计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

  [复制链接 Copy URL]

70

帖子

0

威望

325

eV
积分
395

Level 3 能力者

916#
发表于 Post on 2021-12-9 20:37:02 | 只看该作者 Only view this author
在学校超算平台安装Multiwfn的时候,遇到几个问题,还需要Sob老师帮忙解答。
1. 通过 lsb_release -a命令查看,超算平台装的是CentOS 7.9.2009。用 yum install motif,提示下面信息,不知道motif是否安装成功,说是需要重启,我这客户端没法重启系统。
Loaded plugins: fastestmirror, langpacks, product-id, search-disabled-repos, subscription-manager
Skipping unreadable repository '/etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo'
You need to be root to perform this command.
2. 运行/sbin/sysctl -a|grep shmmax 检查memory,发现现实一些permission denied的信息,但是有显示kernel.shmmax = 18446744073692774399,应该足够大了。之后就按照提示改了bashrc 文件,也把Multiwfn改成可执行文件了,由于是客户端,我不知道该怎么去改settings.ini文件,所以就没改,使用默认值。运行Multiwfn之后,系统提示Multiwfn: error while loading shared libraries: libXm.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory。
所以还得请教Sob老师,这个情况应该怎么处理。谢谢。

1187

帖子

5

威望

2876

eV
积分
4163

Level 6 (一方通行)

917#
发表于 Post on 2021-12-9 21:33:52 | 只看该作者 Only view this author
Xian 发表于 2021-12-9 20:37
在学校超算平台安装Multiwfn的时候,遇到几个问题,还需要Sob老师帮忙解答。
1. 通过 lsb_release -a命令 ...

分清be root和reboot。你没有root权限。找你们管理员替你装。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

918#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-10 04:33:03 | 只看该作者 Only view this author
Xian 发表于 2021-12-9 20:37
在学校超算平台安装Multiwfn的时候,遇到几个问题,还需要Sob老师帮忙解答。
1. 通过 lsb_release -a命令 ...

如果用不着图形界面,装Multiwfn的noGUI版,省得安装motif库

此文明确说了,搜noGUI
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

919#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-10 04:35:18 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-12-9 14:38
老师们好,我最近看了社长的关于CDA博文http://sobereva.com/166,这里主要是分析成键后轨道之间的相互作用 ...

共价部分对键的强弱的影响可以通过ETS-NOCV考察
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html

多数情况可以,但也看具体情况,比如周围基团的位阻效应
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

70

帖子

0

威望

325

eV
积分
395

Level 3 能力者

920#
发表于 Post on 2021-12-10 11:07:05 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-12-9 21:33
分清be root和reboot。你没有root权限。找你们管理员替你装。

好的,我去联系管理员。非常感谢。

70

帖子

0

威望

325

eV
积分
395

Level 3 能力者

921#
发表于 Post on 2021-12-10 11:08:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-10 04:33
如果用不着图形界面,装Multiwfn的noGUI版,省得安装motif库

此文明确说了,搜noGUI

好的,图形界面我可以用Windows版。
非常感谢。

70

帖子

0

威望

325

eV
积分
395

Level 3 能力者

922#
发表于 Post on 2021-12-10 12:02:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-10 04:33
如果用不着图形界面,装Multiwfn的noGUI版,省得安装motif库

此文明确说了,搜noGUI

Sob老师,我用noGUI的版本,在把out文件里的最后一帧的优化构型导出作为高斯输入结构的时候,我发现不论是gjf还是xyz,如果处理的是out.log(我的输出文件),得到的文件就提取不出来坐标,比如得到的xyz文件只显示
    14
Generated by Multiwfn
但是如果处理的是fchk文件,就可以提取出坐标,整个文件就是完整的。请问这个是什么原因呢?谢谢。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

923#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-11 04:45:01 | 只看该作者 Only view this author
Xian 发表于 2021-12-10 12:02
Sob老师,我用noGUI的版本,在把out文件里的最后一帧的优化构型导出作为高斯输入结构的时候,我发现不论 ...

8成是Multiwfn版本太老(较新的版本settings.ini里iloadGaugeom才默认为1而无需手动改);要么是Gaussian输出文件本身有问题,导致Multiwfn没载入结构信息;要么是你用的Multiwfn不是较新版本,虽然改了settings.ini,但没按Multiwfn手册2.1.2节恰当配置,导致Multiwfn启动时并没找到settings.ini并从里面读取信息。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

139

帖子

0

威望

1124

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

924#
发表于 Post on 2021-12-15 10:31:26 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我用http://sobereva.com/227方法计算跃迁偶极矩,最后生成偶极矩矢量没有模的值,我想要偶极矩的模是不是用计算公式带入矢量三个方向xyz的值就可以了?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

925#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-16 07:38:03 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2021-12-15 10:31
老师您好,我用http://sobereva.com/227方法计算跃迁偶极矩,最后生成偶极矩矢量没有模的值,我想要偶极矩 ...

三个分量平方和开根号
中学的知识
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

153

帖子

0

威望

1683

eV
积分
1836

Level 5 (御坂)

926#
发表于 Post on 2021-12-18 12:39:37 | 只看该作者 Only view this author
卢老师好。这是使用您的博文http://sobereva.com/443画其他自己做的原子的静电势图,图中画圈部分是Cu 和 C 还有 F原子,不知为何显示地是一样的。使用您的例子画乙酰胺是没问题的。可以看出 C H O N的区别。

202112181237386264..png (340.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

202112181237386264..png
Lure Over Love

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

927#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-18 22:06:52 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2021-12-18 12:39
卢老师好。这是使用您的博文http://sobereva.com/443画其他自己做的原子的静电势图,图中画圈部分是Cu 和 C ...

在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法
http://sobereva.com/624http://bbs.keinsci.com/thread-26306-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

153

帖子

0

威望

1683

eV
积分
1836

Level 5 (御坂)

928#
发表于 Post on 2021-12-21 09:53:48 | 只看该作者 Only view this author
卢老师好,请问ETS-NOCV理论算出来的NOCV pair轨道能量可以理解为 键能 来判断原子之间成键的稳固程度吗?请问老师如果不能这样理解 是否可以通过NOCV pair能量算出键能?谢谢老师。
Lure Over Love

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

929#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-21 12:09:57 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2021-12-21 09:53
卢老师好,请问ETS-NOCV理论算出来的NOCV pair轨道能量可以理解为 键能 来判断原子之间成键的稳固程度吗? ...

首先要明确NOCV可以给出各个pair对轨道相互作用能的贡献,产生贡献的并非只有一对pair。如果你是想问所有pair的贡献之和,即轨道相互作用总贡献,对于同类键才和键能有正相关性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

153

帖子

0

威望

1683

eV
积分
1836

Level 5 (御坂)

930#
发表于 Post on 2021-12-21 15:46:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-21 12:09
首先要明确NOCV可以给出各个pair对轨道相互作用能的贡献,产生贡献的并非只有一对pair。如果你是想问所有 ...

谢谢卢老师,请问老师 您提到的 “同类键才和键能有正相关性” 中的同类键是指代什么?
Lure Over Love

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-18 07:34 , Processed in 0.317113 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list