简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

土拔鼠 · 发表于 Post on 2021-11-29 21:11:18

老师们好我在利用簇模型研究糖苷酶水解乳糖的过程参考文献水解过程如图所示有三点问题想请教一下
1. 我在按照第一步搭建模型后体系电荷与多重度分别为0和1 在第二步的过程中发现在红圈位置乳糖原来的羟基的氢不见了那这时候我在进行优化的时候体系的电荷以及自旋多重度是否设置为0和2进行计算？
2. 在第二步的绿色箭头位置我不太清楚两个氧原子之间是什么类型的相互作用
3. 我也不太清楚在第三步的青色箭头处的86Glu的氧与乳糖的碳之间是什么相互作用类型是C-H O类型的氢键吗?
感谢各位老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-30 00:33:30

本帖最后由 wzkchem5 于 2021-11-29 17:35 编辑

土拔鼠发表于 2021-11-29 14:11
老师们好我在利用簇模型研究糖苷酶水解乳糖的过程参考文献水解过程如图所示有三点问题想请教一下
1. 我 ...

1. 2. 是文献少画了一个氢。Chemdraw里如果按这种方式画氢键，chemdraw会自动去掉羟基上的氢（因为程序默认这个虚线是共价键的意思），需要手动补上，如果作者画图不认真就会导致漏补氢。不这样解释的话，这个虚线说不通。
3. 有可能，但这个虚线也可能是离子键，甚至可能根本不是什么相互作用，而只是代表下一步羧酸根会进攻这个碳。具体代表什么得看正文

jikuanwang · 发表于 Post on 2021-11-30 08:55:13

如何用Gaussian view 构建无机化合物模型，离子键如何设置呢。

Yaqi · 发表于 Post on 2021-11-30 09:04:05

wzkchem5 发表于 2021-11-29 16:29
就引SMD原文献，说SMD模型已经包括了溶剂排阻效应和熵效应就行了，然后把SMD原文献的相关内容paraphrase ...

好的，谢谢老师的指点，感谢

329678001 · 发表于 Post on 2021-11-30 10:12:57

ORCA中怎么查看任务是否正常结束呢？这里有两个out文件，一个是自己命名的，还有一个是任务结束系统给出来的，自己命名的out文件显示正常结束，系统给出的out文件显示错误。如果我这个任务是报错了，应该去哪里查看解决方法呢？

329678001 · 发表于 Post on 2021-11-30 10:22:33

各位老师，我来跟大家分享一下一个有意思的事情。我前些时日有一个构型虚频-10左右，每次解决虚频过程中，构型就会定性改变（即使是用calcall这个关键词）。我最近使用opt=Cartesian nosymm这两个关键词解决了这个问题，不过我不懂原理，不知道各位老师能否给我解答一番这是为何？

wudiazhu · 发表于 Post on 2021-11-30 11:27:39

量化计算不看成键类型，只看原子间距离。通过量化计算得到体系波函数，分析键级等数据才能知道原子间的成键类型。

土拔鼠 · 发表于 Post on 2021-11-30 12:55:53

wzkchem5 发表于 2021-11-30 00:33
1. 2. 是文献少画了一个氢。Chemdraw里如果按这种方式画氢键，chemdraw会自动去掉羟基上的氢（因为程序默 ...

谢谢大佬

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-30 16:09:22

329678001 发表于 2021-11-30 03:12
ORCA中怎么查看任务是否正常结束呢？这里有两个out文件，一个是自己命名的，还有一个是任务结束系统给出来 ...

你确定这两个输出文件是同一个orca任务输出的吗？
有时如果在同一个文件夹下跑两个orca任务，第一个报错了第二个没报错，那么可能会把第一个任务的slurm输出当作是第二个任务产生的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-30 16:10:46

329678001 发表于 2021-11-30 03:22
各位老师，我来跟大家分享一下一个有意思的事情。我前些时日有一个构型虚频-10左右，每次解决虚频过程中， ...

这是巧合。一个有虚频的结构附近有很多个没有虚频的结构，不同的方法消虚频得到的结果是不一样的，而且是随机的。所以这次发现opt=Cartesian nosymm恰好消出了你需要的结构，不代表这个方法在未来算其他体系的时候也奏效

329678001 · 发表于 Post on 2021-11-30 16:44:31

本帖最后由 329678001 于 2021-11-30 19:32 编辑

wzkchem5 发表于 2021-11-30 16:09
你确定这两个输出文件是同一个orca任务输出的吗？
有时如果在同一个文件夹下跑两个orca任务，第一个报错 ...

是一个任务产生的，我的3个任务都是这种情况，我又问了一下超算管理员，他去研究了一下，然后跟我说的正常的。

yiwei · 发表于 Post on 2021-11-30 17:21:52

请问Gaussian中Orca的Int(Grid=99590)对应Orca的什么关键词呀?
我使用ωB97M-V泛函，用Grid5显示如下：
UNRECOGNIZED OR DUPLICATED KEYWORD(S) IN SIMPLE INPUT LINE
GRID5

请问可以怎么解决吗？（使用的是Orca 5.0.1 )

jim_lee_ · 发表于 Post on 2021-11-30 17:35:31

各位老师好，我想请问一个关于AICD2.0的问题。

我的Linux7.1804是在VMware虚拟机下运行的，按照http://sobereva.com/294，下载了AICD-2.0.0，也改了.bashrc，以及在AICD的目录下make了。

因为我的Linux没有G09，想先尝试一下AICD能不能运行。我随便画了个反方向性的硼杂环戊二烯，我在Windows系统使用G09D按照教程得到了.out与记录电流密度张量的文件.txt，用gv看到环平面是在yz平面上。
由于在不同系统下运行，.out文件中所记录的电流密度张量文件的路径会有错误，我已经更改过来了。

后我把两个文件拉到Linux的AICD目录下，在AICD目录中用终端输入：AICD -m 4 -b 1 0 0 -pov test.out，提示如下：

[lijiazhong@localhost AICD-2.0.0]$ AICD -m 4 -b 1 0 0 -pov test.out
Datei test.out wird bearbeitet.
Weder test.icd40000 noch test.icd40000.gz existiert.
Weder test.icd noch test.icd.gz existieren.
Starting AICDextractsh
Separate AICD-output in file: /home/lijiazhong/desktop/AICD-2.0.0/currentDENSITY.txt
Extrahiere_Gitterpunkte

观察文件夹内并没有教程中所说的几个文件的生成，我反反复复看了几遍，不知道因为什么，实在没办法，来论坛求助各位老师。先谢谢各位！

输出文件.zip (5.06 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-30 17:38:47

yiwei 发表于 2021-11-30 10:21
请问Gaussian中Orca的Int(Grid=99590)对应Orca的什么关键词呀?
我使用ωB97M-V泛函，用Grid5显示如下：
...

没有严格对应，只有近似对应。
Grid5这种关键词只支持到ORCA 4.2.1，从5.0.0开始应该用DefGrid3，比原来的Grid7可能都要准，但计算量可能还不到Grid5

化小白 · 发表于 Post on 2021-11-30 21:29:43

老师，您好，我想问一下，我的下一步是醋酸给氢然后与过渡金属配位的过程，找出来了过渡态，根据IRC优化了反应物和产物，这步的反应物比上一步的产物吉布斯自由能高了5Kcal/mol，想问一下老师，我是不是在这个中间还得再找一个过渡态？是不是应该让醋酸先与过渡金属络合然后再给有机物氢？

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