计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14341#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-10 04:30:22 | 只看该作者 Only view this author
avatar_man 发表于 2021-12-9 21:40
在Xshell里面,用linux系统提交了一个gaussian 程序,后面加了一个&,请问这时候,应该怎么判断或者查看高 ...

top里看,这属于Linux基本常识

仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14342#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-10 04:31:02 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2021-12-9 14:05
各位老师好,我在使用sob老师《使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴》http://sobereva.com/426 ...

有任何Multiwfn相关的简单问题到本帖1L红字声明的答疑专贴里问。像这样涉及图片和较多文字的最好单独在Multiwfn与波函数分析板块里发帖
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

24

帖子

0

威望

175

eV
积分
199

Level 3 能力者

14343#
发表于 Post on 2021-12-10 10:12:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zzxxcc 于 2021-12-10 10:14 编辑

各位老师,本人在用TS算过渡态时,低精度的算出来了,振动方向是对的,然后选用高精度的算,算了一半,报错了,但是趋势是对的,应该如何解决。谢谢各位老师,如下是低精度的输入输出文件,以及高精度的报错文件

报错原因:
Old curvilinear step not converged, using linear step
Error imposing constraints
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l103.exe at Fri Dec 10 09:23:27 2021.
pm6 gjf.zip (4.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) pm6 out.zip (4.24 MB, 下载次数 Times of downloads: 0) b3lyp out.zip (24.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

6

帖子

0

威望

119

eV
积分
125

Level 2 能力者

14344#
发表于 Post on 2021-12-10 11:39:47 | 只看该作者 Only view this author

仅仅对分子计算NBO和结合能出现L502错误,问题出现原因是什么呢

如图片分子多视,计算NBO输入是:
%nprocshared=8
%mem=500MW
%chk=P2Mo18-2-nbo.chk
#p iop(6/7=3,3/33=1) pop=(reg,nbo) b3lyp/genecp

an244a


坐标(常规坐标,不占位置描述)
O P 0
6-31G*
****
MO 0
LANL2DZ
****

Mo 0
LANL2DZ


出现错误: RMSDP=1.55D-06 MaxDP=9.54D-05 DE=-8.45D-07 OVMax= 1.22D-03

>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -6563.90101372     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.16D-05     -V/T= 2.1497
KE= 5.709207970655D+03 PE=-7.557282232278D+04 EE= 3.304225475556D+04
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/zzl/g09/l502.exe at Tue Dec  7 12:35:33 2021.
Job cpu time:       8 days  0 hours 36 minutes 32.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    868 Int=      0 D2E=      0 Chk=     27 Scr=      1。



这个错误是什么原因呢,没有对结构进行优化还出现这样的错误?

11111副本.png (393.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

11111副本.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14345#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-10 13:26:00 | 只看该作者 Only view this author
艾笑 发表于 2021-12-10 11:39
如图片分子多视,计算NBO输入是:
%nprocshared=8
%mem=500MW

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

PS:你的这个模型严重不合适,边界没恰当处理,电子结构诡异,SCF能容易收敛就怪了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1万

帖子

0

威望

9896

eV
积分
22146

Level 6 (一方通行)

14346#
发表于 Post on 2021-12-10 15:45:39 | 只看该作者 Only view this author
艾笑 发表于 2021-12-10 04:39
如图片分子多视,计算NBO输入是:
%nprocshared=8
%mem=500MW

必须先优化结构,完全没有优化过的结构做NBO分析没有意义。虽然NBO并不要求必须在优化过的结构下进行,但是要么应该只有最多一两个自由度是没有优化的(比如柔性扫描的结构),其他自由度都要优化到收敛,要么结构是从动力学里取的一帧,否则你算的体系不代表真实存在的体系
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

370

帖子

7

威望

3503

eV
积分
4013

Level 6 (一方通行)

14347#
发表于 Post on 2021-12-10 18:35:14 | 只看该作者 Only view this author
请问大家,pyscf能优化过渡态吗?我找来找去找不到相关的信息,只能找到优化极小点的。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14348#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-11 04:42:09 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2021-12-10 18:35
请问大家,pyscf能优化过渡态吗?我找来找去找不到相关的信息,只能找到优化极小点的。

手册没写就应该不能。不过可以考虑用Gaussian或ASE之类作为driver调用之实现搜索过渡态

参考
将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/422http://bbs.keinsci.com/thread-10141-1-1.html
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

334

帖子

0

威望

2357

eV
积分
2691

Level 5 (御坂)

14349#
发表于 Post on 2021-12-12 20:34:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 霜晨月 于 2021-12-12 20:42 编辑

以前没做过过渡金属配合物的DFT计算,这次需要计算有机镍配合物,结构是镍离子与几个氯、杂环氮/碳原子配位,闭壳层与开壳层都有。不太清楚该选什么泛函和基组,查了很久,下面的选择合适吗?
opt freq:PBE0(g16关键词写作PBE1PBE),D3(BJ),配体基组6-31G**,镍基组SDD
高精度单点:PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVPP

还有,SDD基组的写法好像还有讲究(好像有时候需要定义细节?),我在关键词里写gen,文件末尾写
-Ni
SDD
****
是否就可以了?

谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14350#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-13 07:56:57 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2021-12-12 20:34
以前没做过过渡金属配合物的DFT计算,这次需要计算有机镍配合物,结构是镍离子与几个氯、杂环氮/碳原子配位 ...

合适

得用genecp,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

334

帖子

0

威望

2357

eV
积分
2691

Level 5 (御坂)

14351#
发表于 Post on 2021-12-13 18:01:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-13 07:56
合适

得用genecp,仔细看

谢谢社长

175

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1232

Level 4 (黑子)

14352#
发表于 Post on 2021-12-15 09:10:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 329678001 于 2021-12-15 09:22 编辑

请教一下社长,为何我做单点计算,构型会发生变化呢?算了大基组单点,正常基组的气象单点,和正常基组溶剂化单点,构型都发生了变化,上传其中一个任务的输入和输出文件。比如其中39 54 55的键角就变化了,虽然变化值很小。

算单点构型发生变化.zip

36.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

97

帖子

0

威望

531

eV
积分
628

Level 4 (黑子)

14353#
发表于 Post on 2021-12-15 10:30:09 | 只看该作者 Only view this author

高斯优化结束后,在优化频率时报错 “CPHF failed to converge in LinEq2.”怎么解决

老师,您好!我在用g16优化分子结构时,输入关键词为 # 5d 7f
# b3lyp/genecp freq scrf=(smd,solvent=DiethylEther) scf=xqc em=GD3BJ
然后在优化频率出现了下面的错误
CPHF failed to converge in LinEq2.

然后我用Acc2e=13增加了积分精度仍出现上面的错误,请问老师该怎么解决?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14354#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-15 11:10:00 | 只看该作者 Only view this author
wangxiaofeng 发表于 2021-12-15 10:30
老师,您好!我在用g16优化分子结构时,输入关键词为 # 5d 7f
# b3lyp/genecp freq scrf=(smd,solvent=Die ...



跟acc2e毫无联系

写5d 7f完全多余,本来这就是用gen、genecp时默认的

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14355#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-15 11:13:01 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-12-15 09:10
请教一下社长,为何我做单点计算,构型会发生变化呢?算了大基组单点,正常基组的气象单点,和正常基组溶剂 ...

没看出有什么变化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 23:02 , Processed in 0.245277 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list