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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-21 18:25:16 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2021-12-21 15:46
谢谢卢老师,请问老师 您提到的 “同类键才和键能有正相关性” 中的同类键是指代什么?

两个键,里面的元素都相同
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-12-21 21:51:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Gzh_NJ 于 2021-12-22 10:56 编辑
sobereva 发表于 2021-12-21 18:25
两个键,里面的元素都相同

谢谢卢老师。请问您是指如果 对于不同的键 比键能,是不可以通过pair的贡献之和来对比的,对吗?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 00:59:02 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2021-12-21 21:51
谢谢卢老师。请问您是指如果 对于不同的键 比键能,是不可以通过piar的贡献之和来对比的,对吗?

拼对了再说
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-12-22 10:56:09 | 只看该作者 Only view this author

不好意思卢老师。谢谢老师提醒。请问您是指如果 对于不同的键 比键能,是不可以通过pair的贡献之和来对比的,对吗?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 12:01:07 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2021-12-22 10:56
不好意思卢老师。谢谢老师提醒。请问您是指如果 对于不同的键 比键能,是不可以通过pair的贡献之和来对比 ...

仅对于同类的键能这么比
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-12-22 13:37:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-22 12:01
仅对于同类的键能这么比

收到 谢谢卢老师
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发表于 Post on 2021-12-23 22:31:37 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,在Multiwfn水四聚体的例子中,O…H-O的密度差图中的氢键成键位置密度增加(“密度差图中能发现两个原子间的成键区域中出现电子密度的显著增加,无疑是两个原子形成共价键的必要条件”),但其ELF显示为低值。水和水形成H键时,相互作用区域电子密度增加(共价),而相互作用区域取得ELF值低(ELF数值高的区域一般对应于形成共价作用的区域)。ELF值低能说明非共价吗?成键时电子局域化程度降低是必然的吗?怎么理解这一块内容,谢谢老师!

QQ截图20211223223058.png (133.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-23 23:02:37 | 只看该作者 Only view this author
TTccc 发表于 2021-12-23 22:31
老师您好,在Multiwfn水四聚体的例子中,O…H-O的密度差图中的氢键成键位置密度增加(“密度差图中能发现两 ...

电子密度大小和电子的定域性没正相关性
右图里是四聚体与四个单体的ELF之差,也不体现ELF的绝对大小
水分子间必然是非共价相互作用,或者说共价性可以完全忽略,这是基本常识。只有那种极强氢键才会带有一些共价性。
ELF角度讨论氢键可以看看此文
使用Multiwfn计算CVB指数考察氢键强度
http://sobereva.com/461http://bbs.keinsci.com/thread-12097-1-1.html
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发表于 Post on 2021-12-24 10:11:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-23 23:02
电子密度大小和电子的定域性没正相关性
右图里是四聚体与四个单体的ELF之差,也不体现ELF的绝对大小
水 ...

收到,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-12-26 20:43:49 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,下图是我做的NBO分析,想分析分子内氧原子的孤对电子与C-S反键轨道之间的二阶微扰作用。结果发现氧原子的LP(1)LP(2)LP(3)都对C-S反键轨道有作用,E2值分别为1.35kcal/mol,0.19kcal/mol和1.31kcal/mol,想问下Sob老师这个时候想分析二阶微扰作用,是选择三者中最大的那个值,还是把散着的值加起来呢。同时还想问下Sob老师这个LP(1)LP(2)LP(3)是代表的什么意思,是三个不同的孤对电子吗?谢谢Sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-26 23:37:18 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2021-12-26 20:43
Sob老师好,下图是我做的NBO分析,想分析分子内氧原子的孤对电子与C-S反键轨道之间的二阶微扰作用。结果发 ...

加和没有意义
1.35和1.31的分别讨论
是,lone pair
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发表于 Post on 2021-12-27 08:20:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Jameslzy 于 2021-12-27 09:57 编辑
sobereva 发表于 2021-12-26 23:37
加和没有意义
1.35和1.31的分别讨论
是,lone pair

好的收到,谢谢Sob老师回复。还是想再问下Sob老师,那1.35和1.31分别讨论应该如何说呢,他们是分别对应了不同的NBO轨道吗?我看前面序号有108,109,110,但是用fchk文件看这几条轨道好像对应的图像又不太对。所以想再问下老师,这个前面的108,109,110这些序号是什么意思,还有就是括号里的(1)(2)(3)这种又是什么含义呢?最后就是想请教下Sob老师,我们这个分析,主要是想分析下O和S之间的成键相互作用,这个相互作用利用NCI分析,可以明显看出有类似于氢键的蓝色相互作用;用AIM分析也能看出在节点处有非共价键的相互作用。现在就是想利用NBO分析更全面的分析一下,从NBO轨道层面可以看出有O孤对电子和S-C反键轨道之间的作用,然后还想用这个E2能量再加以佐证,不知道这么分析是否合理。同时想问下Sob老师,这个E2值的大小能否用来说明一系列分子(O,S,Se,N,Br,不饱和键分别和S成键)这种相互作用的强弱?谢谢Sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-27 16:59:53 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2021-12-27 08:20
好的收到,谢谢Sob老师回复。还是想再问下Sob老师,那1.35和1.31分别讨论应该如何说呢,他们是分别对应了 ...

仔细看此文弄清楚怎么正确看NBO轨道
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
不同序号显然对应不同NBO轨道

NBO分析对弱相互作用有极大的局限性甚至误导性,此文靠后部分专门说了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
别盲目拿E2解释,尤其是当E2值很小、不同情况相差不大的情况,拿这个说事(尤其是上升到定量层面)完全是瞎讨论。
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发表于 Post on 2021-12-27 17:30:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-27 16:59
仔细看此文弄清楚怎么正确看NBO轨道
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134

好的收到,谢谢Sob老师解答

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发表于 Post on 2021-12-31 09:45:38 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,我最近研究的课题中涉及到一个自由基进攻的机理,一般来讲阳离子进攻是亲电机理,阴离子进攻是亲核机理。然后我现在想分析下这个反应里面,自由基进攻是什么机理,以及不同取代基的自由基进攻是否会有不同的亲核亲电倾向。想问下Sob老师判断一个反应是亲核进攻还是亲电进攻一般可以用什么波函数分析手段,谢谢Sob老师

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