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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-11-30 23:48:21 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-11-30 14:29
老师,您好,我想问一下,我的下一步是醋酸给氢然后与过渡金属配位的过程,找出来了过渡态,根据IRC优化了 ...

把反应式画出来。文字有歧义,氢给到金属上还是配体上,还是某个和金属没有配位的分子上?
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-2 05:45:57 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-11-28 18:52
请教一下各位老师,我的结构有个-10的虚频,我每次想要去掉这个虚频的时候,结构就会出现很大变化。想请教 ...

很正常的事
该怎么变就怎么变,虚频小不代表极小点结构离当前结构就一定相差不大
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-2 05:47:04 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2021-11-29 10:43
请问Gaussian中Orca的Int(Grid=99590)对应Orca的什么关键词呀?
我使用ωB97M-V泛函,用Grid5显示如下:
  ...

仔细看
谈谈ORCA 5.0的新特性和改变
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-2 05:47:39 | 只看该作者 Only view this author
rendong 发表于 2021-11-29 10:48
另外想请教一下老师对于Gaussian程序,计算配合物电荷转移(CT)激发除了CAM-B3LYP还有其他合适的替代泛函 ...

wB97XD,或者整体HF成份偏高的,诸如PBE38、MN15
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-2 05:48:34 | 只看该作者 Only view this author
rendong 发表于 2021-11-29 10:48
老师好,我在用CAM-B3LYP(full)/gen (混合基组C,O,H用的def2SVP,Cd用的def2TZVP)计算Cd配合物的CT激发态 ...

full写在TD里
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Yaqi 发表于 2021-11-29 12:15
卢老师您好,最近做了一个主客体分子识别的相关工作,计算体系类似下图等一系列分子:

计算过程大致如下 ...

1 结合语境才能判断。如果审稿人嫌你用隐式溶剂模型对这个问题不够严谨,可能得在显式溶剂下跑动力学检验当前在隐式水模型下得到的结论
2 说SMD的非极性部分已经体现了熵效应
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-2 06:15:39 | 只看该作者 Only view this author
jim_lee_ 发表于 2021-11-30 17:35
各位老师好,我想请问一个关于AICD2.0的问题。

我的Linux7.1804是在VMware虚拟机下运行的, ...

找个有linux版Gaussian的人,跑相同的输入文件,对比和windows版输出文件的差异判断原因。有些字符会有不同,可能会被AICD程序处理时利用
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发表于 Post on 2021-12-2 10:13:15 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,这个是我用您写的脚本把log文件转为gjf文件,我这里为何一直失败呀,脚本里的out都改成了log。上次看您在群里演示了一下,我就是按照您那个操作来的,不知道为何还是不行啊

U6$4WKH]}FD2YZSUL3N(ICD.png (75.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

U6$4WKH]}FD2YZSUL3N(ICD.png

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发表于 Post on 2021-12-2 15:30:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-2 05:47
wB97XD,或者整体HF成份偏高的,诸如PBE38、MN15

谢谢老师,最初担心wB97XD可能不适合 过渡金属 就没敢用,我这就试试

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发表于 Post on 2021-12-2 15:35:37 | 只看该作者 Only view this author

好嘞,谢谢老师,后来Cd被分别换成def2-SVP 或 dhf-TZVP(BSE拷的基组和赝势)就不提示冻芯错误了,不知道是不是def2-TZVP对Cd不太适合

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发表于 Post on 2021-12-2 16:51:18 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-12-2 03:13
sob老师您好,这个是我用您写的脚本把log文件转为gjf文件,我这里为何一直失败呀,脚本里的out都改成了log ...

PATH环境变量没设对吧
以后问问题先仔细分析输出信息再问,F:Multiwfn...这里显然冒号后面漏了个斜杠
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-2 17:03:49 | 只看该作者 Only view this author
rendong 发表于 2021-12-2 15:35
好嘞,谢谢老师,后来Cd被分别换成def2-SVP 或 dhf-TZVP(BSE拷的基组和赝势)就不提示冻芯错误了,不知 ...

很合适
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-2 17:04:40 | 只看该作者 Only view this author
rendong 发表于 2021-12-2 15:30
谢谢老师,最初担心wB97XD可能不适合 过渡金属 就没敢用,我这就试试

wB97XD只是不适合算过渡金属反应之类的,不代表算激发能不适合(但CT特征不是特别强的态有可能会高估激发能,毕竟长程100% HF成份)
CAM-B3LYP算过渡金属反应、结构优化还不如wB97XD
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发表于 Post on 2021-12-2 17:37:21 | 只看该作者 Only view this author

好嘞,可能是我有些地方没设置好,我再找找原因

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发表于 Post on 2021-12-2 17:40:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-2 17:04
wB97XD只是不适合算过渡金属反应之类的,不代表算激发能不适合(但CT特征不是特别强的态有可能会高估激发 ...

这下终于明白了,非常感谢老师

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