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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-12-15 21:51:03 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2021-12-15 14:39
体系倒不太大(60个原子,含1个镍(III),其余是有机配体),但这是反应机理计算,DFT/ROCIS或X-TDDFT能做 ...

DFT/ROCIS不行,X-TDDFT可以做opt和freq(其中freq只能做数值频率),暂时不能做IRC。
另外Ni(III)有可能是强相关体系,建议确认一下基态有没有明显的强相关特征,如果有的话,需要用多参考态方法,或者spin-flip TDDFT
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-16 07:41:34 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2021-12-15 18:15
非常感谢老师,之前不知道开壳层TDDFT会有自旋污染的问题,社长的基础班讲义有一个苯胺基自由基的TDDFT计 ...

课上我讲了自旋污染是怎么回事,算出来的<S**2>和理想值是什么关系,然后讲激发态part 2里开壳层的TDDFT的时候例子里明显看到<S**2>不正好等于理想值(ppt上还特意同时给了各个自旋态的理想值),这不明显就是自旋污染。倘若完全没有自旋污染,Gaussian直接就能给你标记出各个激发态的自旋多重度了,哪还用得着自己将<S**2>和理想值对照。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-12-16 07:44:13 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-12-15 21:51
DFT/ROCIS不行,X-TDDFT可以做opt和freq(其中freq只能做数值频率),暂时不能做IRC。
另外Ni(III)有可 ...

谢谢老师,这就不好弄了。
我确认了一下,化合物的最大吸收波长是在蓝紫光区域,是激发态5,不是激发态1。我再tddft优化一下这个态看看

社长的资料说DFT不用管自旋污染,虽然S**2误差很大,但能量是准确的。也查到一些资料说TDDFT也不用考虑自旋污染,但不知对吗?

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发表于 Post on 2021-12-16 10:14:13 | 只看该作者 Only view this author
请问做单点能计算,自定义溶剂和自定义基组同时写,输入文件如下:
#p scrf=(smd,solvent=generic,read) m062x/gen

坐标
(空行)
eps=5.66     
epsinf=2.14
(空行)
!----------------------------------------------------------------------
!   Basis set: def2-QZVPD
! Description: def2-QZVPD
!        Role: orbital
!     Version: 1  (Data from Turbomole 7.3)
!----------------------------------------------------------------------
以下为BSE网站复制的基组信息
(空行)

提交任务报错:
General basis read from cards:  (5D, 7F)
Unrecognized atomic symboleps

请问是哪里有问题?谢谢!



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发表于 Post on 2021-12-16 10:24:43 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2021-12-16 10:14
请问做单点能计算,自定义溶剂和自定义基组同时写,输入文件如下:
#p scrf=(smd,solvent=generic,read) m ...

认真看手册http://gaussian.com/input 里面Section Ordering弄清自定义溶剂和自定义基组哪个应该写在前面。

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发表于 Post on 2021-12-16 10:36:12 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我想计算这个含硫的化合物和汞的结合能,我实验体系中用的硝酸汞,想问一下计算的时候需不需要把硝酸根也加进去呀,还是可以直接算原子呢

202112161025551273..png (89.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

202112161025551273..png

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发表于 Post on 2021-12-16 10:36:42 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-12-16 10:24
认真看手册http://gaussian.com/input 里面Section Ordering弄清自定义溶剂和自定义基组哪个应该写在前面 ...

谢谢,溶剂参数放后面就正常提交了。

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发表于 Post on 2021-12-16 11:39:05 | 只看该作者 Only view this author
请问orca怎么读取高斯格式的基组?有脚本可以参考吗?

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发表于 Post on 2021-12-16 11:47:54 | 只看该作者 Only view this author
请问有脚本可以将高斯格式的基组转换为orca可以读取的格式吗?

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发表于 Post on 2021-12-16 12:22:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-16 07:41
课上我讲了自旋污染是怎么回事,算出来的和理想值是什么关系,然后讲激发态part 2里开壳层的TDDFT的时候 ...

抱歉社长 TDDFT这部分上课时没怎么听懂,这次是自己看讲义,比着例子做的,更深入的知识也没理解到位

还需要请教您,自旋污染对DFT而言可以忽略,对TDDFT也可以忽略吗?我的目的是opt freq IRC,上面wzkchem5老师说的orca方法实现不了,查了一下BDF,又太小众化
或者,用g16算完反应机理之后,再用orca或BDF算单点和激发态信息可不可以?

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发表于 Post on 2021-12-16 12:25:38 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2021-12-16 11:47
请问有脚本可以将高斯格式的基组转换为orca可以读取的格式吗?

http://bbs.keinsci.com/thread-16605-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-16 14:46:02 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2021-12-16 12:22
抱歉社长 TDDFT这部分上课时没怎么听懂,这次是自己看讲义,比着例子做的,更深入的知识也没理解到位
...

如果激发态的<S**2>偏离理想值太大就不能,这说明算出来的激发态的自旋状态都不明确,结果也不靠谱
可以
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涂山雅雅 发表于 2021-12-16 10:36
sob老师好,我想计算这个含硫的化合物和汞的结合能,我实验体系中用的硝酸汞,想问一下计算的时候需不需要 ...

不可能是原子,本来硝酸汞里汞上的电子往硝酸根上就转移了不少。硝酸根也应当一同考虑。
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发表于 Post on 2021-12-16 15:19:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-16 14:48
不可能是原子,本来硝酸汞里汞上的电子往硝酸根上就转移了不少。硝酸根也应当一同考虑。

好的,我明白啦,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-12-16 16:08:46 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2021-12-16 00:44
谢谢老师,这就不好弄了。
我确认了一下,化合物的最大吸收波长是在蓝紫光区域,是激发态5,不是激发态1 ...

对于一般的荧光计算,TDDFT只需要优化发射的态,不需要优化最大吸收的态。因为吸收是在基态平衡位置上发生的,和激发态平衡位置没有直接关系,只有发射是从激发态平衡位置上发生的
关于自旋污染要不要管的问题,参见https://mattermodeling.stackexch ... al-theory/6176#6176。简单来说就是,对于精确的泛函,自旋污染多大都不要紧,但是统计上讲,自旋污染越大,当前用的泛函偏离精确泛函的程度就越大(不过这不是必然的,只是偏离程度大的概率比较大,不是必然偏离得多)
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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