简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

sobereva

dingniu2 发表于 2021-10-30 11:20
谢谢老师，刚看到“利用布居分析判断基函数与原子轨道的对应关系”帖子，请问对于过渡金属配合物布局分析 ...

1 是

2 对。你也可以用更方便的cond方式选择，直接限定原子序号（Ir原子在体系中的序号）、基函数类型（D型）就能选择，省得自己去查序号

http://sobereva.com/482

cond：将满足条件的基函数加入片段，条件包括基函数所处的原子的序号范围、基函数所处的序号范围、基函数类型（如S、Y、XZ）或者基函数所处的壳层的类型（如S、P、D）。只有同时满足这三个条件的基函数才会被加入片段。如果想无视某个条件，设相应条件时输入a（代表all）即可。

博文3.2.1节也有使用例子

dingniu2

谢谢老师，还有一个问题，我看到你的帖子中基函数布局轨道类型有S P D,我的只有S，没有P D，但是有X Y Z，是不是我哪里做错了？还是因为def2-svp对Ir用了赝势的缘故？

sobereva

dingniu2 发表于 2021-10-30 11:25
谢谢老师，还有一个问题，我看到你的帖子中基函数布局轨道类型有S P D,我的只有S，没有P D，但是有X Y Z， ...

P里包括X Y Z
看这个了解相关知识
球谐型与笛卡尔型Gaussian函数的转换关系
http://sobereva.com/97

dingniu2

sobereva 发表于 2021-10-30 11:22
1 是

2 对。你也可以用更方便的cond方式选择，直接限定原子序号（Ir原子在体系中的序号）、基函数类型 ...

谢谢老师，我永DOS考察的金属配合物中Ir与O2相互作用，第一个片段Ir的d轨道弄好了，请问老师第二个片段用两个O原子好？还是用O2的某个类型的轨道好？

sobereva

dingniu2 发表于 2021-10-30 20:54
谢谢老师，我永DOS考察的金属配合物中Ir与O2相互作用，第一个片段Ir的d轨道弄好了，请问老师第二个片段用 ...

你若要研究和O2整体的作用，就把O2整个定义为片段

Xian

Sob老师，VASP得到charge density存在CHGCAR文件里面，用文本编辑器打开可以看到里面的原始数据。那么用Multiwfn处理得到的可视化的HOMO等轨道，除了导出图片格式，请问是否可以导出像CHGCAR那种数据的格式？谢谢。

sobereva

Xian 发表于 2021-11-2 11:44
Sob老师，VASP得到charge density存在CHGCAR文件里面，用文本编辑器打开可以看到里面的原始数据。那么用Mul ...

Multiwfn里载入或计算出格点数据后，可以用主功能13里的选项0导出成计算化学领域最常用的cub格式的格点数据文件。

jingsi

老师您好，我按照《使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征》这篇文章的操作步骤，尝试做了一个化合物，看S0到S3属于什么激发类型，用的B3LYP/6-311g(dp)计算的数据，结果是
Integral of hole:        1.000021
Integral of electron:    1.000025
Integral of transition density:   -0.000036
Transition dipole moment in X/Y/Z:  -5.067837  -0.022504   0.000018 a.u.
Sm index (integral of Sm function):   0.47148 a.u.
Sr index (integral of Sr function):   0.74933 a.u.
Centroid of hole in X/Y/Z:       -1.737684    0.015810    0.000133 Angstrom
Centroid of electron in X/Y/Z:    0.682733    0.124008   -0.000062 Angstrom
D_x:   2.420  D_y:   0.108  D_z:   0.000    D index:   2.423 Angstrom
Variation of dipole moment with respect to ground state:
X:   -4.574031  Y:   -0.204469  Z:    0.000367    Norm:    4.578599 a.u.
RMSD of hole in X/Y/Z:       4.818   0.899   0.732   Norm:   4.956 Angstrom
RMSD of electron in X/Y/Z:   4.132   1.016   0.721   Norm:   4.316 Angstrom
Difference between RMSD of hole and electron (delta sigma):
X: -0.686  Y:  0.116  Z: -0.011    Overall: -0.640 Angstrom
H_x:  4.475  H_y:  0.958  H_z:  0.726  H_CT:  4.471  H index:  4.636 Angstrom
t index: -2.048 Angstrom
Hole delocalization index (HDI):       6.15
Electron delocalization index (EDI):   7.81
Ghost-hunter index (def 1):      4.965 eV, 1st/2nd terms: 10.908      5.943 eV
Ghost-hunter index (def 2):      3.215 eV, 1st/2nd terms:  9.159      5.943 eV
Excitation energy of this state:     2.700 eV
Note: Probably this is a ghost state, because excitation energy is lower than ghost-hunter index of definition 2
跟着这篇文章去分析，这算是CT激发(疑惑中，不能确定）。然后我用CAM-B3LYP算了一次，multiwfn分析的结果是
Integral of hole:        1.000005
Integral of electron:    1.000015
Integral of transition density:   -0.000044
Transition dipole moment in X/Y/Z:  -4.929628  -0.018162   0.000059 a.u.
Sm index (integral of Sm function):   0.51445 a.u.
Sr index (integral of Sr function):   0.79539 a.u.
Centroid of hole in X/Y/Z:       -0.868896    0.089166    0.000085 Angstrom
Centroid of electron in X/Y/Z:   -0.024975    0.144127   -0.000057 Angstrom
D_x:   0.844  D_y:   0.055  D_z:   0.000    D index:   0.846 Angstrom
Variation of dipole moment with respect to ground state:
X:   -1.594796  Y:   -0.103863  Z:    0.000267    Norm:    1.598175 a.u.
RMSD of hole in X/Y/Z:       4.517   0.903   0.740   Norm:   4.665 Angstrom
RMSD of electron in X/Y/Z:   3.977   1.014   0.726   Norm:   4.168 Angstrom
Difference between RMSD of hole and electron (delta sigma):
X: -0.540  Y:  0.111  Z: -0.013    Overall: -0.497 Angstrom
H_x:  4.247  H_y:  0.959  H_z:  0.733  H_CT:  4.238  H index:  4.417 Angstrom
t index: -3.393 Angstrom
Hole delocalization index (HDI):       5.78
Electron delocalization index (EDI):   7.82
Ghost-hunter index (def 1):   5258.112 eV, 1st/2nd terms:*******     17.027 eV
Ghost-hunter index (def 2):     -7.722 eV, 1st/2nd terms:  9.305     17.027 eV
Excitation energy of this state:     3.125 eV
这样看后算的是属于LE激发。
疑问：1、类似上述两种情况的结果该怎么取舍使用，选择哪一个？
2、电子激发类型判断时，D指数多大才算大？上面第一个结果的D指数 2.423 Angstrom，同个化合物我另外用PBE0算了下，multiwfn给的D指数是2.019 Angstrom，这数值不大不小的时候怎么确定？

sobereva

jingsi 发表于 2021-11-2 16:25
老师您好，我按照《使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征》这篇文章的操作步骤，尝试做了一个 ...

发图时候把白边去掉后再发，要不然太占页面，看着费事

2.4埃和2.0埃差异不算显著，从图上看都有一定CT特征但都不算特别显著。两个泛函用哪个都可以

jingsi

sobereva 发表于 2021-11-3 00:54
发图时候把白边去掉后再发，要不然太占页面，看着费事

2.4埃和2.0埃差异不算显著，从图上看都有一定CT ...

以后会注意。

好的。谢谢！

Xian

sobereva 发表于 2021-11-2 11:55
Multiwfn里载入或计算出格点数据后，可以用主功能13里的选项0导出成计算化学领域最常用的cub格式的格点数 ...

非常感谢，我去操作一下。

12342234

请教一下sob老师  我在使用Multiwfn计算周期性体系的ALIE的时候输出的Minimal value和Maximal value为什么为0
我的具体操作是将cp2k输出的molden文件改好以后，直接进行计算和删除部分原子的贡献进行计算都没有极值点

sobereva

12342234 发表于 2021-11-17 22:25
请教一下sob老师  我在使用Multiwfn计算周期性体系的ALIE的时候输出的Minimal value和Maximal value为什么 ...

我不知道你的输入文件具体怎么产生的，Multiwfn里具体怎么操作的，没法判断

周期性体系的定量分子表面分析功能目前Multiwfn名义上还不支持（没专门花时间测试过），但我随便找了个CP2K的molden文件测试了一下以常规方式进行定量分子表面ALIE计算，极值点是有的，数值也能输出

阿di达思

您好，请问如何用Multiwfn分析来区分inner-sphere complexation和outer-sphere complexation？

偶遇龙猫

看了sob老师的一些有关色散校正的内容，想用gauss16优化构型，我个人理解的是加上empiricaldispersion=gd3，就可以色散校正了，也不采用自定义的方式。然后一提交就立即报错，然后就直接结束了。下面是报错后出现的文件类型和我的输入文件。

%nprocshared=12
%mem=50GB
%chk=Cz.chk
#p opt freq b3lyp/def2-svp empiricaldispersion=gd3 geom=connectivity

Cz.gjf

0 1
C                 -0.00037098   -2.51770608    0.00006861
C                 -1.21156250   -1.81111487   -0.07020235
C                 -1.21666940   -0.41763946   -0.02906157
C                 -0.00001186    0.29204707   -0.00019956
C                  1.21655450   -0.41793829    0.02908210
C                  1.21101074   -1.81141924    0.06987032
H                 -0.00069558   -3.59144444   -0.00028451
H                 -0.00014727    1.35852490   -0.00024006
C                 -2.68831930    1.82019607    0.17600338
C                 -1.52451277    2.58730078    0.28108208
C                 -3.95123661    2.43269872    0.25564937
C                 -1.61676332    3.96231771    0.52128242
H                 -0.56631133    2.12570359    0.18287938
C                 -4.04611242    3.81091879    0.49383801
H                 -4.84110601    1.84752884    0.13875620
C                 -2.87625061    4.57027490    0.64543388
H                 -0.72597956    4.54625678    0.61122006
H                 -5.00745707    4.28113500    0.56355682
C                  2.68920533    1.81923634   -0.17596894
C                  1.52619105    2.58746463   -0.27902316
C                  3.95264686    2.43087763   -0.25524759
C                  1.61946721    3.96233246   -0.52075878
H                  0.56765124    2.12654514   -0.17943297
C                  4.04824513    3.80886685   -0.49435846
H                  4.84184326    1.84467721   -0.13928792
C                  2.87936358    4.56895711   -0.64642098
H                  0.72916495    4.54702869   -0.61135841
H                  5.01002660    4.27842417   -0.56451269
C                 -3.66218748   -1.75538083    0.34365786
C                 -2.89333503   -2.76287771   -1.60141241
C                 -3.75952505   -1.04728265    1.54557091
C                 -4.72275733   -1.80587955   -0.53370041
C                 -2.09744133   -3.22427966   -2.64548069
C                 -4.22023100   -2.46080414   -1.80349137
C                 -5.00439112   -0.46384801    1.87006497
H                 -2.91803148   -0.95539806    2.20337448
C                 -5.97821402   -1.28896268   -0.22821458
C                 -2.71334626   -3.44977361   -3.89643067
H                 -1.05520261   -3.40729389   -2.50415791
C                 -4.87923322   -2.71426003   -3.00260229
C                 -6.11691709   -0.60491354    0.99446614
H                 -5.10948264    0.08617020    2.78475857
H                 -6.80426848   -1.39593249   -0.89751992
C                 -4.10385970   -3.21514118   -4.06687419
H                 -2.12981129   -3.80360075   -4.72297793
H                 -5.92891883   -2.52698184   -3.11740822
H                 -7.06566458   -0.18579587    1.26364685
H                 -4.56526570   -3.41416622   -5.00858879
C                  3.66128038   -1.75694360   -0.34347091
C                  2.89191604   -2.76384707    1.60175473
C                  3.75914309   -1.04935930   -1.54586896
C                  4.72214657   -1.80876691    0.53360619
C                  2.09560549   -3.22454349    2.64563314
C                  4.21897470   -2.46284977    1.80364337
C                  5.00433770   -0.46652342   -1.87018542
H                  2.91741482   -0.95625916   -2.20346186
C                  5.97776815   -1.29263726    0.22780888
C                  2.71127269   -3.45031215    3.89649436
H                  1.05306134   -3.40668135    2.50427372
C                  4.87781355   -2.71683075    3.00254879
C                  6.11706636   -0.60900818   -0.99503557
H                  5.10981128    0.08327640   -2.78488519
H                  6.80387554   -1.40078758    0.89671216
C                  4.10205931   -3.21693378    4.06685969
H                  2.12760148   -3.80339884    4.72306235
H                  5.92763260   -2.53073724    3.11704930
H                  7.06626200   -0.19058815   -1.26436382
H                  4.56333708   -3.41633218    5.00848046
N                 -2.49616377   -2.52367909   -0.18829872
N                  2.49524927   -2.52483710    0.18854735
C                  2.97960146    6.07333724   -0.95371605
H                  3.00426222    6.62557958   -0.03796820
H                  3.87667076    6.26248375   -1.51080461
H                  2.12846350    6.37659173   -1.53239063
C                 -2.97571508    6.07463619    0.95249180
H                 -2.99886030    6.62643013    0.03610160
H                 -3.87229532    6.26493938    1.50894064
H                 -2.12387197    6.37744363    1.53104423
C                  2.58812466    0.29797069    0.00861554
C                 -2.58823477    0.29877901   -0.00750239
O                  3.64343902   -0.37827401    0.13067466
O                 -3.64390139   -0.37703122   -0.12935776

1 2 1.5 6 1.5 7 1.0
2 3 1.5 69 1.0
3 4 1.5 80 1.0
4 5 1.5 8 1.0
5 6 1.5 79 1.0
6 70 1.0
7
8
9 10 1.5 11 1.5 80 1.0
10 12 1.5 13 1.0
11 14 1.5 15 1.0
12 16 1.5 17 1.0
13
14 16 1.5 18 1.0
15
16 75 1.0
17
18
19 20 1.5 21 1.5 79 1.0
20 22 1.5 23 1.0
21 24 1.5 25 1.0
22 26 1.5 27 1.0
23
24 26 1.5 28 1.0
25
26 71 1.0
27
28
29 31 1.5 32 1.5 69 1.0
30 33 1.5 34 1.5 69 1.0
31 35 1.5 36 1.0
32 37 1.5 34 1.0
33 38 1.5 39 1.0
34 40 1.5
35 41 1.5 42 1.0
36
37 41 1.5 43 1.0
38 44 1.5 45 1.0
39
40 44 1.5 46 1.0
41 47 1.0
42
43
44 48 1.0
45
46
47
48
49 51 1.5 52 1.5 70 1.0
50 53 1.5 54 1.5 70 1.0
51 55 1.5 56 1.0
52 57 1.5 54 1.0
53 58 1.5 59 1.0
54 60 1.5
55 61 1.5 62 1.0
56
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