简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-12-26 20:43:49

Sob老师好，下图是我做的NBO分析，想分析分子内氧原子的孤对电子与C-S反键轨道之间的二阶微扰作用。结果发现氧原子的LP（1）LP（2）LP（3）都对C-S反键轨道有作用，E2值分别为1.35kcal/mol,0.19kcal/mol和1.31kcal/mol，想问下Sob老师这个时候想分析二阶微扰作用，是选择三者中最大的那个值，还是把散着的值加起来呢。同时还想问下Sob老师这个LP（1）LP（2）LP（3）是代表的什么意思，是三个不同的孤对电子吗？谢谢Sob老师。

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-26 23:37:18

Jameslzy 发表于 2021-12-26 20:43
Sob老师好，下图是我做的NBO分析，想分析分子内氧原子的孤对电子与C-S反键轨道之间的二阶微扰作用。结果发 ...

加和没有意义
1.35和1.31的分别讨论
是，lone pair

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-12-27 08:20:55

本帖最后由 Jameslzy 于 2021-12-27 09:57 编辑

sobereva 发表于 2021-12-26 23:37
加和没有意义
1.35和1.31的分别讨论
是，lone pair

好的收到，谢谢Sob老师回复。还是想再问下Sob老师，那1.35和1.31分别讨论应该如何说呢，他们是分别对应了不同的NBO轨道吗？我看前面序号有108,109,110，但是用fchk文件看这几条轨道好像对应的图像又不太对。所以想再问下老师，这个前面的108,109,110这些序号是什么意思，还有就是括号里的（1）（2）（3）这种又是什么含义呢？最后就是想请教下Sob老师，我们这个分析，主要是想分析下O和S之间的成键相互作用，这个相互作用利用NCI分析，可以明显看出有类似于氢键的蓝色相互作用；用AIM分析也能看出在节点处有非共价键的相互作用。现在就是想利用NBO分析更全面的分析一下，从NBO轨道层面可以看出有O孤对电子和S-C反键轨道之间的作用，然后还想用这个E2能量再加以佐证，不知道这么分析是否合理。同时想问下Sob老师，这个E2值的大小能否用来说明一系列分子（O,S,Se,N,Br,不饱和键分别和S成键）这种相互作用的强弱？谢谢Sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-27 16:59:53

Jameslzy 发表于 2021-12-27 08:20
好的收到，谢谢Sob老师回复。还是想再问下Sob老师，那1.35和1.31分别讨论应该如何说呢，他们是分别对应了 ...

仔细看此文弄清楚怎么正确看NBO轨道
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
不同序号显然对应不同NBO轨道

NBO分析对弱相互作用有极大的局限性甚至误导性，此文靠后部分专门说了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
别盲目拿E2解释，尤其是当E2值很小、不同情况相差不大的情况，拿这个说事（尤其是上升到定量层面）完全是瞎讨论。

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-12-27 17:30:01

sobereva 发表于 2021-12-27 16:59
仔细看此文弄清楚怎么正确看NBO轨道
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134

好的收到，谢谢Sob老师解答

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-12-31 09:45:38

Sob老师好，我最近研究的课题中涉及到一个自由基进攻的机理，一般来讲阳离子进攻是亲电机理，阴离子进攻是亲核机理。然后我现在想分析下这个反应里面，自由基进攻是什么机理，以及不同取代基的自由基进攻是否会有不同的亲核亲电倾向。想问下Sob老师判断一个反应是亲核进攻还是亲电进攻一般可以用什么波函数分析手段，谢谢Sob老师

栋栋家的小猪猪 · 发表于 Post on 2021-12-31 10:57:03

本帖最后由栋栋家的小猪猪于 2021-12-31 11:15 编辑

Sob老师您好，最近在使用multiwfn进行mulliken电荷的分析，用的是cp2k产生的.molden文件载入到软件中，已经按照帖子中的教程更改了文件中的晶胞位移矢量和价电子数目的信息，可是软件在读取文件之后就发生了闪退，想问一下该怎么办，是文件内容还是有不对的地方吗？谢谢老师（已经解决）

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-31 23:24:46

Jameslzy 发表于 2021-12-31 09:45
Sob老师好，我最近研究的课题中涉及到一个自由基进攻的机理，一般来讲阳离子进攻是亲电机理，阴离子进攻是 ...

计算一下过渡态结构时候进攻物质对应的片段的净电荷，如果为负，说明从被进攻的物质上转移了一些电子给了进攻物质，说明是亲电机理。

另外还可以通过两个反应物的表面静电势相对正负关系、两个物质的化学势的相对大小等角度讨论。看比如ppt的例题和涉及的文章中的讨论

Jameslzy · 发表于 Post on 2022-1-1 11:18:15

sobereva 发表于 2021-12-31 23:24
计算一下过渡态结构时候进攻物质对应的片段的净电荷，如果为负，说明从被进攻的物质上转移了一些电子给了 ...

好的收到，谢谢Sob老师解答，老师元旦快乐

dingniu2 · 发表于 Post on 2022-1-5 22:19:08

请问老师用Multiwfn绘制PDOS图，定义了5个片段，在后处理界面里选择选项3，导出DOS_curve.txt，DOS_curve.txt这个文件为什么是8列？我知道第一列是能量，第二列是TDOS，请问老师剩下的六列中哪5列是PDOS？

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-5 23:48:19

dingniu2 发表于 2022-1-5 22:19
请问老师用Multiwfn绘制PDOS图，定义了5个片段，在后处理界面里选择选项3，导出DOS_curve.txt，DOS_curve.t ...

看屏幕上的提示

Jameslzy · 发表于 Post on 2022-1-25 16:41:17

Sob老师好，最近研究的课题里面有以下两个感觉有些意义的科学问题，想利用Multiwfn强大的波函数分析手段分析一下，不过目前还没有特别好的分析思路，想请教下Sob老师这两个问题分别可以考虑用何种波函数分析手段来进行分析。
第一个问题就是：反应过程当中涉及到一个关键结构，里面有两个双齿配体，相似结构下不同的配位模式能量会相差很多，感觉应该是吡啶N的反位效应导致的，现在想分析并解释一下这个反位效应，想问下sob老师从什么角度来分析比较合适？
第二个问题是：我这个反应体系中涉及到两个不同的金属中心，相同催化剂结构，相同反应条件下得到不同选择性的产物。感觉是研究不同金属中心电子结构与反应选择性构效关系的一个很好的体系。然后就想请教下Sob老师，想要分析不同金属中心的电子结构与反应区域选择性的构效关系，利用什么波函数分析手段比较合适呢？
谢谢Sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-26 01:40:06

Jameslzy 发表于 2022-1-25 16:41
Sob老师好，最近研究的课题里面有以下两个感觉有些意义的科学问题，想利用Multiwfn强大的波函数分析手段分 ...

1 可以用ETS-NOCV考察一下配位作用的差异
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609（http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html）

2 最好先把过渡态优化出来，有具体结构了再考虑怎么分析

Jameslzy · 发表于 Post on 2022-1-26 08:37:33

sobereva 发表于 2022-1-26 01:40
1 可以用ETS-NOCV考察一下配位作用的差异
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
...

好的收到，谢谢Sob老师解答，之后课题有新的进展了再向Sob老师请教。

Jameslzy · 发表于 Post on 2022-2-1 17:40:06

Sob老师好，首先祝Sob老师新年快乐！有一个问题想咨询一下Sob老师：在我现在研究的反应体系中，使用结构相似的不同底物，在反应过程中可能会生成一系列结构相似的碳正离子中间体或者自由基中间体，现在我想从能量角度对这些中间体的稳定性进行排序，并对这些底物和中间体进行波函数分析，来解释他们的稳定性为何不同，从而建立一个底物性质和优势反应机理之间的关系。目前想到的是可以利用NPA电荷，分子轨道研究下电荷分布和离域情况来解释这些中间体的稳定性，还有就是通过键级分析来分析均裂化学键的难易程度，进而解释中间体的稳定性。不知道这些思路是否合理。还有就是Sob老师有没有其他推荐的更好的分析手段来研究和解释这一问题。谢谢Sob老师。

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