简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

偶遇龙猫 · 发表于 Post on 2021-11-23 10:44:07

sobereva 发表于 2021-11-23 06:40
本来函数的定义就不同，怎么可能要求RDG和IRI的散点图一样

get it

偶遇龙猫 · 发表于 Post on 2021-11-23 10:44:41

sobereva 发表于 2021-11-23 06:38
非要一致就自己改成一致就完了

明白了

TTccc · 发表于 Post on 2021-12-3 21:44:51

各位老师好，有个Multiwfn做IGM分析的问题请教一下各位老师。
IGM_inter使用的默认等值0.01，线面越蓝，引力作用越强，而线面越红，空间位阻效应越大。等面绿区表示相应的相互作用较弱，可视为范德华相互作用。
我想问的是：（1）红色，蓝色和绿色具体数值上的区分是什么？我在论坛的一个问题里找到一个图片，具体区分数值是如这个图所说的吗？
（2）这个图具体是在哪里可以查找到的呀，看了手册没看到这个图（是不是我看漏了），想学习下，谢谢各位老师百忙之中的回复！

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-3 22:21:17

TTccc 发表于 2021-12-3 21:44
各位老师好，有个Multiwfn做IGM分析的问题请教一下各位老师。
IGM_inter使用的默认等值0.01，线面越蓝，引 ...

仔细看下文介绍的我的相关文章
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）重要的新的图形化研究弱相互作用方法IGMH的介绍文章已经在ChemRxiv上发布！
http://bbs.keinsci.com/thread-26613-1-1.html
发文章时如果带上这种图，可以引用这两篇文章。

Multiwfn手册3.23.1节也都明确给了这个图

TTccc · 发表于 Post on 2021-12-3 22:33:41

sobereva 发表于 2021-12-3 22:21
仔细看下文介绍的我的相关文章
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva ...

收到，谢谢老师，下次看来还是自己先在多看看哈哈

329678001 · 发表于 Post on 2021-12-9 14:38:27

老师们好，我最近看了社长的关于CDA博文http://sobereva.com/166，这里主要是分析成键后轨道之间的相互作用，研究其成键模式，但是感觉不能分析键的强弱和活性呢？
我想请教一下，如果两个催化体系中，不同配位环境下同样元素之间的成键，可以认为键长越长活性越大吗？

Xian · 发表于 Post on 2021-12-9 20:37:02

在学校超算平台安装Multiwfn的时候，遇到几个问题，还需要Sob老师帮忙解答。
1. 通过 lsb_release -a命令查看，超算平台装的是CentOS 7.9.2009。用 yum install motif，提示下面信息，不知道motif是否安装成功，说是需要重启，我这客户端没法重启系统。
Loaded plugins: fastestmirror, langpacks, product-id, search-disabled-repos, subscription-manager
Skipping unreadable repository '/etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo'
You need to be root to perform this command.
2. 运行/sbin/sysctl -a|grep shmmax 检查memory，发现现实一些permission denied的信息，但是有显示kernel.shmmax = 18446744073692774399，应该足够大了。之后就按照提示改了bashrc 文件，也把Multiwfn改成可执行文件了，由于是客户端，我不知道该怎么去改settings.ini文件，所以就没改，使用默认值。运行Multiwfn之后，系统提示Multiwfn: error while loading shared libraries: libXm.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory。
所以还得请教Sob老师，这个情况应该怎么处理。谢谢。

snljty · 发表于 Post on 2021-12-9 21:33:52

Xian 发表于 2021-12-9 20:37
在学校超算平台安装Multiwfn的时候，遇到几个问题，还需要Sob老师帮忙解答。
1. 通过 lsb_release -a命令 ...

分清be root和reboot。你没有root权限。找你们管理员替你装。

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-10 04:33:03

Xian 发表于 2021-12-9 20:37
在学校超算平台安装Multiwfn的时候，遇到几个问题，还需要Sob老师帮忙解答。
1. 通过 lsb_release -a命令 ...

如果用不着图形界面，装Multiwfn的noGUI版，省得安装motif库

此文明确说了，搜noGUI
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-10 04:35:18

329678001 发表于 2021-12-9 14:38
老师们好，我最近看了社长的关于CDA博文http://sobereva.com/166，这里主要是分析成键后轨道之间的相互作用 ...

共价部分对键的强弱的影响可以通过ETS-NOCV考察
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609（http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html）

多数情况可以，但也看具体情况，比如周围基团的位阻效应

Xian · 发表于 Post on 2021-12-10 11:07:05

snljty 发表于 2021-12-9 21:33
分清be root和reboot。你没有root权限。找你们管理员替你装。

好的，我去联系管理员。非常感谢。

Xian · 发表于 Post on 2021-12-10 11:08:05

sobereva 发表于 2021-12-10 04:33
如果用不着图形界面，装Multiwfn的noGUI版，省得安装motif库

此文明确说了，搜noGUI

好的，图形界面我可以用Windows版。
非常感谢。

Xian · 发表于 Post on 2021-12-10 12:02:40

sobereva 发表于 2021-12-10 04:33
如果用不着图形界面，装Multiwfn的noGUI版，省得安装motif库

此文明确说了，搜noGUI

Sob老师，我用noGUI的版本，在把out文件里的最后一帧的优化构型导出作为高斯输入结构的时候，我发现不论是gjf还是xyz，如果处理的是out.log（我的输出文件），得到的文件就提取不出来坐标，比如得到的xyz文件只显示
14
Generated by Multiwfn
但是如果处理的是fchk文件，就可以提取出坐标，整个文件就是完整的。请问这个是什么原因呢？谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-11 04:45:01

Xian 发表于 2021-12-10 12:02
Sob老师，我用noGUI的版本，在把out文件里的最后一帧的优化构型导出作为高斯输入结构的时候，我发现不论 ...

8成是Multiwfn版本太老（较新的版本settings.ini里iloadGaugeom才默认为1而无需手动改）；要么是Gaussian输出文件本身有问题，导致Multiwfn没载入结构信息；要么是你用的Multiwfn不是较新版本，虽然改了settings.ini，但没按Multiwfn手册2.1.2节恰当配置，导致Multiwfn启动时并没找到settings.ini并从里面读取信息。

好兄弟 · 发表于 Post on 2021-12-15 10:31:26

老师您好，我用http://sobereva.com/227方法计算跃迁偶极矩，最后生成偶极矩矢量没有模的值，我想要偶极矩的模是不是用计算公式带入矢量三个方向xyz的值就可以了？

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