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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-21 06:17:25 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2021-11-20 13:19
社长 请问Multiwfn里是否可以麻烦您在功能 20-10 中计算IGM 进行片段划分时加入原子的反选功能 比如定义2个 ...

这功能至少一个月以前的版本就已经有了


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-21 06:19:32 | 只看该作者 Only view this author
偶遇龙猫 发表于 2021-11-20 11:52
非常感谢sob老师,目前正在计算中。谢谢老师的链接,我以后会按要求提问的。老师,我看有从文章中引用色 ...

这个问题和波函数分析无关,到http://bbs.keinsci.com/thread-806-1-1.html里问
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发表于 Post on 2021-11-21 13:40:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-21 06:19
这个问题和波函数分析无关,到http://bbs.keinsci.com/thread-806-1-1.html里问

好的,老师

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发表于 Post on 2021-11-21 16:18:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 偶遇龙猫 于 2021-11-21 16:20 编辑

[img]看您的有关RGD和IRI中的脚本色度刻度。其一,把Multiwfn目录下的examples子目录下的IRIfill.vmd文件拷到VMD目录下,这是VMD作图脚本;其二,gnuplot是个免费的轻量级的基于命令行的数据作图程序,各种系统都支持,可以在这里下载:http://www.gnuplot.info。本文用的是gnuplot 5.2.2 Windows版。将处理好的output.txt放到gnuplot目录下的bin目录下,然后将RDGmap.gnu(下载:RDGmap.rar)这个绘图脚本也拷到此目录下。笔者习惯在VMD中用-0.035~0.02来对RDG等值面着色,色彩刻度是默认的蓝-绿-红,因此脚本中可以看到这样的设定set palette defined (-0.035 "blue",-0.0075 "green", 0.02 "red")。
我的疑问是Multiwfn和VMD中的IRIfill.vmd脚本和gnuplot中的RDGmap.gnu脚本在色度刻度不一致(如图),是不是应该都一样,如果是的话,还有没有其他需要改动的脚本以保持色度刻度一致(-0.035 "blue",-0.0075 "green", 0.02 "red")?这方面几乎都不懂,所以问的多些.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-22 05:45:28 | 只看该作者 Only view this author
偶遇龙猫 发表于 2021-11-21 16:18
看您的有关RGD和IRI中的脚本色度刻度。其一,把Multiwfn目录下的examples子目录下的IRIfill.vmd文件拷到VMD ...

本来RDGmap.gnu就是给RDG分析用的,和IRI没关系,所以也没必要管是否和IRIfill.vmd里的色彩刻度相同。
RDGmap.gnu里的色彩刻度是和Multiwfn自带的画RDG图的RDGfill.vmd里相同的。
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发表于 Post on 2021-11-22 09:55:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 偶遇龙猫 于 2021-11-22 09:58 编辑
sobereva 发表于 2021-11-22 05:45
本来RDGmap.gnu就是给RDG分析用的,和IRI没关系,所以也没必要管是否和IRIfill.vmd里的色彩刻度相同。
R ...

老师,问题是:IRI分析中VMD里的等值面图和gnuplot做出的散点图两者色彩刻度是不是不一致,如果是的话,我该如何调整?因为这两个图我要一起用。还有就是所有带vmd后缀的脚本他们的mol scaleminmax top都不一样(如图)

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发表于 Post on 2021-11-22 12:36:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 偶遇龙猫 于 2021-11-22 12:38 编辑
sobereva 发表于 2021-11-22 05:45
本来RDGmap.gnu就是给RDG分析用的,和IRI没关系,所以也没必要管是否和IRIfill.vmd里的色彩刻度相同。
R ...

老师,我看IRI方式不仅可以导出func1.cub和func2.cub,分别是记录sign(λ2)ρ和IRI格点数据的cube文件;也可以导出散点图的output.txt文件。但是用IRI方式以IRI方式导出的output.txt(处理后)作图和RDG方式导出的output.txt(处理后)作图,两者差别巨大,感觉IRI作出的图有问题,自己暂时梳理不清楚,我贴一下RDG和IRI分别做的散点图,麻烦您看一下。
PS:关于IRI是不是我只能用它做出的等值面图。相应的色度刻度图要按照这个《绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法》(http://sobereva.com/399)方法,再单独导出output.txt。

IRI-outputtxt.png (28.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

IRI-outputtxt.png

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RDG.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-23 06:38:34 | 只看该作者 Only view this author
偶遇龙猫 发表于 2021-11-22 09:55
老师,问题是:IRI分析中VMD里的等值面图和gnuplot做出的散点图两者色彩刻度是不是不一致,如果是的话, ...

非要一致就自己改成一致就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-23 06:40:10 | 只看该作者 Only view this author
偶遇龙猫 发表于 2021-11-22 12:36
老师,我看IRI方式不仅可以导出func1.cub和func2.cub,分别是记录sign(λ2)ρ和IRI格点数据的cube文件; ...

本来函数的定义就不同,怎么可能要求RDG和IRI的散点图一样
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发表于 Post on 2021-11-23 10:44:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-23 06:40
本来函数的定义就不同,怎么可能要求RDG和IRI的散点图一样

get it

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发表于 Post on 2021-11-23 10:44:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-23 06:38
非要一致就自己改成一致就完了

明白了

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发表于 Post on 2021-12-3 21:44:51 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,有个Multiwfn做IGM分析的问题请教一下各位老师。
IGM_inter使用的默认等值0.01,线面越蓝,引力作用越强,而线面越红,空间位阻效应越大。等面绿区表示相应的相互作用较弱,可视为范德华相互作用。
我想问的是:(1)红色,蓝色和绿色具体数值上的区分是什么?我在论坛的一个问题里找到一个图片,具体区分数值是如这个图所说的吗?
(2)这个图具体是在哪里可以查找到的呀,看了手册没看到这个图(是不是我看漏了),想学习下,谢谢各位老师百忙之中的回复!

IGM数值.jpg (36.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

IGM数值.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-3 22:21:17 | 只看该作者 Only view this author
TTccc 发表于 2021-12-3 21:44
各位老师好,有个Multiwfn做IGM分析的问题请教一下各位老师。
IGM_inter使用的默认等值0.01,线面越蓝,引 ...

仔细看下文介绍的我的相关文章
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html)重要的新的图形化研究弱相互作用方法IGMH的介绍文章已经在ChemRxiv上发布!
http://bbs.keinsci.com/thread-26613-1-1.html
发文章时如果带上这种图,可以引用这两篇文章。

Multiwfn手册3.23.1节也都明确给了这个图



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发表于 Post on 2021-12-3 22:33:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-3 22:21
仔细看下文介绍的我的相关文章
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva ...

收到,谢谢老师,下次看来还是自己先在多看看哈哈

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发表于 Post on 2021-12-9 14:38:27 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我最近看了社长的关于CDA博文http://sobereva.com/166,这里主要是分析成键后轨道之间的相互作用,研究其成键模式,但是感觉不能分析键的强弱和活性呢?
我想请教一下,如果两个催化体系中,不同配位环境下同样元素之间的成键,可以认为键长越长活性越大吗?

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