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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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发表于 Post on 2021-12-31 10:57:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 栋栋家的小猪猪 于 2021-12-31 11:15 编辑

Sob老师您好,最近在使用multiwfn进行mulliken电荷的分析,用的是cp2k产生的.molden文件载入到软件中,已经按照帖子中的教程更改了文件中的晶胞位移矢量和价电子数目的信息,可是软件在读取文件之后就发生了闪退,想问一下该怎么办,是文件内容还是有不对的地方吗?谢谢老师 (已经解决)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-31 23:24:46 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2021-12-31 09:45
Sob老师好,我最近研究的课题中涉及到一个自由基进攻的机理,一般来讲阳离子进攻是亲电机理,阴离子进攻是 ...

计算一下过渡态结构时候进攻物质对应的片段的净电荷,如果为负,说明从被进攻的物质上转移了一些电子给了进攻物质,说明是亲电机理。

另外还可以通过两个反应物的表面静电势相对正负关系、两个物质的化学势的相对大小等角度讨论。看比如ppt的例题和涉及的文章中的讨论


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-1-1 11:18:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-31 23:24
计算一下过渡态结构时候进攻物质对应的片段的净电荷,如果为负,说明从被进攻的物质上转移了一些电子给了 ...

好的收到,谢谢Sob老师解答,老师元旦快乐

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发表于 Post on 2022-1-5 22:19:08 | 只看该作者 Only view this author
请问老师用Multiwfn绘制PDOS图,定义了5个片段,在后处理界面里选择选项3,导出DOS_curve.txt,DOS_curve.txt这个文件为什么是8列?我知道第一列是能量,第二列是TDOS,请问老师剩下的六列中哪5列是PDOS?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-5 23:48:19 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-1-5 22:19
请问老师用Multiwfn绘制PDOS图,定义了5个片段,在后处理界面里选择选项3,导出DOS_curve.txt,DOS_curve.t ...

看屏幕上的提示
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发表于 Post on 2022-1-25 16:41:17 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,最近研究的课题里面有以下两个感觉有些意义的科学问题,想利用Multiwfn强大的波函数分析手段分析一下,不过目前还没有特别好的分析思路,想请教下Sob老师这两个问题分别可以考虑用何种波函数分析手段来进行分析。
第一个问题就是:反应过程当中涉及到一个关键结构,里面有两个双齿配体,相似结构下不同的配位模式能量会相差很多,感觉应该是吡啶N的反位效应导致的,现在想分析并解释一下这个反位效应,想问下sob老师从什么角度来分析比较合适?
第二个问题是:我这个反应体系中涉及到两个不同的金属中心,相同催化剂结构,相同反应条件下得到不同选择性的产物。感觉是研究不同金属中心电子结构与反应选择性构效关系的一个很好的体系。然后就想请教下Sob老师,想要分析不同金属中心的电子结构与反应区域选择性的构效关系,利用什么波函数分析手段比较合适呢?
谢谢Sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-26 01:40:06 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2022-1-25 16:41
Sob老师好,最近研究的课题里面有以下两个感觉有些意义的科学问题,想利用Multiwfn强大的波函数分析手段分 ...

1 可以用ETS-NOCV考察一下配位作用的差异
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html

2 最好先把过渡态优化出来,有具体结构了再考虑怎么分析
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发表于 Post on 2022-1-26 08:37:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-26 01:40
1 可以用ETS-NOCV考察一下配位作用的差异
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
...

好的收到,谢谢Sob老师解答,之后课题有新的进展了再向Sob老师请教。

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发表于 Post on 2022-2-1 17:40:06 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,首先祝Sob老师新年快乐!有一个问题想咨询一下Sob老师:在我现在研究的反应体系中,使用结构相似的不同底物,在反应过程中可能会生成一系列结构相似的碳正离子中间体或者自由基中间体,现在我想从能量角度对这些中间体的稳定性进行排序,并对这些底物和中间体进行波函数分析,来解释他们的稳定性为何不同,从而建立一个底物性质和优势反应机理之间的关系。目前想到的是可以利用NPA电荷,分子轨道研究下电荷分布和离域情况来解释这些中间体的稳定性,还有就是通过键级分析来分析均裂化学键的难易程度,进而解释中间体的稳定性。不知道这些思路是否合理。还有就是Sob老师有没有其他推荐的更好的分析手段来研究和解释这一问题。谢谢Sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-1 21:25:13 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2022-2-1 17:40
Sob老师好,首先祝Sob老师新年快乐!有一个问题想咨询一下Sob老师:在我现在研究的反应体系中,使用结构相 ...

原子电荷和“能量角度”不是一回事
单纯从原子电荷来估计中间体稳定性,适当的情况下是可以的。NPA电荷不一定是理想选择,Multiwfn可以算的Hirshfeld电荷可以优先考虑,在预测反应性方面比较适合,见
TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章(http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html

考察键级可以,建议用拉普拉斯键级,和键的强度关系比较密切,见
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html
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sobereva 发表于 2022-2-1 21:25
原子电荷和“能量角度”不是一回事
单纯从原子电荷来估计中间体稳定性,适当的情况下是可以的。NPA电荷 ...

好的收到,谢谢Sob老师回复,我去研究一下

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发表于 Post on 2022-2-1 22:26:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-1 21:25
原子电荷和“能量角度”不是一回事
单纯从原子电荷来估计中间体稳定性,适当的情况下是可以的。NPA电荷 ...

Sob老师好,关于这个问题我还想再继续请教您一下,就是反应底物中,有的底物倾向于生成自由基,有的倾向于生成阳离子,实际上我想要解释的是这个问题。然后您说考察键级可以,我理解是不是键级更多地是用来说明键均裂成自由基的难易程度。然后稳定自由基的效果应该还有超共轭效应,想问您一下这个超共轭效应用什么分析手段比较好。最后就是分析生成阳离子的难易程度用什么方法分析比较好,我之前的想法就是用电荷分布来研究一下,不知道有没有更合适的方法。谢谢Sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-2 01:14:54 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2022-2-1 22:26
Sob老师好,关于这个问题我还想再继续请教您一下,就是反应底物中,有的底物倾向于生成自由基,有的倾向 ...

没有具体反应式我没法说

超共轭可以用NBO E2分析
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发表于 Post on 2022-2-2 07:48:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-2 01:14
没有具体反应式我没法说

超共轭可以用NBO E2分析

感谢Sob老师回复,我想比较的反应就是下图中的几个反应,想分析下底物结构的不同时如何影响不同中间体稳定性,进而影响反应优势路径,建立起一个反应底物与反应机理之间的关系。不知道Sob老师有没有什么建议,谢谢Sob老师。


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-3 07:51:53 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2022-2-2 07:48
感谢Sob老师回复,我想比较的反应就是下图中的几个反应,想分析下底物结构的不同时如何影响不同中间体稳 ...

对于碳正离子中间体,相邻的甲基的C-H sigma电子与碳的空p轨道间的超共轭会稳定化体系,这是众所周知的,因此应当越下面的越稳定。可以用NBO E2分析实际进一步论证。
至于自由基中间体,可以计算带形式单电子的碳上的自旋布居,数值越大(单电子定域性越强)可能越容易发生反应而越不稳定。如果有具体反应,最好结合反应势垒来论证。
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