简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

阿甘 · 发表于 Post on 2022-4-29 11:20:22

对不起社长，昨天没注意发帖规则，导致提问发错位置。
请问社长，如何实现利用Multiwfn做ETS-NOCV时输出Pauli互斥能呢？是否可以从内存中把frozen state和promolecular的系数矩阵拿到，然后交给Gaussian算个能量呀？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-30 07:30:07

阿甘发表于 2022-4-29 11:20
对不起社长，昨天没注意发帖规则，导致提问发错位置。
请问社长，如何实现利用Multiwfn做ETS-NOCV时输出Pa ...

需要做能量分解，弱相互作用可以用SAPT，看下文，化学键作用可以用GAMESS-US里的LMOEDA
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://sobereva.com/526（http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html）

wy标点人生 · 发表于 Post on 2022-5-4 10:41:52

本帖最后由 wy标点人生于 2022-5-4 12:58 编辑

老师，我想绘制一个阴离子的静电势图，它的值全是负值，那我是选kcal/mol还是eV为单位呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-4 10:44:00

wy标点人生发表于 2022-5-4 10:41
老师，我想绘制一个阴离子的静电势图，它的值全是负值，那我是选kal/mol还是eV为单位呢？

那叫kcal/mol

关于Multiwfn+VMD绘图的单位问题在此文里明确说了
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

至于你实际作图你想用什么单位，完全取决于你

wy标点人生 · 发表于 Post on 2022-5-4 12:58:14

sobereva 发表于 2022-5-4 10:44
那叫kcal/mol

关于Multiwfn+VMD绘图的单位问题在此文里明确说了

好的，谢谢老师纠正！！

wy标点人生 · 发表于 Post on 2022-5-9 15:33:48

本帖最后由 wy标点人生于 2022-5-9 15:44 编辑

老师，我想用VMD修改Multiwfn导出的等值面两种颜色，使他们更加美观，但是由于我的元素不一样，这个需要做什么修改？
我看到老师的博文里面是这样写的：
color Name C tan
color change rgb tan 0.700000 0.560000 0.360000
material change mirror Opaque 0.15
material change outline Opaque 4.000000
material change outlinewidth Opaque 0.5
material change ambient Glossy 0.1
material change diffuse Glossy 0.600000
material change opacity Glossy 0.75
material change shininess Glossy 1.0
mol modcolor 1 top ColorID 12
mol modcolor 2 top ColorID 22
display distance -7.0
display height 10
light 3 on

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-9 21:22:18

wy标点人生发表于 2022-5-9 15:33
老师，我想用VMD修改Multiwfn导出的等值面两种颜色，使他们更加美观，但是由于我的元素不一样，这个需要做 ...

看不懂你的问题，到底要设置等值面颜色还是设置元素颜色

Multiwfn导出的是格点数据，不是等值面。VMD是基于Multiwfn导出的格点数据来显示等值面

wy标点人生 · 发表于 Post on 2022-5-9 22:07:36

sobereva 发表于 2022-5-9 21:22
看不懂你的问题，到底要设置等值面颜色还是设置元素颜色

Multiwfn导出的是格点数据，不是等值面。VMD ...

老师，通过VMD是基于Multiwfn导出的格点数据来显示等值面，我想设置等值面颜色！

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-11 20:30:42

wy标点人生发表于 2022-5-9 22:07
老师，通过VMD是基于Multiwfn导出的格点数据来显示等值面，我想设置等值面颜色！

mol modcolor 1 top ColorID 12
mol modcolor 2 top ColorID 22
这两行命令是改top体系的rep 1和rep 2的颜色序号的，分别用来显示等值面数值为正和为负的部分。ColorID后面可以改成其它的色彩ID，在VMD里内置了33个色彩，序号顺序是（从0开始）
blue, red, gray, orange, yellow, tan, silver, green, white, pink, cyan, purple, lime, mauve, ochre, iceblue, black, yellow2, yellow3, green2, green3, cyan2, cyan3, blue2, blue3, violet, violet2, magenta, magenta2, red2, red3, orange2, and orange3

wy标点人生 · 发表于 Post on 2022-5-12 09:42:09

sobereva 发表于 2022-5-11 20:30
mol modcolor 1 top ColorID 12
mol modcolor 2 top ColorID 22
这两行命令是改top体系的rep 1和rep 2 ...

好呢，谢谢老师！

橘垚垚 · 发表于 Post on 2022-5-15 16:04:18

请问一下各位老师，我在使用Multiwfn定域化molpro软件hf计算的三重态分子的正则分子轨道时出错，提示 Error: This function only works for single-determinant SCF wavefunction! 后来测试了一下，发现只要是hf计算三重态体系，其生成的.molden文件在Multiwfn中进行轨道定域化时都会出现相同的错误提示，而在计算单重态时就不会报错，查看了Multiwfn的手册相关部分以及相关的帖子也没能找到解决方法，还请问一下各位老师遇到这种情况该怎么处理呀，谢谢啦~

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-15 21:46:16

橘垚垚发表于 2022-5-15 16:04
请问一下各位老师，我在使用Multiwfn定域化molpro软件hf计算的三重态分子的正则分子轨道时出错，提示 Error ...

对于UHF/UKS计算，molpro会先产生UNO轨道再导出，会被Multiwfn误认为是多组态波函数。molpro在这一点上很不人性化

只能如下将alpha和beta分别导出，之后再把molden文件的内容手动合并
put, molden, filename1.molden; orbital, type=alpha
put, molden, filename2.molden; orbital, type=beta

嫌合并麻烦的话就别用Molpro算

橘垚垚 · 发表于 Post on 2022-5-16 12:56:57

sobereva 发表于 2022-5-15 21:46
对于UHF/UKS计算，molpro会先产生UNO轨道再导出，会被Multiwfn误认为是多组态波函数。molpro在这一点上很 ...

好的，非常感谢sob老师~

Altair · 发表于 Post on 2022-5-19 15:45:05

请问一下各位老师，我想用概念密度泛函理论下的全局指数比较两个都处于三重态分子的全局指数，如果用UKS方法优化三重态结构的话，N电子态的电荷和自旋多重度是0 3，想问下N+1和N-1应该是多少呢？

xiaobai1 · 发表于 Post on 2022-5-19 19:43:10

我对下面两个结构进行了优化，在gaussian里用chk文件在相同bar值下初步画了下两个物质的ESP图，用multiwfn算了ESP的最大值，发现带氟的ESP的最大值较大，我想氟应该是吸电子基团，应该它上面的ESP值小一些才对把
基组是6-311++g（d，p）

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