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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-12-7 05:20:42 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2021-12-6 17:58
请问各位老师,Dalton能够计算系间窜越速率吗? 如果可以的话我要怎么在手册里搜索相关内容呢?

ISC速率可以用orca算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-7 06:13:45 | 只看该作者 Only view this author
cuihongqiang 发表于 2021-12-6 10:51
如图,过渡态路径计算IRC只有三个点可信吗

说清楚什么叫可信

如果是之前找的过渡态是否可靠,没法拿这个判断

如果是指IRC,显然当前的IRC毫无用处,仔细看下文
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2021-12-7 13:47:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-7 06:13
说清楚什么叫可信

如果是之前找的过渡态是否可靠,没法拿这个判断

如果IRC不可靠,那么过渡态怎么保证可靠呢

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发表于 Post on 2021-12-7 18:56:00 | 只看该作者 Only view this author
cuihongqiang 发表于 2021-12-7 06:47
如果IRC不可靠,那么过渡态怎么保证可靠呢

意思是说IRC走出三个点虽然不能证明过渡态可靠,但也不能证明过渡态一定不可靠,因为是IRC跑得有问题。按照sob老师的链接里的方法,把IRC跑对了,才知道过渡态是否可靠
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-12-7 19:19:56 | 只看该作者 Only view this author

求助Gauss2070问题

刚开始学Gauss,参照着文献的例子想不同的原子用不同的基组做一下结构优化,结果已提交文件就显示2070错误,请问大佬我是哪里输错了吗?

mn.gjf

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mn.out

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发表于 Post on 2021-12-7 19:30:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-12-7 18:56
意思是说IRC走出三个点虽然不能证明过渡态可靠,但也不能证明过渡态一定不可靠,因为是IRC跑得有问题。按 ...

谢谢

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发表于 Post on 2021-12-7 19:32:50 | 只看该作者 Only view this author
你好,可以参考论坛里大佬总结的常见报错
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
心之所向,日复一日,必有精进

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发表于 Post on 2021-12-7 22:33:40 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我最近看了社长的关于CDA博文http://sobereva.com/166,这里主要是分析成键后轨道之间的相互作用,研究其成键模式,但是感觉不能分析键的强弱和活性呢?
我想请教一下,如果两个催化体系中,不同配位环境下同样元素之间的成键,可以认为键长越长活性越大吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-8 00:10:41 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-12-7 22:33
老师们好,我最近看了社长的关于CDA博文http://sobereva.com/166,这里主要是分析成键后轨道之间的相互作用 ...

波函数分析的问题请发到1L提到的Multiwfn答疑专贴里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-8 00:13:29 | 只看该作者 Only view this author
愤怒的小y 发表于 2021-12-7 19:19
刚开始学Gauss,参照着文献的例子想不同的原子用不同的基组做一下结构优化,结果已提交文件就显示2070错误 ...

老生常谈的问题
解决SCF不收敛问题的方法
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发表于 Post on 2021-12-8 15:03:17 | 只看该作者 Only view this author

Gauss的输出文件显示 Error termination via Lnk1e in /home/.../g09D01/g0...


各位老师好,我在用Gauss计算时,算了两次,输出文件都会出现如图的错误,实在搞不清哪里出错了,有没有什么补救的办法,还望老师们能指点一下,十分感谢(输出文件已上传附件)



BPA-Co-N4-Graphene(2).zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-8 15:09:58 | 只看该作者 Only view this author
Hear 发表于 2021-12-8 15:03
各位老师好,我在用Gauss计算时,算了两次,输出文件都会出现如图的错误,实在搞不清哪里出错了,有没有 ...

formbx had a problem这种常见报错到公社论坛首页google框一搜就有答案
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发表于 Post on 2021-12-8 15:16:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-8 15:09
formbx had a problem这种常见报错到公社论坛首页google框一搜就有答案

谢谢老师,我去看看去

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发表于 Post on 2021-12-9 14:05:43 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我在使用sob老师《使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴》http://sobereva.com/426 以及《使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积》http://sobereva.com/487 两篇教学中的方法想得到教程中的效果(图1),但是我自己在操作时遇到了两个问题:1.pbc box得到的盒子与范德华表面积的位置偏离很大(图2),我如果新添加一个.pdb使用RMSD方法叠合的话,盒子的位置又不对了(图3);2.我的范德华表面积的图Drawing Method设为Points后看起来很密集,不如老师原图中的好看;请问这两个问题应该如何解决?



202112091353324574..png (140.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

202112091353324574..png

202112091401411821..png (570.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

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发表于 Post on 2021-12-9 21:40:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 avatar_man 于 2021-12-9 22:23 编辑

在Xshell里面,用linux系统提交了一个gaussian 程序,后面加了一个&,请问这时候,应该怎么判断或者查看高斯程度是否运行呢?是否报错或者正常终止?另外,Xshell断开之后,是不是提交的Gaussian命令也就终止了啊!?
有没有提交多个任务的办法?搜了一遍,没搜到,也可能搜到的不全。
谢谢!

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