子放在对称的吸附位置上,尝试结构优化。


2. 共同研究的公司的同事在算ZnO表面的吸附时会把吸附分子摆的特别近然后结构优化时吸附分子会先远离再趋于稳定,这样不怎么会遇到震荡的问题。
老师觉得这样算是可以的吗?我是会担心我这种多电子的体系摆的近不利于计算,而且看不到气相开始的吸附过程。orz

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-26 10:59:53 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2021-11-25 22:30
请问有脚本可以批量用Multiwfn将高斯的输入gjf文件转换为Orca的输入文件吗?

看下面文章,举一反三即可
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html

但不可能把Gaussian的关键词转成ORCA,只能把坐标从gjf传过去。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-26 11:06:21 | 只看该作者 Only view this author
GSIC 发表于 2021-11-26 09:17
sob sensei
听老师说的,换成lanl2DZ之后可以收敛并且进行结构优化了m(_ _)m 目前如下
#P rpbe1pbe/gen ...

我不知道你原先怎么摆的。如果H2摆得太远,可能优化得到的是物理吸附状态,H2分子一直维持着
如果要研究的是化学吸附,Pd导致H2解离,那就是应该摆得比较近
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发表于 Post on 2021-11-26 11:18:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-24 18:38
没法直接转化,本来Gaussian通常是算孤立体系的,没有晶胞信息。

而且cif和ATK没有任何直接联系。cif ...

好的,谢谢社长

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发表于 Post on 2021-11-26 14:10:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-26 10:59
看下面文章,举一反三即可
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/49 ...

谢谢sob老师,已经写好了~

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发表于 Post on 2021-11-26 16:01:24 | 只看该作者 Only view this author
我在优化过渡态,想在优化之后继续算IRC,GJF是这样写的,但是每次都是IRC第一个点就不收敛,连续20次失败,程序结束。之后我把优化后的结果提取出来,用calcfc重新算又能正常收敛,这是什么问题
Pic1

Pic2

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发表于 Post on 2021-11-27 15:18:03 | 只看该作者 Only view this author

求助:Gaussian 2070报错

本帖最后由 924555681 于 2021-11-27 20:42 编辑

用Gaussian09W计算S1态时出现2070报错,请问各位老师该如何解决?(前边我把整个.out文件传上去了)
JX 0.out (125.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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发表于 Post on 2021-11-27 16:32:54 | 只看该作者 Only view this author
windows版Gaussian出错都是这样报错的。想看具体报错,用文本打开out或者log文件。在文本最后查看具体报错

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发表于 Post on 2021-11-27 16:36:39 | 只看该作者 Only view this author
高斯常识:2070这个报错号没有任何信息。必须看输出文件才能判断原因。
先对着http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html一个一个检查,如果检查完了仍然不知道原因,上传完整输入输出文件,我们看
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-27 17:29:15 | 只看该作者 Only view this author
924555681 发表于 2021-11-27 15:18
用Gaussian09W计算S1态时出现2070报错,请问各位老师该如何解决?

提问Gaussian问题的注意事项;Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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发表于 Post on 2021-11-27 17:30:17 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我用您教程的IFCT方法分析磷光发射过程的电子转移,最后显示结果与实际情况(lumo homo图上)相反,电子转移数值是否该取负号?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-27 17:30:21 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-11-26 16:01
我在优化过渡态,想在优化之后继续算IRC,GJF是这样写的,但是每次都是IRC第一个点就不收敛,连续20次失败 ...

“连续20次失败”语义不明
IRC第一个点SCF没收敛的话根本不会往后跑

别偷这个懒,任务分开算,自己心里清楚
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发表于 Post on 2021-11-27 20:03:13 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2021-11-27 10:30
老师您好,我用您教程的IFCT方法分析磷光发射过程的电子转移,最后显示结果与实际情况(lumo homo图上)相 ...

仔细看这篇文章你就知道怎么做了 http://sobereva.com/543
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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