简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

LittlePupil · 发表于 Post on 2021-11-19 23:57:18

基组关键词打错了。
去掉“def2-svp”里的“-”试试。

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-20 07:43:03

阿di达思发表于 2021-11-19 16:53
您好，请问如何用Multiwfn分析来区分inner-sphere complexation和outer-sphere complexation？

没听说过这两个词。没有具体语境谁也不知道这说的是什么。

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-20 08:13:35

偶遇龙猫发表于 2021-11-19 22:35
看了sob老师的一些有关色散校正的内容，想用gauss16优化构型，我个人理解的是加上empiricaldispersion=gd3 ...

def2后头别写横杠
比较长的输入文件最好上传文件，不要直接贴内容。并且以后记得但凡问出错，一定说清楚出了什么错，见下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

偶遇龙猫 · 发表于 Post on 2021-11-20 11:30:59

LittlePupil 发表于 2021-11-19 23:57
基组关键词打错了。
去掉“def2-svp”里的“-”试试。

非常感谢，去掉后正常计算中。刚开始接触计算这块内容，有时候就感觉是一个很显眼的错误，但是我不懂，也就怎么也找不出来。

偶遇龙猫 · 发表于 Post on 2021-11-20 11:52:08

sobereva 发表于 2021-11-20 08:13
def2后头别写横杠
比较长的输入文件最好上传文件，不要直接贴内容。并且以后记得但凡问出错，一定说清楚 ...

非常感谢sob老师，目前正在计算中。谢谢老师的链接，我以后会按要求提问的。老师，我看有从文章中引用色散校正自定义的内容，但是我有一个疑问，仅对于B3LYP的色散校正，Gauuss16或Gauss09中内置的D3参数和文献中给出的D3参数是完全一样的吗？因为我看有的支持文献里是引用的其他文献里的校正值。

土拔鼠 · 发表于 Post on 2021-11-20 13:19:39

社长请问Multiwfn里是否可以麻烦您在功能 20-10 中计算IGM 进行片段划分时加入原子的反选功能比如定义2个片段如果输入了片段一的原子号（例如 3 5 7）那在片段二中直接敲回车就选择除了片段一原子外的其他原子

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-21 06:17:25

土拔鼠发表于 2021-11-20 13:19
社长请问Multiwfn里是否可以麻烦您在功能 20-10 中计算IGM 进行片段划分时加入原子的反选功能比如定义2个 ...

这功能至少一个月以前的版本就已经有了

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-21 06:19:32

偶遇龙猫发表于 2021-11-20 11:52
非常感谢sob老师，目前正在计算中。谢谢老师的链接，我以后会按要求提问的。老师，我看有从文章中引用色 ...

这个问题和波函数分析无关，到http://bbs.keinsci.com/thread-806-1-1.html里问

偶遇龙猫 · 发表于 Post on 2021-11-21 13:40:39

sobereva 发表于 2021-11-21 06:19
这个问题和波函数分析无关，到http://bbs.keinsci.com/thread-806-1-1.html里问

好的，老师

偶遇龙猫 · 发表于 Post on 2021-11-21 16:18:56

本帖最后由偶遇龙猫于 2021-11-21 16:20 编辑

[img]看您的有关RGD和IRI中的脚本色度刻度。其一，把Multiwfn目录下的examples子目录下的IRIfill.vmd文件拷到VMD目录下，这是VMD作图脚本；其二，gnuplot是个免费的轻量级的基于命令行的数据作图程序，各种系统都支持，可以在这里下载：http://www.gnuplot.info。本文用的是gnuplot 5.2.2 Windows版。将处理好的output.txt放到gnuplot目录下的bin目录下，然后将RDGmap.gnu（下载：RDGmap.rar）这个绘图脚本也拷到此目录下。笔者习惯在VMD中用-0.035~0.02来对RDG等值面着色，色彩刻度是默认的蓝-绿-红，因此脚本中可以看到这样的设定set palette defined (-0.035 "blue",-0.0075 "green", 0.02 "red")。
我的疑问是Multiwfn和VMD中的IRIfill.vmd脚本和gnuplot中的RDGmap.gnu脚本在色度刻度不一致（如图），是不是应该都一样，如果是的话，还有没有其他需要改动的脚本以保持色度刻度一致（-0.035 "blue",-0.0075 "green", 0.02 "red"）？这方面几乎都不懂，所以问的多些.

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-22 05:45:28

偶遇龙猫发表于 2021-11-21 16:18
看您的有关RGD和IRI中的脚本色度刻度。其一，把Multiwfn目录下的examples子目录下的IRIfill.vmd文件拷到VMD ...

本来RDGmap.gnu就是给RDG分析用的，和IRI没关系，所以也没必要管是否和IRIfill.vmd里的色彩刻度相同。
RDGmap.gnu里的色彩刻度是和Multiwfn自带的画RDG图的RDGfill.vmd里相同的。

偶遇龙猫 · 发表于 Post on 2021-11-22 09:55:27

本帖最后由偶遇龙猫于 2021-11-22 09:58 编辑

sobereva 发表于 2021-11-22 05:45
本来RDGmap.gnu就是给RDG分析用的，和IRI没关系，所以也没必要管是否和IRIfill.vmd里的色彩刻度相同。
R ...

老师，问题是：IRI分析中VMD里的等值面图和gnuplot做出的散点图两者色彩刻度是不是不一致，如果是的话，我该如何调整？因为这两个图我要一起用。还有就是所有带vmd后缀的脚本他们的mol scaleminmax top都不一样（如图）

偶遇龙猫 · 发表于 Post on 2021-11-22 12:36:17

本帖最后由偶遇龙猫于 2021-11-22 12:38 编辑

sobereva 发表于 2021-11-22 05:45
本来RDGmap.gnu就是给RDG分析用的，和IRI没关系，所以也没必要管是否和IRIfill.vmd里的色彩刻度相同。
R ...

老师，我看IRI方式不仅可以导出func1.cub和func2.cub，分别是记录sign(λ2)ρ和IRI格点数据的cube文件；也可以导出散点图的output.txt文件。但是用IRI方式以IRI方式导出的output.txt（处理后）作图和RDG方式导出的output.txt（处理后）作图，两者差别巨大，感觉IRI作出的图有问题，自己暂时梳理不清楚，我贴一下RDG和IRI分别做的散点图，麻烦您看一下。
PS：关于IRI是不是我只能用它做出的等值面图。相应的色度刻度图要按照这个《绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法》（http://sobereva.com/399）方法，再单独导出output.txt。

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-23 06:38:34

偶遇龙猫发表于 2021-11-22 09:55
老师，问题是：IRI分析中VMD里的等值面图和gnuplot做出的散点图两者色彩刻度是不是不一致，如果是的话， ...

非要一致就自己改成一致就完了

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-23 06:40:10

偶遇龙猫发表于 2021-11-22 12:36
老师，我看IRI方式不仅可以导出func1.cub和func2.cub，分别是记录sign(λ2)ρ和IRI格点数据的cube文件； ...

本来函数的定义就不同，怎么可能要求RDG和IRI的散点图一样

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